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mskcc
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vcf2maf
Convert a VCF into a MAF, where each variant is annotated to only one of all possible gene isoforms
Perl · 421 Sterne
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cbsp-hackathon
Computational Biology Summer Program Hackathon
Jupyter Notebook · 14 Sterne
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NeoQual-nf
Pipeline for computing neoantigen qualities from DNA and RNA-Seq data
Nextflow · 10 Sterne
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Sapio LIMS customizations to workflows for IGO
Java · 2 Sterne
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Voyager Backend
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igo-sample-submission-node
Sample Submission API written in node.js
JavaScript · 0 Sterne
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Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 15/100
mskcc/smile-server#2005 ·
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ASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100
mskcc/smile-server#2004 ·
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ASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 38/100
mskcc/smile-server#2003 ·
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DocumentationOffenASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 48/100
mskcc/smile-server#2002 ·
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ASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100
mskcc/smile-server#2001 ·
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ASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 38/100
mskcc/smile-server#2000 ·
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ASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal
Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 15/100
mskcc/smile-server#1999 ·
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ASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100
mskcc/smile-server#1998 ·
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ASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 48/100
mskcc/smile-server#1997 ·
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ASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal
Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 56/100
mskcc/smile-server#1996 ·
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ASCN download/exportOffenASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 48/100
mskcc/smile-server#1995 ·
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ASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100
mskcc/smile-server#1994 ·
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ASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 48/100
mskcc/smile-server#1993 ·
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ASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 48/100
mskcc/smile-server#1992 ·
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ASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 48/100
mskcc/smile-server#1991 ·
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ASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal
Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 64/100
mskcc/smile-server#1990 ·
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ASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100
mskcc/smile-server#1989 ·
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ASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal
Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100
mskcc/smile-server#1988 ·
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ASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100
mskcc/smile-server#1987 ·
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ASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal
Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 63/100
mskcc/smile-server#1986 ·
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ASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100
mskcc/smile-server#1985 ·
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ASCN cBioPortal frontendOffenASCN/cBioPortal Dashboard Development
Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 35/100
mskcc/smile-server#1984 ·
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ASCN for cBioPortalOffen
Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 20/100
mskcc/smile-server#1983 ·
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Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 20/100
mskcc/smile-server#1982 ·
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Clinical Data Integration SMILE Server Development
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100
mskcc/smile-server#1981 ·
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ASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100
mskcc/smile-server#1980 ·
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Migrate dev database or make available a dev instance of the cbio db with ASCN supported changesOffenASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 30/100
mskcc/smile-server#1979 ·
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ASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal
Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 20/100
mskcc/smile-server#1978 ·
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ASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal
Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 20/100
mskcc/smile-server#1977 ·
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ASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 20/100
mskcc/smile-server#1976 ·
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ASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal
Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 20/100
mskcc/smile-server#1975 ·
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ASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal
Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 20/100
mskcc/smile-server#1974 ·
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ASCN/FACETSOffenASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal
Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 15/100
mskcc/smile-server#1973 ·
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Dashboard Development
Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 72/100
mskcc/smile-server#1972 ·
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Dashboard Development
Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 65/100
mskcc/smile-server#1971 ·
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Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100
mskcc/smile-server#1970 ·
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Update node version to latest compatible version of modules we need (graphql, neo4j, dbx, nats)OffenDashboard Development
Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 55/100
mskcc/smile-server#1969 ·
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ASCN cBioPortal backendOffenEpic Pipelines/cBioPortal TEMPO-cBio Pipeline
Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 20/100
mskcc/smile-server#1968 ·
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Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 10/100
mskcc/smile-server#1967 ·
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Databricks Pipelines/cBioPortal TEMPO Cohort Building
Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 20/100
mskcc/smile-server#1966 ·
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Dashboard Development
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 48/100
mskcc/smile-server#1965 ·
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Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100
mskcc/smile-server#1941 ·
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Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 30/100
mskcc/smile-server#1939 ·
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Dashboard Development Epic SMILE Server Development
Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100
mskcc/smile-server#1933 ·
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Microbiome
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 20/100
mskcc/smile-server#1915 ·
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Dashboard Development enhancement Epic SMILE Server Development TEMPO Cohort Building
Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 30/100
mskcc/smile-server#1903 ·
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Fingerprinting follow up with WES samples that have mismatching DMP patient IDs/CMO patient IDsOffenData Request
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 28/100
mskcc/smile-server#1900 ·
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Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100
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TEMPO-cBio Pipeline
Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100
mskcc/smile-server#1883 ·
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SMILE-TEMPO pipelineOffen
Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 10/100
mskcc/smile-server#1880 ·
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