Periodic Builder: layer builder (stacked layers with interlayer ions and water) for all periodic codes
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評価
調査の方向性
Start by reading the Periodic Builder implementation and the related issues #241, #262, and #181; the payload does not name source files or tests. Work out how the shared builder can accept layers, spacing or hydration, lateral shifts, and interlayer contents across supported codes. Done means the listed clay, layered double hydroxide, graphite, and layered oxide examples can be built and wrapped in the new cell.
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Agreed 2026-10-16 for 9.3.0. Build layered structures in the Builder's Periodic Builder, independent of the code, so they serve GROMACS, Quantum ESPRESSO and later CP2K.
Inputs:
- a layer: the current structure, e.g. a unit cell made with Generate and replicated;
- number of layers;
- basal spacing d001, or a hydration state for clays (1W to 5W);
- lateral shift between layers, e.g. a/3, b/3 for clays or AB stacking for graphite;
- what goes between the layers: nothing, ions (type and count, or count from the layer charge, with a minimum distance), water (molecules per interlayer).
- Everything is wrapped into the new cell.
Examples to cover: a 2-layer Na/Cu montmorillonite with 2-3 water layers (modelled on a MATLAB atom-toolbox buildsystem.m: layers at [a/3, b/3, d001], ions placed at random at least 3.5 Å apart, solvate each interlayer, wrap); a layered double hydroxide with interlayer anions; graphite (AB, no interlayer); LiCoO2-type layered oxides (Li between layers).
Force field is separate:
- GROMACS: MINFF via atomipy in GROMACS Prepare's MINFF source (atomipy and min.ff bundled), types and charges for clays, oxides and hydroxides. Graphite and similar need another parameter set.
- QE: no force field needed.
Related: #241 (MINFF), #262 (periodic molecules), #181 (battery electrodes).
- 主要言語
- C
- スター
- 10
- フォーク
- 8
- 平均マージ
- 21分
- マージ済み PR（30日）
- 1
環境構築
このプロジェクトには開発コンテナ、Dockerfile、コントリビューションガイドがありません。まず README を読み、一般的な手順ははじめてのコントリビューションガイドを参照してください。
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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