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batchtools_slurm futures block (Was: stdout/stderr to log file only when using slurm?)

Abierto
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Evaluación

Dificultad
4/5
Tiempo estimado
3-5 días
Aptitud para principiantes
35/100
Tipo de issue
Nueva funcionalidad
Claridad
Bastante claro
Estado de actividad
Estancado
Stack tecnológico
r
Área
hpc

Línea de trabajo

Comienza reproduciendo el bucle future() mostrado con future.batchtools en un clúster de Slurm e investiga la opción split mencionada para gestionar la salida. Se considera terminado cuando se pueden enviar trabajos sin que la sesión que los envía tenga que esperar a la salida capturada, mientras que las advertencias se escriben únicamente en los archivos de registro de Slurm.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Descripción

question

I have a loop like this:

for (i in 14:11) {
  f <- future({
    warning("Sleeping ", i, " seconds")
    Sys.sleep(i)
    saveRDS(i^2, paste0("tmp-data/res", i))
  })
}

and I would to output the warning in the log files only.
I've seen the new option split in a blog post to do both (but I didn't find it in the documentation).
The problem is that capturing this output and returning it to the main session usually blocks my session for a long time (sometimes minutes), and I would like to avoid this.

Basically, is there any way to use future/future.batchtools just to submit jobs on a slurm cluster without returning anything to the session sending them?

Lenguaje dominante
R
Estrellas
87
Forks
10
Sin PR fusionados en 30 d

Guía de contribución

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Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

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