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seqan

11 indexierte Repositories · Auf GitHub ansehen

seqan
SeqAn's official repository.

C++ · 502 Sterne
seqan3
The modern C++ library for sequence analysis. Contains version 3 of the library and API docs.

C++ · 463 Sterne
raptor
A fast and space-efficient pre-filter for querying very large collections of nucleotide sequences.

C++ · 55 Sterne
needle
A fast and space-efficient pre-filter for estimating the quantification of very large collections of nucleotide sequences

C++ · 16 Sterne
sharg-parser
The modern argument parser for c++ tools

C++ · 11 Sterne
chopper
A tool for partitioning a set of sequences into similar batches.

C++ · 10 Sterne
app-template
This template comes pre-configured with various SeqAn libraries and a basic Continuous Integration setup. It is designed to provide a rob...

CMake · 6 Sterne
hibf
HIBF and IBF

C++ · 5 Sterne
dream-stellar
Fast and exact local alignments

C++ · 4 Sterne
hibf_benchmarks
WIP HIBF benchmarks

Python · 0 Sterne
www.seqan.de

SCSS · 0 Sterne

Einsteigerfreundlich Alles

Offen Alle

Semi-global alignment with local-style termination (max over all cells) — achievable ? Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 35/100

seqan/seqan#2590 · 3 Kommentare · Erstellt am 29.5.2026
type_name_as_string_test fails Offen

bug

seqan/seqan3#3416 · 2 Kommentare · 1 zugewiesene Person · Erstellt am 14.4.2026
Build stops if no k-mers in minimiser file Offen

enhancement

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 48/100

seqan/raptor#546 · Erstellt am 24.2.2026
Support --kmer-count-cutoff on build/update Offen

enhancement

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

seqan/raptor#545 · Erstellt am 24.2.2026
Support minimiser file on update insert Offen

enhancement

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

seqan/raptor#544 · 2 Kommentare · Erstellt am 24.2.2026
Follow-up: Auto-Synopsis on macOS Offen

bug

seqan/sharg-parser#303 · 1 zugewiesene Person · Erstellt am 24.1.2026
AVX512 follow-ups Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

seqan/hibf#307 · Erstellt am 25.11.2025
Rare memory management failures in FM-index in multi-threadding context Offen

bug

seqan/seqan3#3389 · 5 Kommentare · 1 zugewiesene Person · Erstellt am 07.11.2025
Add CMake Presets Offen

seqan/app-template#139 · 1 zugewiesene Person · Erstellt am 04.9.2025
Razers3 gives empty results.razers file even when testing with simple items? Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

seqan/seqan#2562 · 1 Kommentar · Erstellt am 03.7.2025
Running sequence alignment with alphabets with more than 256 characters Offen

question

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

seqan/seqan3#3341 · 3 Kommentare · Erstellt am 19.2.2025
Exception in banded refine alignment Offen

bug

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 30/100

seqan/seqan#2540 · 4 Kommentare · Erstellt am 07.12.2024
Mason simulator - generate error free illumina reads Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

seqan/seqan#2534 · 1 Kommentar · Erstellt am 31.10.2024
Mason Simulator Segmentation fault Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

seqan/seqan#2533 · Erstellt am 24.10.2024
Distributed search Offen

enhancement

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

seqan/dream-stellar#118 · Erstellt am 03.10.2024
data_store follow-ups Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

seqan/hibf#227 · Erstellt am 10.9.2024
Problem with installation on mac os x Offen

question

seqan/seqan3#3286 · 5 Kommentare · 1 zugewiesene Person · Erstellt am 06.9.2024
Landing Page Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

seqan/hibf_benchmarks#37 · Erstellt am 13.8.2024
Improve SAM tag handling Offen

feature/proposal

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

seqan/seqan3#3283 · Erstellt am 12.8.2024
Score prealigned sequences Offen

question

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

seqan/seqan3#3282 · Erstellt am 09.8.2024
Issue with Generating Layout File in Chopper and Inputting into Raptor Build Index Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

