Proprietario

blekhmanlab

9 repository indicizzati · Vedi su GitHub

host_gene_microbiome_interactions
Analysis framework for integrating gut microbiome and host gene expression data

R · 36 stelle
biomehorizon
Plot microbiome time series in parallel

R · 27 stelle
MicroBioMap
R package for fetching and parsing data of the Human Microbiome Compendium

R · 17 stelle
hominid
Hominid: host-microbiome interaction identification

Python · 16 stelle
compendium
Metadata ingest service

Python · 9 stelle
compendium_website
Website for the Human Microbiome Compendium

TypeScript · 2 stelle
snakemake-template
Quickstart for building out a new snakemake pipeline

Python · 0 stelle
docker_dada2
Docker convenience image containing R and the DADA2 package (plus dependencies), used for processing amplicon data.

Dockerfile · 0 stelle
snakemake-compendium
Human Microbiome Compendium processing pipeline

R · 0 stelle

Adatte ai principianti Tutto

Aperta Tutte

Generate (and log) seed for rarefaction step Aperta

blekhmanlab/MicroBioMap#33 · 1 assegnatario · Aperta il 5/5/2026
Retrieve projection library from zenodo Aperta

blekhmanlab/MicroBioMap#31 · 1 commento · 1 assegnatario · Aperta il 21/4/2026
Add projection web app documentation Aperta

documentation

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 58/100

blekhmanlab/MicroBioMap#30 · Aperta il 17/4/2026
Document custom ordination process Aperta

documentation

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 68/100

blekhmanlab/MicroBioMap#29 · Aperta il 17/4/2026
Add projection recipes Aperta

documentation

blekhmanlab/MicroBioMap#27 · 1 assegnatario · Aperta il 16/4/2026
Add projection to vignette Aperta

documentation

Difficoltà 2/5 Mezza giornata Idoneità per principianti 45/100

blekhmanlab/MicroBioMap#26 · 1 commento · Aperta il 16/4/2026
Prep release of projection code Aperta

blekhmanlab/MicroBioMap#25 · 1 assegnatario · Aperta il 16/4/2026
Marginal plots for main scatter plot Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 52/100

blekhmanlab/compendium_website#43 · Aperta il 16/4/2026
Project similarity search Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

blekhmanlab/compendium_website#41 · Aperta il 16/4/2026
Examples of generating maps Aperta

documentation

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 42/100

blekhmanlab/MicroBioMap#28 · Aperta il 17/3/2026
Add software license to repository Aperta

blekhmanlab/compendium_website#38 · 1 assegnatario · Aperta il 11/3/2026
Define ordinations from custom taxon weights Aperta

blekhmanlab/MicroBioMap#24 · 1 assegnatario · Aperta il 19/2/2026
Define ordinations from custom subset of compendium Aperta

blekhmanlab/MicroBioMap#23 · 1 assegnatario · Aperta il 19/2/2026
Project user data using pre-calculated ordinarions Aperta

blekhmanlab/MicroBioMap#22 · 2 commenti · 1 assegnatario · Aperta il 19/2/2026
Update DADA2 image version Aperta

blekhmanlab/snakemake-compendium#11 · 1 assegnatario · Aperta il 18/2/2026
Upgrade DADA2 to v1.38 Aperta

blekhmanlab/docker_dada2#2 · 1 assegnatario · Aperta il 18/2/2026
Specify branch for retrieving snakemake repository Aperta

enhancement

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 45/100

blekhmanlab/compendium#21 · Aperta il 12/8/2025
Snakemake throws MissingOutputException when a sample is completely filtered out Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

blekhmanlab/snakemake-compendium#10 · Aperta il 8/8/2025
Accession list parsing does not accommodate EOF newline char Aperta

bug

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 45/100

blekhmanlab/compendium#20 · Aperta il 6/8/2025
Link to visualization tool http://z.umn.edu/genemicrobe is down Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 45/100

