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Slurm template: Signal SIGINT by default to allow R code to catch it gracefully

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Evaluación

Dificultad
3/5
Tiempo estimado
1-2 días
Aptitud para principiantes
66/100
Tipo de issue
Nueva funcionalidad
Claridad
Bastante claro
Estado de actividad
Tranquilo
Stack tecnológico
r
Área
distributed-systems, infrastructure

Línea de trabajo

Localiza la plantilla de Slurm y el manejo de recursos detrás de plan(..., resources = list(signal = ...)); empieza comprobando cómo se transmiten actualmente los valores predeterminados específicos del scheduler y los valores de señal explícitos. Se considera completado cuando el valor predeterminado de Slurm usa B:INT@60, una señal proporcionada explícitamente sigue siendo efectiva y se han actualizado o añadido las pruebas existentes pertinentes, si el proyecto tiene cobertura para plantillas.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Descripción

feature/resources scheduler/slurm

When a job is approaching it's maximum run-time limit, Slurm sends a SIGTERM 30 seconds before sending a SIGKILL (abrupt; not capturable).

R code cannot handle SIGTERM signals, only SIGINT. If Slurm would signal SIGINT instead, we could capture it internally as an interrupt condition, and using tryCatch(..., interrupt = ...), on.exit(), and likes to gracefully exit, e.g. close connections, checkpoint intermediate results, etc.

Slurm allows us to declare what type of signal, and when, to signal when we approach the run-time limit. This can be done by declaring, e.g. --signal=B:INT@60.

Idea

First, should be able to control the signal explicitly via:

plan(..., resources = list(signal = "INT@60"))

already today.

Second, we could update the default to be signal = "INT@60" by adding the following to the template:

## Resources needed
<%
 ## Default to sending SIGINT 60 seconds before walltime limit 
 ## to allow graceful R-level cleanup/checkpointing
 if (is.null(resources[["signal"]])) {
   resources[["signal"]] <- "B:INT@60"
 }
 ...
%>

Third, alternative to a Slurm-specific resource name, we might harmonize the signal type and signal grace period with what is used by other job schedulers.

Lenguaje dominante
R
Estrellas
87
Forks
10
Sin PR fusionados en 30 d

Guía de contribución

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Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

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