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Arcadia-Science
22 indexierte Repositories · Auf GitHub ansehen
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agentic-pymol
A Model Context Protocol (MCP) server that exposes PyMOL as a typed tool surface to your agent (Claude Code/Desktop, Codex, or any MCP-co...
Python · 104 Sterne
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glass-box-umap
Python package for making UMAP interpretable with exact feature contributions
Python · 55 Sterne
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ProteinCartography
A pipeline to build similarity maps of protein space
Jupyter Notebook · 49 Sterne
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noveltree
NovelTree is a highly parallelized and computationally efficient phylogenomic workflow that infers gene families, gene family trees, spec...
Nextflow · 27 Sterne
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data-hub
Data Hub makes lab instrument data instantly accessible to people, pipelines, and agents
TypeScript · 16 Sterne
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Lua · 10 Sterne
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2024-auto-openraman
Python package for automation and extension of OpenRaman
Python · 9 Sterne
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arcadia-pycolor
Python package for styling plots according to Arcadia's style guide
Python · 8 Sterne
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cayman-his-elisa-opentrons-workflow
An Opentrons OT-2 workflow for Cayman Chemical His-tag detection ELISA kit
Jupyter Notebook · 3 Sterne
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arcadia-microscopy-tools
High-throughput microscopy image analysis toolkit
Python · 1 Stern
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2025-raman-spectrometer-comparison
Repo for the notebook pub "Comparison of spontaneous Raman spectrometers"
Jupyter Notebook · 1 Stern
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Jupyter Notebook · 0 Sterne
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2024-organismal-selection
Code associated with the pub "Leveraging evolution to identify novel organismal models of human biology"
R · 0 Sterne
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cloud-scaled-cell-phenotyping
Notebook pub for scaling single-cell phenotyping with Cellpose-SAM and cloud GPUs.
Jupyter Notebook · 0 Sterne
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R · 0 Sterne
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2024-sensory-neuroimaging
Data analysis scripts and notebooks for the translation pilot "Label-free neuroimaging in mice captures sensory activity in response to t...
Python · 0 Sterne
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2024-chlamy-mutant-motility-pub
Collection of data, code, scripts, and notebooks accompanying the pub "Rescuing Chlamydomonas Motility in Mutants Modeling Spermatogenic ...
Jupyter Notebook · 0 Sterne
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Python · 0 Sterne
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2023-actin-embedding
test repository for generating embedding space for actins
Jupyter Notebook · 0 Sterne
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Jupyter Notebook · 0 Sterne
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Issues, an denen vielleicht schon jemand arbeitet, stehen am Ende. Alles nach Datum anzeigen
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Schwierigkeit 1/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 88/100
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pub-code-check
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100
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pub-code-check
Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100
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Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 30/100
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Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 55/100
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Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 52/100
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enhancement
Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 42/100
Arcadia-Science/glass-box-umap#23 · 1 Kommentar ·
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Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100
Arcadia-Science/agentic-pymol#8 · 3 Kommentare ·
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Plugin Manager GUI crash when installing on PyMOL 3.1.0 shipped with PyQt6Evtl. wieder frei @ekiefl hat das vor 140 Tagen übernommen, und es ist kein Pull Request offen. Offen
Arcadia-Science/agentic-pymol#3 · 9 Kommentare · 1 zugewiesene Person ·
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Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 55/100
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SVG exports with mathtext render incorrectly in browsers and VSCodeEvtl. wieder frei @Robert-Roth hat das vor 155 Tagen übernommen, und es ist kein Pull Request offen. Offen
Arcadia-Science/arcadia-pycolor#95 · 1 zugewiesene Person ·
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Needs py.typedOffen
Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 45/100
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Add CHANGELOG.mdOffen
Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 45/100
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Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100
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Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 64/100
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Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 68/100
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bug
Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 55/100
Arcadia-Science/noveltree#105 ·
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Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 48/100
Arcadia-Science/2024-auto-openraman#41 · 1 Kommentar ·
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Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 72/100
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Reproducibility checkerOffen
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100
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Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 42/100
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Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100
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Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100
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Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 48/100
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Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 55/100
Arcadia-Science/notebook-pub-template#39 · 2 Kommentare ·
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Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 28/100
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Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 30/100
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Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100
Arcadia-Science/notebook-pub-template#34 · 1 Kommentar ·
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Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 38/100
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Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 38/100
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Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 45/100
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Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 48/100
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Document arudino filesOffen
Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 42/100
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documentation
Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 68/100
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Would be nice to have guidance on nice color pairs/tripletsEvtl. wieder frei @mezarque hat das vor 548 Tagen übernommen, und es ist kein Pull Request offen. Offen
Arcadia-Science/arcadia-pycolor#77 · 3 Kommentare · 2 zugewiesene Personen ·
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Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100
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bug
Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 50/100
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Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100
Arcadia-Science/notebook-pub-template#8 · 3 Kommentare ·
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Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100
Arcadia-Science/arcadia-pycolor#62 · 3 Kommentare · 1 Reaktion ·
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Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 15/100
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Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 20/100
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Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100
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Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 45/100
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enhancement
Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100
Arcadia-Science/noveltree#103 ·
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bug
Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100
Arcadia-Science/noveltree#102 ·
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Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100
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enhancement
Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100
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enhancement good first issue
Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100
Arcadia-Science/arcadia-pycolor#34 · 1 Kommentar ·
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question
Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 42/100
Arcadia-Science/arcadia-pycolor#25 · 4 Kommentare ·
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enhancement
Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100
Arcadia-Science/arcadia-pycolor#17 · 1 Kommentar ·