blekhmanlab/hominid#7 · Aperta il 22/7/2025
Accommodate multiple taxa in database and workflow Aperta

enhancement

blekhmanlab/compendium#18 · 1 assegnatario · Aperta il 12/2/2025
Update for snakemake 8 Aperta

blekhmanlab/snakemake-template#1 · 1 assegnatario · Aperta il 4/4/2024
taxanomy information at strain level Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

blekhmanlab/MicroBioMap#16 · 6 commenti · 1 reazione · Aperta il 18/2/2024
origin function: median of the preceding timepoint Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

blekhmanlab/biomehorizon#17 · 1 commento · Aperta il 8/11/2023
Clean up non-idiomatic code in vignette Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 45/100

blekhmanlab/MicroBioMap#14 · Aperta il 21/10/2023
Taxonomic levels Genus names at Family rank Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

blekhmanlab/MicroBioMap#13 · 1 commento · Aperta il 16/10/2023
error in lasso.proj Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 20/100

blekhmanlab/host_gene_microbiome_interactions#3 · Aperta il 26/9/2023
Include "recipes" in vignette Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

blekhmanlab/MicroBioMap#12 · 1 commento · Aperta il 29/8/2023
Map organisms to Greengenes2 Aperta

blekhmanlab/MicroBioMap#10 · 1 assegnatario · Aperta il 4/8/2023
Provide link for studies in compendium in BugSigDB Aperta

blekhmanlab/MicroBioMap#9 · 1 commento · 1 assegnatario · Aperta il 4/8/2023
Co-occurrence visualization Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

blekhmanlab/MicroBioMap#7 · Aperta il 1/8/2023
Background text for pipeline Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

blekhmanlab/MicroBioMap#6 · Aperta il 1/8/2023
Manager doesn't detect when pipeline errors crashed snakemake Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

blekhmanlab/compendium#14 · Aperta il 17/1/2023
Add ability to restart a failed project as single-end Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

blekhmanlab/compendium#13 · Aperta il 13/1/2023
Add ability to restart a failed project with `matchids` option Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 30/100

blekhmanlab/compendium#12 · Aperta il 13/1/2023
Fasterq error downloading SRA files Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 20/100

blekhmanlab/snakemake-compendium#9 · Aperta il 12/1/2023
Automatic submission of projects miscounts restarted projects Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

blekhmanlab/compendium#11 · Aperta il 12/1/2023
When user requests project status, it should include info from DB Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

blekhmanlab/compendium#10 · Aperta il 12/1/2023
Checking status of re-run jobs overestimates progress Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 42/100

blekhmanlab/compendium#9 · Aperta il 10/1/2023
Restructure project Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

blekhmanlab/compendium#8 · Aperta il 9/1/2023
Trigger orchestrator with onsuccess handler Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

blekhmanlab/snakemake-compendium#8 · Aperta il 9/1/2023
Pipeline stalls when prefetch can't reach a sample Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 32/100

blekhmanlab/compendium#5 · 4 commenti · Aperta il 8/1/2023
Organize and document shared resources Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 30/100

blekhmanlab/snakemake-compendium#7 · Aperta il 6/1/2023
Upgrade DADA2 to v 1.26 Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 42/100

blekhmanlab/docker_dada2#1 · Aperta il 22/12/2022
Add testing Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

blekhmanlab/compendium#4 · Aperta il 21/12/2022
Troubleshoot DADA2 image in Singularity Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

blekhmanlab/snakemake-compendium#6 · Aperta il 21/12/2022
Add integration testing Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

blekhmanlab/snakemake-compendium#4 · Aperta il 21/12/2022
Convert to CLI tool Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

blekhmanlab/compendium#1 · 1 commento · Aperta il 20/12/2022
Error in estimate.sigma.fit.hdi(x, y, gene_list[i]) : Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

blekhmanlab/host_gene_microbiome_interactions#2 · Aperta il 24/5/2022
otudata has duplicate OTU rows Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

blekhmanlab/biomehorizon#13 · 5 commenti · Aperta il 19/5/2022

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