clusterFunctionsSlurm(): Use 'sacct' instead of 'squeue'
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評価
調査の方向性
Start in R/clusterFunctionsSlurm.R around the clusterFunctionsSlurm() implementation and inspect listJobsQueued() and listJobsRunning(). Compare those paths with future.batchtools's R/makeClusterFutureSlurm2.R and the referenced pull request, then update job listing to use sacct without stdout/stderr contamination. Done means queued and running Slurm jobs are listed reliably.
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
The clusterFunctionsSlurm() function uses squeue to list Slurm jobs:
I, and I think others, found that is not working reliably. Over in future.batchtools, I've patched the listJobsQueued() and listJobsRunning() function to use sacct instead + fixing stdout/stderr contamination (https://github.com/mlr-org/batchtools/pull/314) + a little bit more:
https://github.com/futureverse/future.batchtools/blob/develop/R/makeClusterFutureSlurm2.R
Feel free to adopt these patches as you'd like.
PS. I'm reach out now, as I noticed recent activity in the repos - thanks for that. /cc @jemus42
- 主要言語
- R
- スター
- 184
- フォーク
- 52
- 平均マージ
- 1日 4時間
- マージ済み PR（30日）
- 5
環境構築
- Dockerfile・Docker Compose ファイルなし
- プルリクエストのテンプレートなし
- コントリビューションガイドを読む
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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