Segmentation Fault
Chưa có ai nhận issue này.
Đánh giá
- Độ khó
- 4/5
- Thời gian dự kiến
- 3-5 ngày
- Mức phù hợp với người mới
- 25/100
Hướng nghiên cứu
Bắt đầu với stack trace tại PyCall.jl:118 và các frame _buffer_info_free và array_dealloc của NumPy; tái hiện lỗi xung quanh các lệnh gọi OpenMM Python API. Hoàn thành khi xác định được một trình tái hiện tối thiểu và ghi lại nguyên nhân hoặc cách sửa đã được xác nhận.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Mô tả
I keep running into Segmentation fault errors.
This happens most probably during calls to the OpenMM Python API.
Here is my "error message"
Stacktrace
[13736] signal 11 (1): Segmentation fault
in expression starting at none:0
_PyInterpreterState_GET at /usr/local/src/conda/python-3.12.8/Include/internal/pycore_pystate.h:133 [inlined]
get_state at /usr/local/src/conda/python-3.12.8/Objects/obmalloc.c:866 [inlined]
_PyObject_Free at /usr/local/src/conda/python-3.12.8/Objects/obmalloc.c:1850 [inlined]
PyObject_Free at /usr/local/src/conda/python-3.12.8/Objects/obmalloc.c:830
_buffer_info_free at /data/numerik/people/bzfsikor/conda/envs/conda_jl/lib/python3.12/site-packages/numpy/core/_multiarray_umath.cpython-312-x86_64-linux-gnu.so (unknown line)
array_dealloc at /data/numerik/people/bzfsikor/conda/envs/conda_jl/lib/python3.12/site-packages/numpy/core/_multiarray_umath.cpython-312-x86_64-linux-gnu.so (unknown line)
pydecref_ at /data/numerik/people/bzfsikor/software/julia_depot/packages/PyCall/1gn3u/src/PyCall.jl:118
pydecref at /data/numerik/people/bzfsikor/software/julia_depot/packages/PyCall/1gn3u/src/PyCall.jl:123
jfptr_pydecref_4550 at /data/numerik/people/bzfsikor/software/julia_depot/compiled/v1.11/PyCall/GkzkC_ddiUX.so (unknown line)
run_finalizer at /cache/build/builder-demeter6-3/julialang/julia-release-1-dot-11/src/gc.c:299
jl_gc_run_finalizers_in_list at /cache/build/builder-demeter6-3/julialang/julia-release-1-dot-11/src/gc.c:389
run_finalizers at /cache/build/builder-demeter6-3/julialang/julia-release-1-dot-11/src/gc.c:435
enable_finalizers at ./gcutils.jl:161 [inlined]
unlock at ./lock.jl:178 [inlined]
macro expansion at ./lock.jl:275 [inlined]
#282 at /home/htc/bzfsikor/.julia/juliaup/julia-1.11.3+0.x64.linux.gnu/share/julia/stdlib/v1.11/REPL/src/LineEdit.jl:2851
jfptr_YY.282_9263 at /data/numerik/people/bzfsikor/software/julia_depot/compiled/v1.11/REPL/u0gqU_dovaC.so (unknown line)
jl_apply at /cache/build/builder-demeter6-3/julialang/julia-release-1-dot-11/src/julia.h:2157 [inlined]
start_task at /cache/build/builder-demeter6-3/julialang/julia-release-1-dot-11/src/task.c:1202
Allocations: 775171170 (Pool: 775164164; Big: 7006); GC: 5349
fish: Job 1, 'env JULIA_HISTORY=./.history.jl…' terminated by signal SIGSEGV (Address boundary error)
I have no idea how to investigate this further.
- Ngôn ngữ chính
- Julia
- Star
- 1.5k
- Fork
- 186
- Chỉ số merge pull request
- Không có pull request nào được merge trong 30 ngày
Chuẩn bị môi trường
Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Issue khác của JuliaPy/PyCall.jl
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 68/100
-
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 20/100
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100
-
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100
Tất cả issue của JuliaPy/PyCall.jl
Issue tương tự
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 68/100
CliMA/ClimaArtifacts#184 ·
-
In-place Vern7 stiffness estimate uses mismatched stage valuesCó thể đã có người làm @devmotion đã nhận hôm nay. Đang mở
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 72/100
SciML/OrdinaryDiffEq.jl#4778 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
`pick_batchsize` spends ~1 µs constructing `BatchSizeSettings{B}(N)` with a run-time `B`Có thể đã có người làm @devmotion đã nhận hôm nay. Đang mở
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 68/100
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 86/100
JuliaDiff/ReverseDiff.jl#318 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 82/100