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seqan

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seqan
SeqAn's official repository.

C++ · 502 étoiles
seqan3
The modern C++ library for sequence analysis. Contains version 3 of the library and API docs.

C++ · 463 étoiles
raptor
A fast and space-efficient pre-filter for querying very large collections of nucleotide sequences.

C++ · 55 étoiles
needle
A fast and space-efficient pre-filter for estimating the quantification of very large collections of nucleotide sequences

C++ · 16 étoiles
sharg-parser
The modern argument parser for c++ tools

C++ · 11 étoiles
chopper
A tool for partitioning a set of sequences into similar batches.

C++ · 10 étoiles
app-template
This template comes pre-configured with various SeqAn libraries and a basic Continuous Integration setup. It is designed to provide a rob...

CMake · 6 étoiles
hibf
HIBF and IBF

C++ · 5 étoiles
dream-stellar
Fast and exact local alignments

C++ · 4 étoiles
hibf_benchmarks
WIP HIBF benchmarks

Python · 0 étoiles
www.seqan.de

SCSS · 0 étoiles

Ouverte Toutes

Semi-global alignment with local-style termination (max over all cells) — achievable ? Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 35/100

seqan/seqan#2590 · 3 commentaires · Ouverte le 29/5/2026
type_name_as_string_test fails Ouverte

bug

seqan/seqan3#3416 · 2 commentaires · 1 personne assignée · Ouverte le 14/4/2026
Build stops if no k-mers in minimiser file Ouverte

enhancement

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 48/100

seqan/raptor#546 · Ouverte le 24/2/2026
Support --kmer-count-cutoff on build/update Ouverte

enhancement

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 45/100

seqan/raptor#545 · Ouverte le 24/2/2026
Support minimiser file on update insert Ouverte

enhancement

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 45/100

seqan/raptor#544 · 2 commentaires · Ouverte le 24/2/2026
Follow-up: Auto-Synopsis on macOS Ouverte

bug

seqan/sharg-parser#303 · 1 personne assignée · Ouverte le 24/1/2026
AVX512 follow-ups Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 25/100

seqan/hibf#307 · Ouverte le 25/11/2025
Rare memory management failures in FM-index in multi-threadding context Ouverte

bug

seqan/seqan3#3389 · 5 commentaires · 1 personne assignée · Ouverte le 7/11/2025
Add CMake Presets Ouverte

seqan/app-template#139 · 1 personne assignée · Ouverte le 4/9/2025
Razers3 gives empty results.razers file even when testing with simple items? Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 25/100

seqan/seqan#2562 · 1 commentaire · Ouverte le 3/7/2025
Running sequence alignment with alphabets with more than 256 characters Ouverte

question

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

seqan/seqan3#3341 · 3 commentaires · Ouverte le 19/2/2025
Exception in banded refine alignment Ouverte

bug

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 30/100

seqan/seqan#2540 · 4 commentaires · Ouverte le 7/12/2024
Mason simulator - generate error free illumina reads Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 25/100

seqan/seqan#2534 · 1 commentaire · Ouverte le 31/10/2024
Mason Simulator Segmentation fault Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 25/100

seqan/seqan#2533 · Ouverte le 24/10/2024
Distributed search Ouverte

enhancement

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 35/100

seqan/dream-stellar#118 · Ouverte le 3/10/2024
data_store follow-ups Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

seqan/hibf#227 · Ouverte le 10/9/2024
Problem with installation on mac os x Ouverte

question

seqan/seqan3#3286 · 5 commentaires · 1 personne assignée · Ouverte le 6/9/2024
Landing Page Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

seqan/hibf_benchmarks#37 · Ouverte le 13/8/2024
Improve SAM tag handling Ouverte

feature/proposal

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 25/100

seqan/seqan3#3283 · Ouverte le 12/8/2024
Score prealigned sequences Ouverte

question

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 25/100

seqan/seqan3#3282 · Ouverte le 9/8/2024
Issue with Generating Layout File in Chopper and Inputting into Raptor Build Index Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 35/100

