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LSF/OpenLava template: Signal SIGINT by default to allow R to catch it gracefully

Abierto Apto para principiantes
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Evaluación

Dificultad
2/5
Tiempo estimado
1-3 horas
Aptitud para principiantes
68/100
Tipo de issue
Nueva funcionalidad
Claridad
Bastante claro
Estado de actividad
Tranquilo
Stack tecnológico
hpc, r

Línea de trabajo

Comienza localizando la plantilla predeterminada de LSF/OpenLava y cómo gestiona los recursos wa y wt. Verifica que los valores predeterminados soliciten SIGINT 1 minuto antes del límite de tiempo de ejecución, conservando los valores proporcionados por el usuario; estará listo cuando el envío generado use esos valores predeterminados y las anulaciones existentes sigan funcionando.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Descripción

feature/resources scheduler/lsf

When a job is approaching it's maximum run-time limit, LSF sends a SIGINT 10 seconds before sending a SIGKILL (abrupt; not capturable).

R code can handle the SIGINT, but the 10-second heads up might be a bit tight. To adjust this, we can use LSF options -wa <action> and -wt <minutes>, e.g. -wa INT -wt 1 will give us a 60-second heads up.

Idea

Update the default LSF template to signal SIGINT 60 seconds in advance. Something like:

<%
  ## Signal SIGINT 60 seconds (1 minute) before the run-time limit
  if (is.null(resources[["wa"]])) {
    resources[["wa"]] <- "INT"
  }
  if (is.null(resources[["wt"]])) {
    resources[["wt"]] <- 1
  }
%>
Lenguaje dominante
R
Estrellas
87
Forks
10
Métricas de merge de PR
Sin PR fusionados en 30 d

Preparar el entorno

Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

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