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vcf2maf
Convert a VCF into a MAF, where each variant is annotated to only one of all possible gene isoforms

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Production deployment and monitoring
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ASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal

难度 4/5 3-5 天新手友好度 38/100

mskcc/smile-server#2003 · 2026年10月7日创建
Documentation
未关闭
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ASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal

难度 4/5 3-5 天新手友好度 48/100

mskcc/smile-server#2002 · 2026年10月7日创建
cross-browser and accessibility QA
未关闭
- 哪里不对？
ASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal

难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

mskcc/smile-server#2001 · 2026年10月7日创建
MSK-IMPACT 50k validation
未关闭
- 哪里不对？
ASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal

难度 4/5 3-5 天新手友好度 38/100

mskcc/smile-server#2000 · 2026年10月7日创建
ASCN integration, testing, launch
未关闭
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ASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal

难度 5/5 一周以上新手友好度 15/100

mskcc/smile-server#1999 · 2026年10月7日创建
e2e integration with backend
未关闭
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ASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal

难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

mskcc/smile-server#1998 · 2026年10月7日创建
Patient View - ASCN genome browser track
未关闭
- 哪里不对？
ASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal

难度 4/5 3-5 天新手友好度 48/100

mskcc/smile-server#1997 · 2026年10月7日创建
Study-level ASCN availability indicator
未关闭
- 哪里不对？
ASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal

难度 3/5 1-2 天新手友好度 56/100

mskcc/smile-server#1996 · 2026年10月7日创建
ASCN download/export
未关闭
- 哪里不对？
ASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal

难度 4/5 3-5 天新手友好度 48/100

mskcc/smile-server#1995 · 2026年10月7日创建
ASCN cohort heatmap (results view)
未关闭
- 哪里不对？
ASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal

难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

mskcc/smile-server#1994 · 2026年10月7日创建
Example study and integration tests
未关闭
- 哪里不对？
ASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal

难度 4/5 3-5 天新手友好度 48/100

mskcc/smile-server#1993 · 2026年10月7日创建
REST API endpoints in main cbioportal repo
未关闭
- 哪里不对？
ASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal

难度 4/5 3-5 天新手友好度 48/100

mskcc/smile-server#1992 · 2026年10月7日创建
Validator support (main cbioportal repo)
未关闭
- 哪里不对？
ASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal

难度 4/5 3-5 天新手友好度 48/100

mskcc/smile-server#1991 · 2026年10月7日创建
Python importer wiring (cbioportla-core: cbioportal_common.py)
未关闭
- 哪里不对？
ASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 64/100

mskcc/smile-server#1990 · 2026年10月7日创建
Confirm ClickHouseBulkLoader and ClickHouseAutoIncrement can serve the new tables without code changes (table names are parameterized)
未关闭
- 哪里不对？
ASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal

难度 4/5 3-5 天新手友好度 25/100

mskcc/smile-server#1989 · 2026年10月7日创建
Update test resource clickhouse_cgds_.sql to match finalized schema
未关闭
- 哪里不对？
ASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal

难度 3/5 1-2 天新手友好度 35/100

mskcc/smile-server#1988 · 2026年10月7日创建
ClickHouse db migration that creates ascn_seg and ascn_gene_level* tables
未关闭
- 哪里不对？
ASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal

难度 4/5 3-5 天新手友好度 25/100

mskcc/smile-server#1987 · 2026年10月7日创建
TCN/LCN integer constraint documented, log warnings
未关闭
- 哪里不对？
ASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 63/100

mskcc/smile-server#1986 · 2026年10月7日创建
ASCN schema and naming alignment
未关闭
- 哪里不对？
ASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal

难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

mskcc/smile-server#1985 · 2026年10月7日创建
ASCN cBioPortal frontend
未关闭
- 哪里不对？
ASCN/cBioPortal Dashboard Development

难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

mskcc/smile-server#1984 · 2026年10月7日创建
ASCN for cBioPortal
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 20/100

mskcc/smile-server#1983 · 2026年10月7日创建
dbx pipeline for importing select smile data
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 20/100

mskcc/smile-server#1982 · 2026年10月7日创建
Allow clinical samples to import into SMILE without required CMO patient ID mapping
未关闭
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Clinical Data Integration SMILE Server Development

难度 4/5 3-5 天新手友好度 25/100

mskcc/smile-server#1981 · 2026年10月7日创建
documented support of ASCN in cbio docs, etc. (identify all sources for updates)
未关闭
- 哪里不对？
ASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal

难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

mskcc/smile-server#1980 · 2026年10月2日创建
Migrate dev database or make available a dev instance of the cbio db with ASCN supported changes
未关闭
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ASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal

难度 4/5 3-5 天新手友好度 30/100

mskcc/smile-server#1979 · 2026年10月2日创建
[cbio-core] API endpoints for ASCN supported
未关闭
- 哪里不对？
ASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal

