clusterFunctionsSlurm(): Use 'sacct' instead of 'squeue'
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Evaluación
- Dificultad
- 3/5
- Tiempo estimado
- 1-2 días
- Aptitud para principiantes
- 68/100
Línea de trabajo
Start in R/clusterFunctionsSlurm.R around the clusterFunctionsSlurm() implementation and inspect listJobsQueued() and listJobsRunning(). Compare those paths with future.batchtools's R/makeClusterFutureSlurm2.R and the referenced pull request, then update job listing to use sacct without stdout/stderr contamination. Done means queued and running Slurm jobs are listed reliably.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
The clusterFunctionsSlurm() function uses squeue to list Slurm jobs:
I, and I think others, found that is not working reliably. Over in future.batchtools, I've patched the listJobsQueued() and listJobsRunning() function to use sacct instead + fixing stdout/stderr contamination (https://github.com/mlr-org/batchtools/pull/314) + a little bit more:
https://github.com/futureverse/future.batchtools/blob/develop/R/makeClusterFutureSlurm2.R
Feel free to adopt these patches as you'd like.
PS. I'm reach out now, as I noticed recent activity in the repos - thanks for that. /cc @jemus42
- Lenguaje dominante
- R
- Estrellas
- 184
- Forks
- 54
- Merge medio
- 1 d 14 h
- PR fusionados (30 d)
- 5
Preparar el entorno
- Sin Dockerfile ni archivo de Docker Compose
- Sin plantilla de pull request
- Leer la guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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