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seqan

已索引 11 个仓库 · 在 GitHub 查看

seqan
SeqAn's official repository.

C++ · 502 个 star
seqan3
The modern C++ library for sequence analysis. Contains version 3 of the library and API docs.

C++ · 463 个 star
raptor
A fast and space-efficient pre-filter for querying very large collections of nucleotide sequences.

C++ · 55 个 star
needle
A fast and space-efficient pre-filter for estimating the quantification of very large collections of nucleotide sequences

C++ · 16 个 star
sharg-parser
The modern argument parser for c++ tools

C++ · 11 个 star
chopper
A tool for partitioning a set of sequences into similar batches.

C++ · 10 个 star
app-template
This template comes pre-configured with various SeqAn libraries and a basic Continuous Integration setup. It is designed to provide a rob...

CMake · 6 个 star
hibf
HIBF and IBF

C++ · 5 个 star
dream-stellar
Fast and exact local alignments

C++ · 4 个 star
hibf_benchmarks
WIP HIBF benchmarks

Python · 0 个 star
www.seqan.de

SCSS · 0 个 star

适合新手全部

未关闭全部

Semi-global alignment with local-style termination (max over all cells) — achievable ? 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

seqan/seqan#2590 · 3 条评论 · 2026年5月29日创建
type_name_as_string_test fails 未关闭

bug

seqan/seqan3#3416 · 2 条评论 · 已指派 1 人 · 2026年4月14日创建
Build stops if no k-mers in minimiser file 未关闭

enhancement

难度 3/5 1-2 天新手友好度 48/100

seqan/raptor#546 · 2026年2月24日创建
Support --kmer-count-cutoff on build/update 未关闭

enhancement

难度 3/5 1-2 天新手友好度 45/100

seqan/raptor#545 · 2026年2月24日创建
Support minimiser file on update insert 未关闭

enhancement

难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

seqan/raptor#544 · 2 条评论 · 2026年2月24日创建
Follow-up: Auto-Synopsis on macOS 未关闭

bug

seqan/sharg-parser#303 · 已指派 1 人 · 2026年1月24日创建
AVX512 follow-ups 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 25/100

seqan/hibf#307 · 2025年11月25日创建
Rare memory management failures in FM-index in multi-threadding context 未关闭

bug

seqan/seqan3#3389 · 5 条评论 · 已指派 1 人 · 2025年11月7日创建
Add CMake Presets 未关闭

seqan/app-template#139 · 已指派 1 人 · 2025年9月4日创建
Razers3 gives empty results.razers file even when testing with simple items? 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 25/100

seqan/seqan#2562 · 1 条评论 · 2025年7月3日创建
Running sequence alignment with alphabets with more than 256 characters 未关闭

question

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

seqan/seqan3#3341 · 3 条评论 · 2025年2月19日创建
Exception in banded refine alignment 未关闭

bug

难度 4/5 3-5 天新手友好度 30/100

seqan/seqan#2540 · 4 条评论 · 2024年12月7日创建
Mason simulator - generate error free illumina reads 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 25/100

seqan/seqan#2534 · 1 条评论 · 2024年10月31日创建
Mason Simulator Segmentation fault 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 25/100

seqan/seqan#2533 · 2024年10月24日创建
Distributed search 未关闭

enhancement

难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

seqan/dream-stellar#118 · 2024年10月3日创建
data_store follow-ups 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

seqan/hibf#227 · 2024年9月10日创建
Problem with installation on mac os x 未关闭

question

seqan/seqan3#3286 · 5 条评论 · 已指派 1 人 · 2024年9月6日创建
Landing Page 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

seqan/hibf_benchmarks#37 · 2024年8月13日创建
Improve SAM tag handling 未关闭

feature/proposal

难度 4/5 3-5 天新手友好度 25/100

seqan/seqan3#3283 · 2024年8月12日创建
Score prealigned sequences 未关闭

question

难度 4/5 3-5 天新手友好度 25/100

seqan/seqan3#3282 · 2024年8月9日创建
Issue with Generating Layout File in Chopper and Inputting into Raptor Build Index 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

