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seqan

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seqan
SeqAn's official repository.

C++ · 502 estrelas
seqan3
The modern C++ library for sequence analysis. Contains version 3 of the library and API docs.

C++ · 463 estrelas
raptor
A fast and space-efficient pre-filter for querying very large collections of nucleotide sequences.

C++ · 55 estrelas
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A fast and space-efficient pre-filter for estimating the quantification of very large collections of nucleotide sequences

C++ · 16 estrelas
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The modern argument parser for c++ tools

C++ · 11 estrelas
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A tool for partitioning a set of sequences into similar batches.

C++ · 10 estrelas
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This template comes pre-configured with various SeqAn libraries and a basic Continuous Integration setup. It is designed to provide a rob...

CMake · 6 estrelas
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C++ · 4 estrelas
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WIP HIBF benchmarks

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SCSS · 0 estrelas

Para iniciantes Tudo

Abertas Todas

Semi-global alignment with local-style termination (max over all cells) — achievable ? Aberta

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 35/100

seqan/seqan#2590 · 3 comentários · Aberta em 29/5/2026
type_name_as_string_test fails Aberta

bug

seqan/seqan3#3416 · 2 comentários · 1 responsável · Aberta em 14/4/2026
Build stops if no k-mers in minimiser file Aberta

enhancement

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 48/100

seqan/raptor#546 · Aberta em 24/2/2026
Support --kmer-count-cutoff on build/update Aberta

enhancement

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 45/100

seqan/raptor#545 · Aberta em 24/2/2026
Support minimiser file on update insert Aberta

enhancement

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 45/100

seqan/raptor#544 · 2 comentários · Aberta em 24/2/2026
Follow-up: Auto-Synopsis on macOS Aberta

bug

seqan/sharg-parser#303 · 1 responsável · Aberta em 24/1/2026
AVX512 follow-ups Aberta

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 25/100

seqan/hibf#307 · Aberta em 25/11/2025
Rare memory management failures in FM-index in multi-threadding context Aberta

bug

seqan/seqan3#3389 · 5 comentários · 1 responsável · Aberta em 7/11/2025
Add CMake Presets Aberta

seqan/app-template#139 · 1 responsável · Aberta em 4/9/2025
Razers3 gives empty results.razers file even when testing with simple items? Aberta

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 25/100

seqan/seqan#2562 · 1 comentário · Aberta em 3/7/2025
Running sequence alignment with alphabets with more than 256 characters Aberta

question

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 25/100

seqan/seqan3#3341 · 3 comentários · Aberta em 19/2/2025
Exception in banded refine alignment Aberta

bug

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 30/100

seqan/seqan#2540 · 4 comentários · Aberta em 7/12/2024
Mason simulator - generate error free illumina reads Aberta

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 25/100

seqan/seqan#2534 · 1 comentário · Aberta em 31/10/2024
Mason Simulator Segmentation fault Aberta

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 25/100

seqan/seqan#2533 · Aberta em 24/10/2024
Distributed search Aberta

enhancement

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 35/100

seqan/dream-stellar#118 · Aberta em 3/10/2024
data_store follow-ups Aberta

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 25/100

seqan/hibf#227 · Aberta em 10/9/2024
Problem with installation on mac os x Aberta

question

seqan/seqan3#3286 · 5 comentários · 1 responsável · Aberta em 6/9/2024
Landing Page Aberta

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 25/100

seqan/hibf_benchmarks#37 · Aberta em 13/8/2024
Improve SAM tag handling Aberta

feature/proposal

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 25/100

seqan/seqan3#3283 · Aberta em 12/8/2024
Score prealigned sequences Aberta

question

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 25/100

seqan/seqan3#3282 · Aberta em 9/8/2024
Issue with Generating Layout File in Chopper and Inputting into Raptor Build Index Aberta