seqan/raptor#420 · 1 commentaire · Ouverte le 28/6/2024
Multi-threading, banding, other speed-ups Ouverte

question

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 25/100

seqan/seqan3#3255 · 3 commentaires · Ouverte le 19/5/2024
appending records to a .bam Ouverte

question

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 20/100

seqan/seqan3#3250 · 1 commentaire · Ouverte le 5/3/2024
single-thread mode Ouverte

feature/proposal question

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 30/100

seqan/seqan3#3239 · 4 commentaires · Ouverte le 23/2/2024
creating SAM file headers Ouverte

documentation feature/proposal

Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 48/100

seqan/seqan3#3235 · 1 commentaire · Ouverte le 16/2/2024
[MISC] Layout object structure of user bins. Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

seqan/hibf#191 · Ouverte le 18/1/2024
Convert vertor<dna5> to std:string Ouverte

question

Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 35/100

seqan/seqan3#3218 · 1 commentaire · Ouverte le 17/12/2023
Revise directory structure Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

seqan/hibf#177 · Ouverte le 1/12/2023
Do not write empty Stellar files Ouverte

enhancement

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 25/100

seqan/dream-stellar#102 · Ouverte le 22/11/2023
output_sequence1_id and output_sequence2_id are same Ouverte

bug

seqan/seqan3#3205 · 4 commentaires · 1 personne assignée · Ouverte le 8/11/2023
alignment slice positions Ouverte

question

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 25/100

seqan/seqan3#3203 · 1 commentaire · Ouverte le 1/11/2023
several same-score pairwise alignments Ouverte

question

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 35/100

seqan/seqan3#3198 · 6 commentaires · Ouverte le 11/10/2023
Reallow setting hash and fpr Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 25/100

seqan/raptor#382 · Ouverte le 15/9/2023
Investigative Todos Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 35/100

seqan/hibf#89 · 1 réaction · Ouverte le 11/9/2023
Tests fail to compile Ouverte

bug response needed

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 25/100

seqan/seqan3#3191 · 2 commentaires · Ouverte le 10/9/2023
HIBF creates a very large index Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 25/100

seqan/raptor#370 · 3 commentaires · Ouverte le 1/9/2023
String identifier for user bins Ouverte

enhancement

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 38/100

seqan/raptor#356 · 1 commentaire · Ouverte le 3/8/2023
[MISC] Display layout Ouverte

seqan/chopper#191 · 2 commentaires · 1 personne assignée · Ouverte le 28/7/2023
Todos Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 20/100

seqan/hibf#38 · 1 commentaire · Ouverte le 6/7/2023
Use OS/system packaged sdsl library Ouverte

question

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 35/100

seqan/seqan3#3162 · 10 commentaires · Ouverte le 2/7/2023
To-do: Changes that affect serialization Ouverte

Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 45/100

seqan/raptor#314 · Ouverte le 9/5/2023
Add examples for --input / --output parameters Ouverte

Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 25/100

seqan/raptor#270 · Ouverte le 28/2/2023
Update documentation Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 25/100

seqan/raptor#245 · Ouverte le 3/2/2023
Backlog Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

seqan/raptor#236 · Ouverte le 1/2/2023
[suggestion] Check that `.parse()` is called. Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 35/100

seqan/sharg-parser#168 · 7 commentaires · Ouverte le 3/1/2023
Add parameter `--skip-similarity-preprocessing`. Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 45/100

seqan/chopper#122 · 1 commentaire · Ouverte le 13/12/2022
Add a mechanism to allow integer to specify orders of magnitude suffixes like k, m, g, t? Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

seqan/sharg-parser#165 · 1 commentaire · Ouverte le 17/11/2022
Too strict validators Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 35/100

seqan/sharg-parser#161 · 3 commentaires · Ouverte le 9/11/2022
"needle" name conflict Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 35/100

seqan/needle#128 · Ouverte le 2/11/2022
help text: std types should be renamed Ouverte

seqan/sharg-parser#153 · 3 commentaires · 1 personne assignée · Ouverte le 20/10/2022

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