难度 5/5 一周以上新手友好度 20/100

mskcc/smile-server#1978 · 2026年10月2日创建
[cbio-frontend] ASCN tab visualization with toggle for LOH-focused and gain-focused views
未关闭
- 哪里不对？
ASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal

难度 5/5 一周以上新手友好度 20/100

mskcc/smile-server#1977 · 2026年10月2日创建
[cbio-core] validator, tests working for ASCN import
未关闭
- 哪里不对？
ASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal

难度 4/5 3-5 天新手友好度 20/100

mskcc/smile-server#1976 · 2026年10月2日创建
[cbio-core] db schema, models, dao, importer support for ASCN
未关闭
- 哪里不对？
ASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal

难度 5/5 一周以上新手友好度 20/100

mskcc/smile-server#1975 · 2026年10月2日创建
RFC finalization and IQ resolution
未关闭
- 哪里不对？
ASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal

难度 5/5 一周以上新手友好度 20/100

mskcc/smile-server#1974 · 2026年10月2日创建
ASCN/FACETS
未关闭
- 哪里不对？
ASCN/cBioPortal Pipelines/cBioPortal

难度 5/5 一周以上新手友好度 15/100

mskcc/smile-server#1973 · 2026年10月2日创建
[dashboard] import only ag-grid-enterprise modules needed
未关闭
- 哪里不对？
Dashboard Development

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 72/100

mskcc/smile-server#1972 · 2026年10月1日创建
[dashboard] address slow startup time
未关闭
- 哪里不对？
Dashboard Development

难度 3/5 1-2 天新手友好度 65/100

mskcc/smile-server#1971 · 2026年10月1日创建
[worth exploring] implement a small in-flight Map<query, Promise> for caching arbitrary queries for a short time (15 min)
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

mskcc/smile-server#1970 · 2026年10月1日创建
Update node version to latest compatible version of modules we need (graphql, neo4j, dbx, nats)
未关闭
- 哪里不对？
Dashboard Development

难度 3/5 1-2 天新手友好度 55/100

mskcc/smile-server#1969 · 2026年10月1日创建
ASCN cBioPortal backend
未关闭
- 哪里不对？
Epic Pipelines/cBioPortal TEMPO-cBio Pipeline

难度 5/5 一周以上新手友好度 20/100

mskcc/smile-server#1968 · 2026年9月30日创建
ASCN start general roadmap of work (and capture in scrum cards)
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 10/100

mskcc/smile-server#1967 · 2026年9月30日创建
dbx pipeline for compiling candidate samples for MSKWESRP
未关闭
- 哪里不对？
Databricks Pipelines/cBioPortal TEMPO Cohort Building

难度 5/5 一周以上新手友好度 20/100

mskcc/smile-server#1966 · 2026年9月21日创建
[dashboard] implement method for viewing latest report of candidate MSKWESRP samples
未关闭
- 哪里不对？
Dashboard Development

难度 4/5 3-5 天新手友好度 48/100

mskcc/smile-server#1965 · 2026年9月17日创建
FACETS schema changes for cbioportal
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 25/100

mskcc/smile-server#1941 · 2026年8月19日创建
FACETS schema changes for cbioportal
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 30/100

mskcc/smile-server#1939 · 2026年8月19日创建
Multiplex Samples Support in SMILE
未关闭
- 哪里不对？
Dashboard Development Epic SMILE Server Development

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

mskcc/smile-server#1933 · 2026年8月13日创建
Schema updates for microbiome support
未关闭
- 哪里不对？
Microbiome

难度 4/5 3-5 天新手友好度 20/100

mskcc/smile-server#1915 · 2026年7月23日创建
Identification of MSKWESRP candidate samples
未关闭
- 哪里不对？
Dashboard Development enhancement Epic SMILE Server Development TEMPO Cohort Building

难度 5/5 一周以上新手友好度 30/100

mskcc/smile-server#1903 · 2026年7月8日创建
Fingerprinting follow up with WES samples that have mismatching DMP patient IDs/CMO patient IDs
未关闭
- 哪里不对？
Data Request

难度 4/5 3-5 天新手友好度 28/100

mskcc/smile-server#1900 · 2026年7月1日创建
vcf2maf failing to populated CAADD, REVEL, MutationTaster, Polyphenscores
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

mskcc/vcf2maf#381 · 2026年6月20日创建
cbioportal importer support - db schema updates to support new visualizations
未关闭
- 哪里不对？
TEMPO-cBio Pipeline

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

mskcc/smile-server#1883 · 2026年6月3日创建
SMILE-TEMPO pipeline
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 10/100

mskcc/smile-server#1880 · 2026年6月3日创建
TEMPO-cBio Pipeline
未关闭
- 哪里不对？
Epic TEMPO-cBio Pipeline

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

mskcc/smile-server#1877 · 2026年6月3日创建
Command line inputs of phylowgs parameters fail due to wrong typing
未关闭
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bug

难度 3/5 1-2 天新手友好度 55/100

mskcc/NeoQual-nf#96 · 2026年5月21日创建

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