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Periodic Builder: layer builder (stacked layers with interlayer ions and water) for all periodic codes

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Bewertung

Schwierigkeit
5/5
Geschätzter Aufwand
Über eine Woche
Anfängerfreundlichkeit
20/100
Issue-Typ
Feature
Klarheit
Größtenteils klar
Aktivitätsstatus
Aktiv
Tech-Stack
c, matlab
Bereich
desktop

Rechercherichtung

Start by reading the Periodic Builder implementation and the related issues #241, #262, and #181; the payload does not name source files or tests. Work out how the shared builder can accept layers, spacing or hydration, lateral shifts, and interlayer contents across supported codes. Done means the listed clay, layered double hydroxide, graphite, and layered oxide examples can be built and wrapped in the new cell.

Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.

Beschreibung

Agreed 2026-10-16 for 9.3.0. Build layered structures in the Builder's Periodic Builder, independent of the code, so they serve GROMACS, Quantum ESPRESSO and later CP2K.

Inputs:

  • a layer: the current structure, e.g. a unit cell made with Generate and replicated;
  • number of layers;
  • basal spacing d001, or a hydration state for clays (1W to 5W);
  • lateral shift between layers, e.g. a/3, b/3 for clays or AB stacking for graphite;
  • what goes between the layers: nothing, ions (type and count, or count from the layer charge, with a minimum distance), water (molecules per interlayer).
  • Everything is wrapped into the new cell.

Examples to cover: a 2-layer Na/Cu montmorillonite with 2-3 water layers (modelled on a MATLAB atom-toolbox buildsystem.m: layers at [a/3, b/3, d001], ions placed at random at least 3.5 Å apart, solvate each interlayer, wrap); a layered double hydroxide with interlayer anions; graphite (AB, no interlayer); LiCoO2-type layered oxides (Li between layers).

Force field is separate:

  • GROMACS: MINFF via atomipy in GROMACS Prepare's MINFF source (atomipy and min.ff bundled), types and charges for clays, oxides and hydroxides. Graphite and similar need another parameter set.
  • QE: no force field needed.

Related: #241 (MINFF), #262 (periodic molecules), #181 (battery electrodes).

Vorherrschende Sprache
C
Sterne
10
Forks
8
Ø Merge
21 Min.
Gemergte PRs (30 T.)
1

Entwicklungsumgebung

Dieses Projekt bietet weder Dev-Container noch Dockerfile noch Beitragsleitfaden – die Einrichtung liegt bei Ihnen. Beginnen Sie mit der README; die allgemeinen Schritte stehen in unserem Leitfaden für den ersten Beitrag.

Erste Schritte

  1. Lesen Sie das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
  2. Schreiben Sie ins Issue, dass Sie es übernehmen — das erspart doppelte Arbeit.
  3. Forken Sie das Repository und arbeiten Sie in einem Branch.
  4. Öffnen Sie einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.

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