seqan/raptor#420 · 1 Kommentar · Erstellt am 28.6.2024
Multi-threading, banding, other speed-ups Offen

question

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

seqan/seqan3#3255 · 3 Kommentare · Erstellt am 19.5.2024
appending records to a .bam Offen

question

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 20/100

seqan/seqan3#3250 · 1 Kommentar · Erstellt am 05.3.2024
single-thread mode Offen

feature/proposal question

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 30/100

seqan/seqan3#3239 · 4 Kommentare · Erstellt am 23.2.2024
creating SAM file headers Offen

documentation feature/proposal

Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 48/100

seqan/seqan3#3235 · 1 Kommentar · Erstellt am 16.2.2024
[MISC] Layout object structure of user bins. Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

seqan/hibf#191 · Erstellt am 18.1.2024
Convert vertor<dna5> to std:string Offen

question

Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 35/100

seqan/seqan3#3218 · 1 Kommentar · Erstellt am 17.12.2023
Revise directory structure Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

seqan/hibf#177 · Erstellt am 01.12.2023
Do not write empty Stellar files Offen

enhancement

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

seqan/dream-stellar#102 · Erstellt am 22.11.2023
output_sequence1_id and output_sequence2_id are same Offen

bug

seqan/seqan3#3205 · 4 Kommentare · 1 zugewiesene Person · Erstellt am 08.11.2023
alignment slice positions Offen

question

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

seqan/seqan3#3203 · 1 Kommentar · Erstellt am 01.11.2023
several same-score pairwise alignments Offen

question

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 35/100

seqan/seqan3#3198 · 6 Kommentare · Erstellt am 11.10.2023
Reallow setting hash and fpr Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

seqan/raptor#382 · Erstellt am 15.9.2023
Investigative Todos Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

seqan/hibf#89 · 1 Reaktion · Erstellt am 11.9.2023
Tests fail to compile Offen

bug response needed

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

seqan/seqan3#3191 · 2 Kommentare · Erstellt am 10.9.2023
HIBF creates a very large index Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

seqan/raptor#370 · 3 Kommentare · Erstellt am 01.9.2023
String identifier for user bins Offen

enhancement

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 38/100

seqan/raptor#356 · 1 Kommentar · Erstellt am 03.8.2023
[MISC] Display layout Offen

seqan/chopper#191 · 2 Kommentare · 1 zugewiesene Person · Erstellt am 28.7.2023
Todos Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 20/100

seqan/hibf#38 · 1 Kommentar · Erstellt am 06.7.2023
Use OS/system packaged sdsl library Offen

question

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

seqan/seqan3#3162 · 10 Kommentare · Erstellt am 02.7.2023
To-do: Changes that affect serialization Offen

Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 45/100

seqan/raptor#314 · Erstellt am 09.5.2023
Add examples for --input / --output parameters Offen

Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 25/100

seqan/raptor#270 · Erstellt am 28.2.2023
Update documentation Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

seqan/raptor#245 · Erstellt am 03.2.2023
Backlog Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

seqan/raptor#236 · Erstellt am 01.2.2023
[suggestion] Check that `.parse()` is called. Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 35/100

seqan/sharg-parser#168 · 7 Kommentare · Erstellt am 03.1.2023
Add parameter `--skip-similarity-preprocessing`. Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

seqan/chopper#122 · 1 Kommentar · Erstellt am 13.12.2022
Add a mechanism to allow integer to specify orders of magnitude suffixes like k, m, g, t? Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

seqan/sharg-parser#165 · 1 Kommentar · Erstellt am 17.11.2022
Too strict validators Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

seqan/sharg-parser#161 · 3 Kommentare · Erstellt am 09.11.2022
"needle" name conflict Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 35/100

seqan/needle#128 · Erstellt am 02.11.2022
help text: std types should be renamed Offen

seqan/sharg-parser#153 · 3 Kommentare · 1 zugewiesene Person · Erstellt am 20.10.2022

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