Periodic Builder: layer builder (stacked layers with interlayer ions and water) for all periodic codes
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評估
研究方向
Start by reading the Periodic Builder implementation and the related issues #241, #262, and #181; the payload does not name source files or tests. Work out how the shared builder can accept layers, spacing or hydration, lateral shifts, and interlayer contents across supported codes. Done means the listed clay, layered double hydroxide, graphite, and layered oxide examples can be built and wrapped in the new cell.
由索引模型根據 Issue 內容生成。
描述
Agreed 2026-10-16 for 9.3.0. Build layered structures in the Builder's Periodic Builder, independent of the code, so they serve GROMACS, Quantum ESPRESSO and later CP2K.
Inputs:
- a layer: the current structure, e.g. a unit cell made with Generate and replicated;
- number of layers;
- basal spacing d001, or a hydration state for clays (1W to 5W);
- lateral shift between layers, e.g. a/3, b/3 for clays or AB stacking for graphite;
- what goes between the layers: nothing, ions (type and count, or count from the layer charge, with a minimum distance), water (molecules per interlayer).
- Everything is wrapped into the new cell.
Examples to cover: a 2-layer Na/Cu montmorillonite with 2-3 water layers (modelled on a MATLAB atom-toolbox buildsystem.m: layers at [a/3, b/3, d001], ions placed at random at least 3.5 Å apart, solvate each interlayer, wrap); a layered double hydroxide with interlayer anions; graphite (AB, no interlayer); LiCoO2-type layered oxides (Li between layers).
Force field is separate:
- GROMACS: MINFF via atomipy in GROMACS Prepare's MINFF source (atomipy and min.ff bundled), types and charges for clays, oxides and hydroxides. Graphite and similar need another parameter set.
- QE: no force field needed.
Related: #241 (MINFF), #262 (periodic molecules), #181 (battery electrodes).
- 主要語言
- C
- 星號
- 10
- 分支
- 8
- 平均合併
- 1 小時 45 分鐘
- 30 天內合併 PR
- 5
環境準備
這個專案沒有提供開發容器、Dockerfile 或貢獻指南，環境需要你自己搭建：先看它的 README，通用步驟見我們的新手貢獻指南。
從這裡開始
- 先讀完整個 Issue，再讀專案的貢獻指南。
- 在 Issue 下留言說明你要接手 —— 這能避免兩個人做同樣的事。
- Fork 儲存庫，在一個分支上完成修改。
- 送出 Pull Request，並在描述裡引用這個 Issue 編號。
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