Chủ sở hữu
blekhmanlab
Đã lập chỉ mục 9 kho mã nguồn · Xem trên GitHub
-
host_gene_microbiome_interactions
Analysis framework for integrating gut microbiome and host gene expression data
R · 36 star
-
biomehorizon
Plot microbiome time series in parallel
R · 27 star
-
MicroBioMap
R package for fetching and parsing data of the Human Microbiome Compendium
R · 17 star
-
hominid
Hominid: host-microbiome interaction identification
Python · 16 star
-
compendium
Metadata ingest service
Python · 9 star
-
compendium_website
Website for the Human Microbiome Compendium
TypeScript · 2 star
-
snakemake-template
Quickstart for building out a new snakemake pipeline
Python · 0 star
-
docker_dada2
Docker convenience image containing R and the DADA2 package (plus dependencies), used for processing amplicon data.
Dockerfile · 0 star
-
snakemake-compendium
Human Microbiome Compendium processing pipeline
R · 0 star
-
blekhmanlab/MicroBioMap#33 · 1 người được giao ·
-
blekhmanlab/MicroBioMap#31 · 1 bình luận · 1 người được giao ·
-
documentation
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 58/100
blekhmanlab/MicroBioMap#30 ·
-
documentation
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 68/100
blekhmanlab/MicroBioMap#29 ·
-
Add projection recipes Đang mởdocumentation
blekhmanlab/MicroBioMap#27 · 1 người được giao ·
-
Add projection to vignette Đang mởdocumentation
Độ khó 2/5 Nửa ngày Mức phù hợp với người mới 45/100
blekhmanlab/MicroBioMap#26 · 1 bình luận ·
-
Prep release of projection code Đang mở
blekhmanlab/MicroBioMap#25 · 1 người được giao ·
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 52/100
-
Project similarity search Đang mở
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100
-
Examples of generating maps Đang mởdocumentation
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 42/100
blekhmanlab/MicroBioMap#28 ·
-
blekhmanlab/compendium_website#38 · 1 người được giao ·
-
blekhmanlab/MicroBioMap#24 · 1 người được giao ·
-
blekhmanlab/MicroBioMap#23 · 1 người được giao ·
-
blekhmanlab/MicroBioMap#22 · 2 bình luận · 1 người được giao ·
-
Update DADA2 image version Đang mở
blekhmanlab/snakemake-compendium#11 · 1 người được giao ·
-
Upgrade DADA2 to v1.38 Đang mở
blekhmanlab/docker_dada2#2 · 1 người được giao ·
-
enhancement
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 45/100
blekhmanlab/compendium#21 ·
-
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100
-
bug
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 45/100
blekhmanlab/compendium#20 ·
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 45/100
blekhmanlab/hominid#7 ·
-
enhancement
blekhmanlab/compendium#18 · 1 người được giao ·
-
Update for snakemake 8 Đang mở
blekhmanlab/snakemake-template#1 · 1 người được giao ·
-
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 20/100
blekhmanlab/MicroBioMap#16 · 6 bình luận · 1 reaction ·
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100
blekhmanlab/biomehorizon#17 · 1 bình luận ·
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 45/100
blekhmanlab/MicroBioMap#14 ·
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 25/100
blekhmanlab/MicroBioMap#13 · 1 bình luận ·
-
error in lasso.proj Đang mở
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 20/100
-
Include "recipes" in vignette Đang mở
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100
blekhmanlab/MicroBioMap#12 · 1 bình luận ·
-
Map organisms to Greengenes2 Đang mở
blekhmanlab/MicroBioMap#10 · 1 người được giao ·
-
blekhmanlab/MicroBioMap#9 · 1 bình luận · 1 người được giao ·
-
Co-occurrence visualization Đang mở
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100
-
Background text for pipeline Đang mở
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 20/100
-
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100
blekhmanlab/compendium#14 ·
-
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100
blekhmanlab/compendium#13 ·
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 30/100
blekhmanlab/compendium#12 ·
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 20/100
-
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100
blekhmanlab/compendium#11 ·
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100
blekhmanlab/compendium#10 ·
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 42/100
-
Restructure project Đang mở
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 20/100
-
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 20/100
-
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 32/100
blekhmanlab/compendium#5 · 4 bình luận ·
-
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 30/100
-
Upgrade DADA2 to v 1.26 Đang mở
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 42/100
-
Add testing Đang mở
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 25/100
-
Add integration testing Đang mở
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100
-
Convert to CLI tool Đang mở
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100
blekhmanlab/compendium#1 · 1 bình luận ·
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 25/100
-
otudata has duplicate OTU rows Đang mở
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100
blekhmanlab/biomehorizon#13 · 5 bình luận ·