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 35/100

seqan/raptor#420 · 1 comentário · Aberta em 28/6/2024
Multi-threading, banding, other speed-ups Aberta

question

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 25/100

seqan/seqan3#3255 · 3 comentários · Aberta em 19/5/2024
appending records to a .bam Aberta

question

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 20/100

seqan/seqan3#3250 · 1 comentário · Aberta em 5/3/2024
single-thread mode Aberta

feature/proposal question

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 30/100

seqan/seqan3#3239 · 4 comentários · Aberta em 23/2/2024
creating SAM file headers Aberta

documentation feature/proposal

Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 48/100

seqan/seqan3#3235 · 1 comentário · Aberta em 16/2/2024
[MISC] Layout object structure of user bins. Aberta

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 25/100

seqan/hibf#191 · Aberta em 18/1/2024
Convert vertor<dna5> to std:string Aberta

question

Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 35/100

seqan/seqan3#3218 · 1 comentário · Aberta em 17/12/2023
Revise directory structure Aberta

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 25/100

seqan/hibf#177 · Aberta em 1/12/2023
Do not write empty Stellar files Aberta

enhancement

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 25/100

seqan/dream-stellar#102 · Aberta em 22/11/2023
output_sequence1_id and output_sequence2_id are same Aberta

bug

seqan/seqan3#3205 · 4 comentários · 1 responsável · Aberta em 8/11/2023
alignment slice positions Aberta

question

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 25/100

seqan/seqan3#3203 · 1 comentário · Aberta em 1/11/2023
several same-score pairwise alignments Aberta

question

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 35/100

seqan/seqan3#3198 · 6 comentários · Aberta em 11/10/2023
Reallow setting hash and fpr Aberta

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 25/100

seqan/raptor#382 · Aberta em 15/9/2023
Investigative Todos Aberta

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 35/100

seqan/hibf#89 · 1 reação · Aberta em 11/9/2023
Tests fail to compile Aberta

bug response needed

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 25/100

seqan/seqan3#3191 · 2 comentários · Aberta em 10/9/2023
HIBF creates a very large index Aberta

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 25/100

seqan/raptor#370 · 3 comentários · Aberta em 1/9/2023
String identifier for user bins Aberta

enhancement

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 38/100

seqan/raptor#356 · 1 comentário · Aberta em 3/8/2023
[MISC] Display layout Aberta

seqan/chopper#191 · 2 comentários · 1 responsável · Aberta em 28/7/2023
Todos Aberta

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 20/100

seqan/hibf#38 · 1 comentário · Aberta em 6/7/2023
Use OS/system packaged sdsl library Aberta

question

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 35/100

seqan/seqan3#3162 · 10 comentários · Aberta em 2/7/2023
To-do: Changes that affect serialization Aberta

Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 45/100

seqan/raptor#314 · Aberta em 9/5/2023
Add examples for --input / --output parameters Aberta

Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 25/100

seqan/raptor#270 · Aberta em 28/2/2023
Update documentation Aberta

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 25/100

seqan/raptor#245 · Aberta em 3/2/2023
Backlog Aberta

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 25/100

seqan/raptor#236 · Aberta em 1/2/2023
[suggestion] Check that `.parse()` is called. Aberta

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 35/100

seqan/sharg-parser#168 · 7 comentários · Aberta em 3/1/2023
Add parameter `--skip-similarity-preprocessing`. Aberta

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 45/100

seqan/chopper#122 · 1 comentário · Aberta em 13/12/2022
Add a mechanism to allow integer to specify orders of magnitude suffixes like k, m, g, t? Aberta

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 25/100

seqan/sharg-parser#165 · 1 comentário · Aberta em 17/11/2022
Too strict validators Aberta

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 35/100

seqan/sharg-parser#161 · 3 comentários · Aberta em 9/11/2022
"needle" name conflict Aberta

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 35/100

seqan/needle#128 · Aberta em 2/11/2022
help text: std types should be renamed Aberta

seqan/sharg-parser#153 · 3 comentários · 1 responsável · Aberta em 20/10/2022

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