log to TS
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Valutazione
- Difficoltà
- 5/5
- Tempo stimato
- Più di una settimana
- Idoneità per principianti
- 25/100
Direzione di ricerca
Start by locating the log-to-TS method and the ASE Gaussian calculator code that writes the input title block. Review how TS metadata is currently recovered from atom sorting labels. Done means Gaussian inputs preserve ts.reaction_label, ts.reaction_family, ts.direction, and labeled atoms so log-to-TS generation remains reliable across ASE versions.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
To update the TS database, we need to work backwards: generate a TS from a log file. We currently rely on the atom sorting labels to identify the atoms in the reaction center. However, sometimes the sorting labels in the log file don't match up with the TS sorting labels (if using a different version of ase for example). We could make the log to TS method more robust if we include key information in the gaussian log file needed to generate the TS, such as ts.reaction_label, ts.reaction_family, ts.direction, and ts.rmg_molecule.get_all_labeled_atoms(). We could do this by adding these attributes to the title block of the gaussian input file (unfortunately Gaussian doesn't print comments in output). However, ase's gaussian calculator does not have a title parameter (it just writes Gaussian input prepared by ASE), so we would need to change ase Gaussian code
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 51
- Fork
- 19
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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