blekhmanlab/compendium

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Metadata ingest service

Estrellas: 9
Forks: 0
Issues abiertos para principiantes: 0
Issues indexados: 13

Lenguaje dominante: Python
Licencia: Apache-2.0
Último push a GitHub: 27/8/2025
Última indexación: 14/9/2026
Guía de contribución: Sin guía de contribución
Código de conducta: Sin código de conducta
Etiquetas para principiantes: Sin etiquetas para principiantes indexadas
Métricas de merge de PR: Sin PR fusionados en 30 d

Para principiantes Todo

Abierto Todos

13 issues abiertos indexados

Specify branch for retrieving snakemake repository Abierto

enhancement

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 45/100

blekhmanlab/compendium#21 · Abierto el 12/8/2025
Accession list parsing does not accommodate EOF newline char Abierto

bug

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 45/100

blekhmanlab/compendium#20 · Abierto el 6/8/2025
Accommodate multiple taxa in database and workflow Abierto

enhancement

blekhmanlab/compendium#18 · 1 asignado · Abierto el 12/2/2025
Manager doesn't detect when pipeline errors crashed snakemake Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

blekhmanlab/compendium#14 · Abierto el 17/1/2023
Add ability to restart a failed project as single-end Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

blekhmanlab/compendium#13 · Abierto el 13/1/2023
Add ability to restart a failed project with `matchids` option Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 30/100

blekhmanlab/compendium#12 · Abierto el 13/1/2023
Automatic submission of projects miscounts restarted projects Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

blekhmanlab/compendium#11 · Abierto el 12/1/2023
When user requests project status, it should include info from DB Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

blekhmanlab/compendium#10 · Abierto el 12/1/2023
Checking status of re-run jobs overestimates progress Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 42/100

blekhmanlab/compendium#9 · Abierto el 10/1/2023
Restructure project Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

blekhmanlab/compendium#8 · Abierto el 9/1/2023
Pipeline stalls when prefetch can't reach a sample Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 32/100

blekhmanlab/compendium#5 · 4 comentarios · Abierto el 8/1/2023
Add testing Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

blekhmanlab/compendium#4 · Abierto el 21/12/2022
Convert to CLI tool Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

blekhmanlab/compendium#1 · 1 comentario · Abierto el 20/12/2022

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