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Conformer generation isn't deterministic

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@sevyharris ya está trabajando en esto.

Desde el 18/2/2025.

Evaluación

Este issue todavía no se ha evaluado.

Descripción

When you create a new AutoTST species, it gets the geometry from RDKit's Embed functionality without using a random seed, so you get a different result each time.

Here are 3 different versions of butane AutoTST gives you if create the species 3 times.

import ase
import ase.visualize
import autotst.species

my_ase_atoms = []
for i in range(3):
    my_species = autotst.species.Species(smiles=['CCCC'])
    my_ase_atoms.append(my_species.conformers['CCCC'][0].get_ase_mol())
    
ase.visualize.view(my_ase_atoms[0] + my_ase_atoms[1] + my_ase_atoms[2], viewer='x3d')

Image

This is a problem if you have a workflow that has to rebuild AutoTST objects every time it restarts. We should set the random seed.

Lenguaje dominante
Python
Estrellas
51
Forks
19
Sin PR fusionados en 30 d

Preparar el entorno

Este proyecto no incluye contenedor de desarrollo, Dockerfile ni guía de contribución, así que la configuración corre por tu cuenta: empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.

Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

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