modkit's pileup is unresponsive.
Chưa có ai nhận issue này.
Đánh giá
- Độ khó
- 4/5
- Thời gian dự kiến
- 3-5 ngày
- Mức phù hợp với người mới
- 25/100
- Loại issue
- Lỗi
- Độ rõ ràng
- Cần làm rõ
- Mức độ hoạt động
- Đình trệ
- Công nghệ
- rust
- Lĩnh vực
- bioinformatics, cli
Hướng nghiên cứu
The report provides a minimap2, samtools, and modkit pileup command plus a progress excerpt; start by reproducing the command and reviewing how the pileup CLI handles the BED and reference inputs. Done means identifying why no rows are written and documenting or fixing the observed behavior.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Mô tả
I have been using modkit's pileup command to generate whole-genome methylation levels; however, after running for 10 hours, no output has been produced. I would appreciate it if anyone could let me know if there is an error in my command.
"minimap2 -ax map-ont myreference all.fastq (bam from dorado to fastq) -y -t 50 | samtools view -o aligned.bam
samtools sort -o aligned.sorted.bam aligned.bam
samtools index aligned.sorted.bam
modkit pileup aligned.sorted.bam ceshi.bed2 --ref myreference -t 50”
discarded 0 contigs with zero aligned reads
attempting to sample 10042 reads
using general workers
[00:00:00] ---------------------------------------- 0/300000000 genome positions 0/s 0s
0 rows written
0 ~records errored
- Ngôn ngữ chính
- Rust
- Star
- 276
- Fork
- 33
- Chỉ số merge pull request
- Không có pull request nào được merge trong 30 ngày
Chuẩn bị môi trường
Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Issue khác của nanoporetech/modkit
-
bug
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 68/100
nanoporetech/modkit#520 · 2 bình luận ·
-
Samtools code for modkit repairĐang mởdocumentation
Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 65/100
nanoporetech/modkit#336 · 1 bình luận ·
-
modkit probability thresholdĐang mở
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100
nanoporetech/modkit#723 ·
-
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 66/100
nanoporetech/modkit#721 · 1 bình luận ·
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 55/100
nanoporetech/modkit#719 ·
Tất cả issue của nanoporetech/modkit
Issue tương tự
-
area: dogs area: lookout bug security
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 82/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 92/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 2 ngày
-
documentation
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 84/100
OpenDevicePartnership/ina4230#31 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
area:breg criticality:p3 documentation triage:needs-implementation
Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 86/100
registrystack/registry-stack#1713 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Rename CLAUDE.md to AGENTS.mdĐang mở
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 68/100
posit-dev/ggsql#565 · 1 reaction ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày