batchtools_slurm futures block (Was: stdout/stderr to log file only when using slurm?)
Chưa có ai nhận issue này.
Đánh giá
- Độ khó
- 4/5
- Thời gian dự kiến
- 3-5 ngày
- Mức phù hợp với người mới
- 35/100
Hướng nghiên cứu
Bắt đầu bằng cách tái hiện vòng lặp future() đã cho bằng future.batchtools trên một cụm Slurm và điều tra tùy chọn split được đề cập để xử lý đầu ra. Được xem là hoàn tất khi có thể gửi các job mà phiên gửi không phải chờ đầu ra đã capture, trong khi các cảnh báo chỉ được ghi vào các tệp log của Slurm.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Mô tả
I have a loop like this:
for (i in 14:11) {
f <- future({
warning("Sleeping ", i, " seconds")
Sys.sleep(i)
saveRDS(i^2, paste0("tmp-data/res", i))
})
}
and I would to output the warning in the log files only.
I've seen the new option split in a blog post to do both (but I didn't find it in the documentation).
The problem is that capturing this output and returning it to the main session usually blocks my session for a long time (sometimes minutes), and I would like to avoid this.
Basically, is there any way to use future/future.batchtools just to submit jobs on a slurm cluster without returning anything to the session sending them?
- Ngôn ngữ chính
- R
- Star
- 87
- Fork
- 10
- Chỉ số merge pull request
- Không có pull request nào được merge trong 30 ngày
Hướng dẫn đóng góp
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Issue khác của futureverse/future.batchtools
-
feature/resources scheduler/lsf
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 68/100
futureverse/future.batchtools#105 ·
-
feature/resources scheduler/sge
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 50/100
futureverse/future.batchtools#104 · 1 bình luận ·
-
feature/resources scheduler/slurm
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 66/100
futureverse/future.batchtools#103 ·
-
Add batchtools_hyperqueue() Đang mở
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 55/100
futureverse/future.batchtools#102 ·
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 15/100
Tất cả issue của futureverse/future.batchtools
Issue tương tự
-
area:livestock bug priority:low
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 88/100
eduaguilera/whep#1313 ·
-
rules
Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 92/100
-
Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 92/100
-
Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 78/100
The-Strategy-Unit/nhp_reskit#229 ·
-
Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 90/100
epiforecasts/EpiNow2#1547 ·