seqan/raptor#420 · 1 条评论 · 2024年6月28日创建
Multi-threading, banding, other speed-ups 未关闭

question

难度 3/5 1-2 天新手友好度 25/100

seqan/seqan3#3255 · 3 条评论 · 2024年5月19日创建
appending records to a .bam 未关闭

question

难度 5/5 一周以上新手友好度 20/100

seqan/seqan3#3250 · 1 条评论 · 2024年3月5日创建
single-thread mode 未关闭

feature/proposal question

难度 4/5 3-5 天新手友好度 30/100

seqan/seqan3#3239 · 4 条评论 · 2024年2月23日创建
creating SAM file headers 未关闭

documentation feature/proposal

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 48/100

seqan/seqan3#3235 · 1 条评论 · 2024年2月16日创建
[MISC] Layout object structure of user bins. 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

seqan/hibf#191 · 2024年1月18日创建
Convert vertor<dna5> to std:string 未关闭

question

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 35/100

seqan/seqan3#3218 · 1 条评论 · 2023年12月17日创建
Revise directory structure 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

seqan/hibf#177 · 2023年12月1日创建
Do not write empty Stellar files 未关闭

enhancement

难度 3/5 1-2 天新手友好度 25/100

seqan/dream-stellar#102 · 2023年11月22日创建
output_sequence1_id and output_sequence2_id are same 未关闭

bug

seqan/seqan3#3205 · 4 条评论 · 已指派 1 人 · 2023年11月8日创建
alignment slice positions 未关闭

question

难度 3/5 1-2 天新手友好度 25/100

seqan/seqan3#3203 · 1 条评论 · 2023年11月1日创建
several same-score pairwise alignments 未关闭

question

难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

seqan/seqan3#3198 · 6 条评论 · 2023年10月11日创建
Reallow setting hash and fpr 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 25/100

seqan/raptor#382 · 2023年9月15日创建
Investigative Todos 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

seqan/hibf#89 · 1 个 reaction · 2023年9月11日创建
Tests fail to compile 未关闭

bug response needed

难度 3/5 1-2 天新手友好度 25/100

seqan/seqan3#3191 · 2 条评论 · 2023年9月10日创建
HIBF creates a very large index 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 25/100

seqan/raptor#370 · 3 条评论 · 2023年9月1日创建
String identifier for user bins 未关闭

enhancement

难度 4/5 3-5 天新手友好度 38/100

seqan/raptor#356 · 1 条评论 · 2023年8月3日创建
[MISC] Display layout 未关闭

seqan/chopper#191 · 2 条评论 · 已指派 1 人 · 2023年7月28日创建
Todos 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 20/100

seqan/hibf#38 · 1 条评论 · 2023年7月6日创建
Use OS/system packaged sdsl library 未关闭

question

难度 3/5 1-2 天新手友好度 35/100

seqan/seqan3#3162 · 10 条评论 · 2023年7月2日创建
To-do: Changes that affect serialization 未关闭

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 45/100

seqan/raptor#314 · 2023年5月9日创建
Add examples for --input / --output parameters 未关闭

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 25/100

seqan/raptor#270 · 2023年2月28日创建
Update documentation 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 25/100

seqan/raptor#245 · 2023年2月3日创建
Backlog 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

seqan/raptor#236 · 2023年2月1日创建
[suggestion] Check that `.parse()` is called. 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

seqan/sharg-parser#168 · 7 条评论 · 2023年1月3日创建
Add parameter `--skip-similarity-preprocessing`. 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 45/100

seqan/chopper#122 · 1 条评论 · 2022年12月13日创建
Add a mechanism to allow integer to specify orders of magnitude suffixes like k, m, g, t? 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

seqan/sharg-parser#165 · 1 条评论 · 2022年11月17日创建
Too strict validators 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

seqan/sharg-parser#161 · 3 条评论 · 2022年11月9日创建
"needle" name conflict 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

seqan/needle#128 · 2022年11月2日创建
help text: std types should be renamed 未关闭

seqan/sharg-parser#153 · 3 条评论 · 已指派 1 人 · 2022年10月20日创建

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