log to TS
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Evaluación
- Dificultad
- 5/5
- Tiempo estimado
- Más de una semana
- Aptitud para principiantes
- 25/100
Línea de trabajo
Start by locating the log-to-TS method and the ASE Gaussian calculator code that writes the input title block. Review how TS metadata is currently recovered from atom sorting labels. Done means Gaussian inputs preserve ts.reaction_label, ts.reaction_family, ts.direction, and labeled atoms so log-to-TS generation remains reliable across ASE versions.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
To update the TS database, we need to work backwards: generate a TS from a log file. We currently rely on the atom sorting labels to identify the atoms in the reaction center. However, sometimes the sorting labels in the log file don't match up with the TS sorting labels (if using a different version of ase for example). We could make the log to TS method more robust if we include key information in the gaussian log file needed to generate the TS, such as ts.reaction_label, ts.reaction_family, ts.direction, and ts.rmg_molecule.get_all_labeled_atoms(). We could do this by adding these attributes to the title block of the gaussian input file (unfortunately Gaussian doesn't print comments in output). However, ase's gaussian calculator does not have a title parameter (it just writes Gaussian input prepared by ASE), so we would need to change ase Gaussian code
- Lenguaje dominante
- Python
- Estrellas
- 51
- Forks
- 19
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Preparar el entorno
Este proyecto no incluye contenedor de desarrollo, Dockerfile ni guía de contribución, así que la configuración corre por tu cuenta: empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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