Segmentation Fault
Evaluación
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Aptitud para principiantes
- 25/100
Línea de trabajo
Comienza con el stack trace en PyCall.jl:118 y los frames de NumPy _buffer_info_free y array_dealloc; reproduce el fallo en torno a las llamadas a la API de Python de OpenMM. Se considera terminado cuando se haya identificado un reproductor mínimo y documentado una causa o solución confirmada.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
I keep running into Segmentation fault errors.
This happens most probably during calls to the OpenMM Python API.
Here is my "error message"
Stacktrace
[13736] signal 11 (1): Segmentation fault
in expression starting at none:0
_PyInterpreterState_GET at /usr/local/src/conda/python-3.12.8/Include/internal/pycore_pystate.h:133 [inlined]
get_state at /usr/local/src/conda/python-3.12.8/Objects/obmalloc.c:866 [inlined]
_PyObject_Free at /usr/local/src/conda/python-3.12.8/Objects/obmalloc.c:1850 [inlined]
PyObject_Free at /usr/local/src/conda/python-3.12.8/Objects/obmalloc.c:830
_buffer_info_free at /data/numerik/people/bzfsikor/conda/envs/conda_jl/lib/python3.12/site-packages/numpy/core/_multiarray_umath.cpython-312-x86_64-linux-gnu.so (unknown line)
array_dealloc at /data/numerik/people/bzfsikor/conda/envs/conda_jl/lib/python3.12/site-packages/numpy/core/_multiarray_umath.cpython-312-x86_64-linux-gnu.so (unknown line)
pydecref_ at /data/numerik/people/bzfsikor/software/julia_depot/packages/PyCall/1gn3u/src/PyCall.jl:118
pydecref at /data/numerik/people/bzfsikor/software/julia_depot/packages/PyCall/1gn3u/src/PyCall.jl:123
jfptr_pydecref_4550 at /data/numerik/people/bzfsikor/software/julia_depot/compiled/v1.11/PyCall/GkzkC_ddiUX.so (unknown line)
run_finalizer at /cache/build/builder-demeter6-3/julialang/julia-release-1-dot-11/src/gc.c:299
jl_gc_run_finalizers_in_list at /cache/build/builder-demeter6-3/julialang/julia-release-1-dot-11/src/gc.c:389
run_finalizers at /cache/build/builder-demeter6-3/julialang/julia-release-1-dot-11/src/gc.c:435
enable_finalizers at ./gcutils.jl:161 [inlined]
unlock at ./lock.jl:178 [inlined]
macro expansion at ./lock.jl:275 [inlined]
#282 at /home/htc/bzfsikor/.julia/juliaup/julia-1.11.3+0.x64.linux.gnu/share/julia/stdlib/v1.11/REPL/src/LineEdit.jl:2851
jfptr_YY.282_9263 at /data/numerik/people/bzfsikor/software/julia_depot/compiled/v1.11/REPL/u0gqU_dovaC.so (unknown line)
jl_apply at /cache/build/builder-demeter6-3/julialang/julia-release-1-dot-11/src/julia.h:2157 [inlined]
start_task at /cache/build/builder-demeter6-3/julialang/julia-release-1-dot-11/src/task.c:1202
Allocations: 775171170 (Pool: 775164164; Big: 7006); GC: 5349
fish: Job 1, 'env JULIA_HISTORY=./.history.jl…' terminated by signal SIGSEGV (Address boundary error)
I have no idea how to investigate this further.
- Lenguaje dominante
- Julia
- Estrellas
- 1.5k
- Forks
- 186
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Preparar el entorno
Este proyecto no incluye contenedor de desarrollo, Dockerfile ni guía de contribución, así que la configuración corre por tu cuenta: empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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