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Python package for making UMAP interpretable with exact feature contributions

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NovelTree is a highly parallelized and computationally efficient phylogenomic workflow that infers gene families, gene family trees, spec...

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High-throughput microscopy image analysis toolkit

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Data analysis scripts and notebooks for the translation pilot "Label-free neuroimaging in mice captures sensory activity in response to t...

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Collection of data, code, scripts, and notebooks accompanying the pub "Rescuing Chlamydomonas Motility in Mutants Modeling Spermatogenic ...

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Document updating the publication date as the final step before release
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难度 1/5 1-3 小时新手友好度 88/100

Arcadia-Science/notebook-pub-template#47 · 2026年10月27日创建
Reproducibility Review (main)
未关闭
- 哪里不对？
pub-code-check

难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

Arcadia-Science/2025-GFP-variant-design#8 · 2026年10月21日创建
Reproducibility Review (main)
未关闭
- 哪里不对？
pub-code-check

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

Arcadia-Science/2024-organismal-selection#8 · 2026年10月21日创建
Reproducibility Review (main)
未关闭
- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 30/100

Arcadia-Science/phenotypic-geometry#1 · 2026年9月21日创建
Reproducibility Review (main)
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 55/100

Arcadia-Science/FPguide#5 · 2026年9月3日创建
Reproducibility Review (main)
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 52/100

Arcadia-Science/arcadia-info-standardization#3 · 2026年8月26日创建
Add support for Python 3.14
未关闭
- 哪里不对？
enhancement

难度 3/5 1-2 天新手友好度 42/100

Arcadia-Science/glass-box-umap#23 · 1 条评论 · 2026年6月22日创建
MCP server in WSL can't connect to PyMOL running on Windows
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

Arcadia-Science/agentic-pymol#8 · 3 条评论 · 2026年6月12日创建
Plugin Manager GUI crash when installing on PyMOL 3.1.0 shipped with PyQt6
可能重新可做 @ekiefl 于 140 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
Arcadia-Science/agentic-pymol#3 · 9 条评论 · 已指派 1 人 · 2026年6月10日创建
Reproducibility Review (repo-standards-cleanup)
未关闭
- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 55/100

Arcadia-Science/cayman-his-elisa-opentrons-workflow#17 · 2026年6月1日创建
SVG exports with mathtext render incorrectly in browsers and VSCode
可能重新可做 @Robert-Roth 于 154 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
Arcadia-Science/arcadia-pycolor#95 · 已指派 1 人 · 2026年5月26日创建
Needs py.typed
未关闭
- 哪里不对？
难度 2/5 1-3 小时新手友好度 45/100

Arcadia-Science/glass-box-umap#18 · 2026年5月18日创建
Add CHANGELOG.md
未关闭
- 哪里不对？
难度 2/5 1-3 小时新手友好度 45/100

Arcadia-Science/glass-box-umap#17 · 2026年5月16日创建
Bokeh embedding should have an export option
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

Arcadia-Science/glass-box-umap#16 · 2026年5月16日创建
Reproducibility Review (main)
未关闭
- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 64/100

Arcadia-Science/cayman-his-elisa-opentrons-workflow#16 · 2026年5月15日创建
Reproducibility Review (main)
未关闭
- 哪里不对？
难度 2/5 1-3 小时新手友好度 68/100

Arcadia-Science/cayman-his-elisa-opentrons-workflow#12 · 2026年4月29日创建
wget attempted for s3 input paths
未关闭
- 哪里不对？
bug

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 55/100

Arcadia-Science/noveltree#105 · 2026年4月20日创建
Reproducibility Review (ik/address-repro-check)
未关闭
- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 48/100

Arcadia-Science/2024-auto-openraman#41 · 1 条评论 · 2026年4月10日创建
Reproducibility Review (ik/address-repro-check)
未关闭
- 哪里不对？
难度 2/5 1-3 小时新手友好度 72/100

Arcadia-Science/2024-auto-openraman#40 · 2026年4月10日创建
Reproducibility checker
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

Arcadia-Science/2024-auto-openraman#38 · 2026年4月10日创建
Reproducibility re-Review (ik/address-repro-issues)
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 42/100

Arcadia-Science/2024-sensory-neuroimaging#51 · 2026年4月9日创建
Reproducibility Review (bb_fixes)
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

Arcadia-Science/2024-ProteinCartography-dCK-validation#4 · 2026年4月8日创建
Reproducibility Review (bb_fixes)
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

Arcadia-Science/2024-ProteinCartography-dCK-validation#3 · 2026年4月8日创建
Reproducibility Review (main)
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 48/100

Arcadia-Science/cayman-his-elisa-opentrons-workflow#1 · 2026年2月27日创建
There should be explicit instructions to not use matplotlib subplots
未关闭
- 哪里不对？
难度 2/5 1-3 小时新手友好度 55/100

