Propietario

blekhmanlab

9 repositorios indexados · Ver en GitHub

host_gene_microbiome_interactions
Analysis framework for integrating gut microbiome and host gene expression data

R · 36 estrellas
biomehorizon
Plot microbiome time series in parallel

R · 27 estrellas
MicroBioMap
R package for fetching and parsing data of the Human Microbiome Compendium

R · 17 estrellas
hominid
Hominid: host-microbiome interaction identification

Python · 16 estrellas
compendium
Metadata ingest service

Python · 9 estrellas
compendium_website
Website for the Human Microbiome Compendium

TypeScript · 2 estrellas
snakemake-template
Quickstart for building out a new snakemake pipeline

Python · 0 estrellas
docker_dada2
Docker convenience image containing R and the DADA2 package (plus dependencies), used for processing amplicon data.

Dockerfile · 0 estrellas
snakemake-compendium
Human Microbiome Compendium processing pipeline

R · 0 estrellas

Para principiantes Todo

Abierto Todos

Generate (and log) seed for rarefaction step Abierto

blekhmanlab/MicroBioMap#33 · 1 asignado · Abierto el 5/5/2026
Retrieve projection library from zenodo Abierto

blekhmanlab/MicroBioMap#31 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 21/4/2026
Add projection web app documentation Abierto

documentation

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 58/100

blekhmanlab/MicroBioMap#30 · Abierto el 17/4/2026
Document custom ordination process Abierto

documentation

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 68/100

blekhmanlab/MicroBioMap#29 · Abierto el 17/4/2026
Add projection recipes Abierto

documentation

blekhmanlab/MicroBioMap#27 · 1 asignado · Abierto el 16/4/2026
Add projection to vignette Abierto

documentation

Dificultad 2/5 Medio día Aptitud para principiantes 45/100

blekhmanlab/MicroBioMap#26 · 1 comentario · Abierto el 16/4/2026
Prep release of projection code Abierto

blekhmanlab/MicroBioMap#25 · 1 asignado · Abierto el 16/4/2026
Marginal plots for main scatter plot Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 52/100

blekhmanlab/compendium_website#43 · Abierto el 16/4/2026
Project similarity search Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

blekhmanlab/compendium_website#41 · Abierto el 16/4/2026
Examples of generating maps Abierto

documentation

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 42/100

blekhmanlab/MicroBioMap#28 · Abierto el 17/3/2026
Add software license to repository Abierto

blekhmanlab/compendium_website#38 · 1 asignado · Abierto el 11/3/2026
Define ordinations from custom taxon weights Abierto

blekhmanlab/MicroBioMap#24 · 1 asignado · Abierto el 19/2/2026
Define ordinations from custom subset of compendium Abierto

blekhmanlab/MicroBioMap#23 · 1 asignado · Abierto el 19/2/2026
Project user data using pre-calculated ordinarions Abierto

blekhmanlab/MicroBioMap#22 · 2 comentarios · 1 asignado · Abierto el 19/2/2026
Update DADA2 image version Abierto

blekhmanlab/snakemake-compendium#11 · 1 asignado · Abierto el 18/2/2026
Upgrade DADA2 to v1.38 Abierto

blekhmanlab/docker_dada2#2 · 1 asignado · Abierto el 18/2/2026
Specify branch for retrieving snakemake repository Abierto

enhancement

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 45/100

blekhmanlab/compendium#21 · Abierto el 12/8/2025
Snakemake throws MissingOutputException when a sample is completely filtered out Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

blekhmanlab/snakemake-compendium#10 · Abierto el 8/8/2025
Accession list parsing does not accommodate EOF newline char Abierto

bug

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 45/100

blekhmanlab/compendium#20 · Abierto el 6/8/2025
Link to visualization tool http://z.umn.edu/genemicrobe is down Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 45/100

blekhmanlab/hominid#7 · Abierto el 22/7/2025
Accommodate multiple taxa in database and workflow Abierto

