Segmentation Fault

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@topolarity arbeitet bereits daran.

Seit 10.3.2026.

  • #1097 von @topolarity — offen

Bewertung

Schwierigkeit
4/5
Geschätzter Aufwand
3-5 Tage
Anfängerfreundlichkeit
25/100
Issue-Typ
Bug
Klarheit
Muss geklärt werden
Aktivitätsstatus
Veraltet
Tech-Stack
julia, numpy, python
Bereich
api, backend

Rechercherichtung

Beginne mit dem Stacktrace bei PyCall.jl:118 und den NumPy-Frames _buffer_info_free und array_dealloc; reproduziere den Fehler im Umfeld der Aufrufe der OpenMM Python API. Als abgeschlossen gilt die Identifizierung eines minimalen Reprodukters und die Dokumentation einer bestätigten Ursache oder Lösung.

Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.

Beschreibung

I keep running into Segmentation fault errors.

This happens most probably during calls to the OpenMM Python API.
Here is my "error message"

Stacktrace 
[13736] signal 11 (1): Segmentation fault                                                                                                                                                                                                                  
in expression starting at none:0                                                                                                                                                                                                                           
_PyInterpreterState_GET at /usr/local/src/conda/python-3.12.8/Include/internal/pycore_pystate.h:133 [inlined]                                                                                                                                              
get_state at /usr/local/src/conda/python-3.12.8/Objects/obmalloc.c:866 [inlined]                                                                                                                                                                           
_PyObject_Free at /usr/local/src/conda/python-3.12.8/Objects/obmalloc.c:1850 [inlined]
PyObject_Free at /usr/local/src/conda/python-3.12.8/Objects/obmalloc.c:830
_buffer_info_free at /data/numerik/people/bzfsikor/conda/envs/conda_jl/lib/python3.12/site-packages/numpy/core/_multiarray_umath.cpython-312-x86_64-linux-gnu.so (unknown line)
array_dealloc at /data/numerik/people/bzfsikor/conda/envs/conda_jl/lib/python3.12/site-packages/numpy/core/_multiarray_umath.cpython-312-x86_64-linux-gnu.so (unknown line)
pydecref_ at /data/numerik/people/bzfsikor/software/julia_depot/packages/PyCall/1gn3u/src/PyCall.jl:118
pydecref at /data/numerik/people/bzfsikor/software/julia_depot/packages/PyCall/1gn3u/src/PyCall.jl:123
jfptr_pydecref_4550 at /data/numerik/people/bzfsikor/software/julia_depot/compiled/v1.11/PyCall/GkzkC_ddiUX.so (unknown line) 
run_finalizer at /cache/build/builder-demeter6-3/julialang/julia-release-1-dot-11/src/gc.c:299
jl_gc_run_finalizers_in_list at /cache/build/builder-demeter6-3/julialang/julia-release-1-dot-11/src/gc.c:389
run_finalizers at /cache/build/builder-demeter6-3/julialang/julia-release-1-dot-11/src/gc.c:435
enable_finalizers at ./gcutils.jl:161 [inlined]
unlock at ./lock.jl:178 [inlined]
macro expansion at ./lock.jl:275 [inlined]
#282 at /home/htc/bzfsikor/.julia/juliaup/julia-1.11.3+0.x64.linux.gnu/share/julia/stdlib/v1.11/REPL/src/LineEdit.jl:2851
jfptr_YY.282_9263 at /data/numerik/people/bzfsikor/software/julia_depot/compiled/v1.11/REPL/u0gqU_dovaC.so (unknown line)
jl_apply at /cache/build/builder-demeter6-3/julialang/julia-release-1-dot-11/src/julia.h:2157 [inlined]
start_task at /cache/build/builder-demeter6-3/julialang/julia-release-1-dot-11/src/task.c:1202
Allocations: 775171170 (Pool: 775164164; Big: 7006); GC: 5349
fish: Job 1, 'env JULIA_HISTORY=./.history.jl…' terminated by signal SIGSEGV (Address boundary error)

I have no idea how to investigate this further.

Vorherrschende Sprache
Julia
Sterne
1.5k
Forks
186
Ø Merge
7 T. 10 Std.
Gemergte PRs (30 T.)
2

Entwicklungsumgebung

Dieses Projekt bietet weder Dev-Container noch Dockerfile noch Beitragsleitfaden – die Einrichtung liegt bei Ihnen. Beginnen Sie mit der README; die allgemeinen Schritte stehen in unserem Leitfaden für den ersten Beitrag.

Erste Schritte

  1. Lesen Sie das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
  2. Schreiben Sie ins Issue, dass Sie es übernehmen — das erspart doppelte Arbeit.
  3. Forken Sie das Repository und arbeiten Sie in einem Branch.
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