log to TS
まだ誰も着手していません。
評価
- 難易度
- 5/5
- 見積もり時間
- 1週間以上
- 初心者へのやさしさ
- 25/100
調査の方向性
Start by locating the log-to-TS method and the ASE Gaussian calculator code that writes the input title block. Review how TS metadata is currently recovered from atom sorting labels. Done means Gaussian inputs preserve ts.reaction_label, ts.reaction_family, ts.direction, and labeled atoms so log-to-TS generation remains reliable across ASE versions.
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
To update the TS database, we need to work backwards: generate a TS from a log file. We currently rely on the atom sorting labels to identify the atoms in the reaction center. However, sometimes the sorting labels in the log file don't match up with the TS sorting labels (if using a different version of ase for example). We could make the log to TS method more robust if we include key information in the gaussian log file needed to generate the TS, such as ts.reaction_label, ts.reaction_family, ts.direction, and ts.rmg_molecule.get_all_labeled_atoms(). We could do this by adding these attributes to the title block of the gaussian input file (unfortunately Gaussian doesn't print comments in output). However, ase's gaussian calculator does not have a title parameter (it just writes Gaussian input prepared by ASE), so we would need to change ase Gaussian code
- 主要言語
- Python
- スター
- 51
- フォーク
- 19
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
環境構築
このプロジェクトには開発コンテナ、Dockerfile、コントリビューションガイドがありません。まず README を読み、一般的な手順ははじめてのコントリビューションガイドを参照してください。
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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