enhancement

blekhmanlab/compendium#18 · 1 asignado · Abierto el 12/2/2025
Update for snakemake 8 Abierto

blekhmanlab/snakemake-template#1 · 1 asignado · Abierto el 4/4/2024
taxanomy information at strain level Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

blekhmanlab/MicroBioMap#16 · 6 comentarios · 1 reacción · Abierto el 18/2/2024
origin function: median of the preceding timepoint Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

blekhmanlab/biomehorizon#17 · 1 comentario · Abierto el 8/11/2023
Clean up non-idiomatic code in vignette Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 45/100

blekhmanlab/MicroBioMap#14 · Abierto el 21/10/2023
Taxonomic levels Genus names at Family rank Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

blekhmanlab/MicroBioMap#13 · 1 comentario · Abierto el 16/10/2023
error in lasso.proj Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 20/100

blekhmanlab/host_gene_microbiome_interactions#3 · Abierto el 26/9/2023
Include "recipes" in vignette Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

blekhmanlab/MicroBioMap#12 · 1 comentario · Abierto el 29/8/2023
Map organisms to Greengenes2 Abierto

blekhmanlab/MicroBioMap#10 · 1 asignado · Abierto el 4/8/2023
Provide link for studies in compendium in BugSigDB Abierto

blekhmanlab/MicroBioMap#9 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 4/8/2023
Co-occurrence visualization Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

blekhmanlab/MicroBioMap#7 · Abierto el 1/8/2023
Background text for pipeline Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

blekhmanlab/MicroBioMap#6 · Abierto el 1/8/2023
Manager doesn't detect when pipeline errors crashed snakemake Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

blekhmanlab/compendium#14 · Abierto el 17/1/2023
Add ability to restart a failed project as single-end Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

blekhmanlab/compendium#13 · Abierto el 13/1/2023
Add ability to restart a failed project with `matchids` option Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 30/100

blekhmanlab/compendium#12 · Abierto el 13/1/2023
Fasterq error downloading SRA files Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 20/100

blekhmanlab/snakemake-compendium#9 · Abierto el 12/1/2023
Automatic submission of projects miscounts restarted projects Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

blekhmanlab/compendium#11 · Abierto el 12/1/2023
When user requests project status, it should include info from DB Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

blekhmanlab/compendium#10 · Abierto el 12/1/2023
Checking status of re-run jobs overestimates progress Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 42/100

blekhmanlab/compendium#9 · Abierto el 10/1/2023
Restructure project Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

blekhmanlab/compendium#8 · Abierto el 9/1/2023
Trigger orchestrator with onsuccess handler Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

blekhmanlab/snakemake-compendium#8 · Abierto el 9/1/2023
Pipeline stalls when prefetch can't reach a sample Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 32/100

blekhmanlab/compendium#5 · 4 comentarios · Abierto el 8/1/2023
Organize and document shared resources Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 30/100

blekhmanlab/snakemake-compendium#7 · Abierto el 6/1/2023
Upgrade DADA2 to v 1.26 Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 42/100

blekhmanlab/docker_dada2#1 · Abierto el 22/12/2022
Add testing Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

blekhmanlab/compendium#4 · Abierto el 21/12/2022
Troubleshoot DADA2 image in Singularity Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

blekhmanlab/snakemake-compendium#6 · Abierto el 21/12/2022
Add integration testing Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

blekhmanlab/snakemake-compendium#4 · Abierto el 21/12/2022
Convert to CLI tool Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

blekhmanlab/compendium#1 · 1 comentario · Abierto el 20/12/2022
Error in estimate.sigma.fit.hdi(x, y, gene_list[i]) : Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

blekhmanlab/host_gene_microbiome_interactions#2 · Abierto el 24/5/2022
otudata has duplicate OTU rows Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

blekhmanlab/biomehorizon#13 · 5 comentarios · Abierto el 19/5/2022

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