clusterFunctionsSlurm(): Use 'sacct' instead of 'squeue'
Chưa có ai nhận issue này.
Đánh giá
- Độ khó
- 3/5
- Thời gian dự kiến
- 1-2 ngày
- Mức phù hợp với người mới
- 68/100
Hướng nghiên cứu
Start in R/clusterFunctionsSlurm.R around the clusterFunctionsSlurm() implementation and inspect listJobsQueued() and listJobsRunning(). Compare those paths with future.batchtools's R/makeClusterFutureSlurm2.R and the referenced pull request, then update job listing to use sacct without stdout/stderr contamination. Done means queued and running Slurm jobs are listed reliably.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Mô tả
The clusterFunctionsSlurm() function uses squeue to list Slurm jobs:
I, and I think others, found that is not working reliably. Over in future.batchtools, I've patched the listJobsQueued() and listJobsRunning() function to use sacct instead + fixing stdout/stderr contamination (https://github.com/mlr-org/batchtools/pull/314) + a little bit more:
https://github.com/futureverse/future.batchtools/blob/develop/R/makeClusterFutureSlurm2.R
Feel free to adopt these patches as you'd like.
PS. I'm reach out now, as I noticed recent activity in the repos - thanks for that. /cc @jemus42
- Ngôn ngữ chính
- R
- Star
- 184
- Fork
- 53
- Merge trung bình
- 1 ngày 21 giờ
- Pull request đã merge (30 ngày)
- 4
Chuẩn bị môi trường
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Issue khác của mlr-org/batchtools
-
Honest R dependency policyĐang mởcompat docs
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 68/100
mlr-org/batchtools#332 · 5 bình luận ·
-
compat robustness
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 25/100
mlr-org/batchtools#317 · 1 bình luận ·
-
cf-slurm needs-repro question
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100
mlr-org/batchtools#315 · 1 bình luận ·
-
compat docs good first issue
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 48/100
mlr-org/batchtools#304 · 1 bình luận ·
-
Retry slurm-commands on errorĐang mởcf-slurm enhancement robustness
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100
mlr-org/batchtools#303 ·
Tất cả issue của mlr-org/batchtools
Issue tương tự
-
Elevation orderĐang mở
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 68/100
inbo/erl-butterflies-2025#19 ·
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 84/100
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 74/100
The-Strategy-Unit/nhp_output_reports#116 · 1 bình luận ·
-
Clearing results in the order they were sent leaves one registered, breaking `dbDisconnect()`Đang mở
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 76/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 92/100
Open-Systems-Pharmacology/OSPSuite.ParameterIdentification#322 ·