Arcadia-Science/notebook-pub-template#39 · 2 条评论 · 2026年2月2日创建
It is a hassle to write fig-alt for each figure
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 28/100

Arcadia-Science/notebook-pub-template#36 · 2026年1月30日创建
Consider torch.float16 casting for cellpose segmentation workflows
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 30/100

Arcadia-Science/arcadia-microscopy-tools#29 · 2026年1月9日创建
Long math equations push the right viewport boundary on mobile
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 25/100

Arcadia-Science/notebook-pub-template#34 · 1 条评论 · 2025年11月17日创建
Plotly figures are not displayed in marimo notebooks after setup call
未关闭
- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 38/100

Arcadia-Science/arcadia-pycolor#88 · 2025年10月28日创建
Output figures are cropped when output with `apc.mpl.save_figure()`
未关闭
- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 38/100

Arcadia-Science/arcadia-pycolor#86 · 2025年8月27日创建
Add an `--env` CLI param to `autoopenraman` command
未关闭
- 哪里不对？
难度 2/5 1-3 小时新手友好度 45/100

Arcadia-Science/2024-auto-openraman#31 · 2025年6月17日创建
Create AutoOpenRamanProfile config within tests to automate testing
未关闭
- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 48/100

Arcadia-Science/2024-auto-openraman#30 · 2025年6月17日创建
Document arudino files
未关闭
- 哪里不对？
难度 2/5 1-3 小时新手友好度 42/100

Arcadia-Science/2024-auto-openraman#28 · 2025年6月13日创建
Write user guide for styling Plotly figures
未关闭
- 哪里不对？
documentation

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 68/100

Arcadia-Science/arcadia-pycolor#83 · 2025年5月29日创建
Would be nice to have guidance on nice color pairs/triplets
可能重新可做 @mezarque 于 548 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
Arcadia-Science/arcadia-pycolor#77 · 3 条评论 · 已指派 2 人 · 2025年4月28日创建
Write git commit ID to metadata
未关闭
- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 25/100

Arcadia-Science/2024-auto-openraman#22 · 2025年3月28日创建
Some tests are failing under certain conditions
未关闭
- 哪里不对？
bug

难度 3/5 1-2 天新手友好度 50/100

Arcadia-Science/arcadia-pycolor#65 · 2025年3月11日创建
Sporadic `make execute` error: `ERROR: No such file or directory: '<REPO_ROOT>/index.html'`
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

Arcadia-Science/notebook-pub-template#8 · 3 条评论 · 2025年3月6日创建
A dashboard for all colors/palettes/gradients?
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

Arcadia-Science/arcadia-pycolor#62 · 3 条评论 · 1 个 reaction · 2025年2月27日创建
Save spectrum image along with data and csv
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 15/100

Arcadia-Science/2024-auto-openraman#16 · 2024年11月18日创建
Separate MM metadata from non-MM metadata
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- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 20/100

Arcadia-Science/2024-auto-openraman#15 · 2024年11月18日创建
Enable testing with any profile
未关闭
- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 45/100

Arcadia-Science/2024-auto-openraman#13 · 2024年11月11日创建
Remove unused cell trajectory data
未关闭
- 哪里不对？
难度 2/5 1-3 小时新手友好度 45/100

Arcadia-Science/2024-chlamy-mutant-motility-pub#13 · 2024年10月30日创建
Intermediate file compression and/or storage utilization forecasting
未关闭
- 哪里不对？
enhancement

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

Arcadia-Science/noveltree#103 · 2024年10月14日创建
Alignment process is failing
未关闭
- 哪里不对？
bug

难度 4/5 3-5 天新手友好度 25/100

Arcadia-Science/noveltree#102 · 2024年9月10日创建
Integrate `stats_testing.py` into `arcadia_pycolor`
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

Arcadia-Science/2024-chlamy-mutant-motility-pub#1 · 2024年8月13日创建
Filter the PDFs generated by the plotting tests
未关闭
- 哪里不对？
enhancement

难度 3/5 1-2 天新手友好度 45/100

Arcadia-Science/arcadia-pycolor#39 · 2024年7月3日创建
Add utility that scales legend markers *after* legend creation
未关闭
- 哪里不对？
enhancement good first issue

难度 3/5 1-2 天新手友好度 35/100

Arcadia-Science/arcadia-pycolor#34 · 1 条评论 · 2024年7月1日创建
Should palettes be iterables?
未关闭
- 哪里不对？
question

难度 3/5 1-2 天新手友好度 42/100

Arcadia-Science/arcadia-pycolor#25 · 4 条评论 · 2024年6月14日创建
Add ability to reverse and slice gradients
未关闭
- 哪里不对？
enhancement

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

Arcadia-Science/arcadia-pycolor#17 · 1 条评论 · 2024年5月31日创建

Arcadia-Science

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