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curatedMetagenomicData
Curated Metagenomic Data of the Human Microbiome

R · 161 个 star
lefser
R implementation of the LEfSe method

R · 68 个 star
HGNChelper
Identify and correct invalid gene symbols

R · 63 个 star
curatedTCGAData
Curated Data From The Cancer Genome Atlas (TCGA) as MultiAssayExperiment Objects

R · 46 个 star
cBioPortalData
Integrate the cancer genomics portal, cBioPortal, using MultiAssayExperiment

R · 37 个 star
curatedMetagenomicDataCuration
Sample Metadata Curation for curatedMetagenomicData

R · 32 个 star
TCGAutils
Toolbox package for organizing and working with TCGA data

R · 31 个 star
SingleCellMultiModal
Single Cell multimodal data scripts for downloading datasets

R · 20 个 star
GSEABenchmarkeR
Reproducible GSEA Benchmarking

R · 14 个 star
curatedOvarianData
The curatedOvarianData package provides data for gene expression analysis in patients with ovarian cancer

R · 13 个 star
BugSigDB
A microbial signatures database

PHP · 9 个 star
CNVRanger
Functionality for CNV analysis

R · 8 个 star
bugsigdbr
R-side access to published microbial signatures from BugSigDB

R · 6 个 star
bugphyzz
Harmonized annotation of microbial physiology

R · 6 个 star
BugSigDBExports
BugSigDB data files

R · 5 个 star
OmicsMLRepoData
Translate Bioconductor resources into AI/ML-ready format + Manual curation/harmonization of the metadata for improved usability

R · 4 个 star
bugSigSimple
Simple exploratory analysis of curated microbe signatures

R · 4 个 star
agent-protocol-standard
Standard to define citable scientific protocols for use by AI agents

Python · 3 个 star
bedbaser
An R client for bedbase.org

R · 3 个 star
imageFeatureTCGA

R · 2 个 star
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Use omicidx to fill in missing BioProjects and run accessions 未关闭

enhancement

难度 4/5 3-5 天新手友好度 50/100

waldronlab/curatedMetagenomicDataCuration#166 · 2026年9月18日创建
biomarker_value pattern rejects negatives, scientific notation and <0.01 未关闭

schema

难度 1/5 1 小时以内新手友好度 88/100

waldronlab/curatedMetagenomicDataCuration#165 · 2026年9月18日创建
studies_status.csv splits on commas, so "Korea, Republic of" becomes two values 未关闭

bug

waldronlab/curatedMetagenomicDataCuration#164 · 已指派 1 人 · 2026年9月18日创建
age_group: dictionary says NCIT:C17600, curators used NCIT:C49685 未关闭

schema

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 68/100

waldronlab/curatedMetagenomicDataCuration#163 · 2026年9月18日创建
Ontology term IDs use NCIT_C… instead of NCIT:C…, in 24,385 cells 未关闭

schema

难度 4/5 3-5 天新手友好度 72/100

waldronlab/curatedMetagenomicDataCuration#162 · 2026年9月18日创建
CI validator silently skips 11 curated studies (glob is *_sample.tsv only) 未关闭

bug schema

难度 4/5 3-5 天新手友好度 48/100

waldronlab/curatedMetagenomicDataCuration#160 · 2026年9月18日创建
WenC_2017 with uncovered columns that are not uncurated_-prefixed and more 未关闭

bug

waldronlab/curatedMetagenomicDataCuration#159 · 已指派 1 人 · 2026年9月18日创建
Duplicated experiments become orphaned and do not appear on the main study page 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 58/100

waldronlab/BugSigDB#348 · 已指派 1 人 · 2026年9月17日创建
Study page 42278997 does not display study information or controls (Edit, History, Delete, and Add a new Experiment buttons) 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 68/100

waldronlab/BugSigDB#347 · 已指派 1 人 · 2026年9月17日创建
Content Discrepancies in v1.03: Duplicate titles and guidance mismatches (Items 1.2, 4.11, 4.12) 未关闭

waldronlab/stormsmicrobiome#7 · 已指派 1 人 · 2026年9月17日创建
Move data products to Zenodo 未关闭

waldronlab/curatedCRCData#4 · 已指派 1 人 · 2026年9月17日创建
Move data products to Zenodo 未关闭

waldronlab/curatedOvarianData#9 · 已指派 1 人 · 2026年9月17日创建
Add a `validate-protocol` skill 未关闭

enhancement

难度 3/5 1-2 天新手友好度 74/100

waldronlab/agent-protocol-standard#37 · 2026年9月13日创建
Add a `create-protocol` skill 未关闭

enhancement

难度 3/5 1-2 天新手友好度 72/100

waldronlab/agent-protocol-standard#35 · 2026年9月13日创建
Add an `update-protocol` skill 未关闭

enhancement

难度 4/5 3-5 天新手友好度 55/100

waldronlab/agent-protocol-standard#36 · 2026年9月13日创建
Create searchable protocols dashboard (GitHub Pages) 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

waldronlab/agent-protocol-standard#33 · 2026年9月13日创建
Composite protocol: cross-study meta-analysis of a host covariate in curatedMetagenomicData 未关闭

advanced blocked composite-protocol microbiome statistics

难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

waldronlab/agent-protocols#34 · 2026年9月12日创建
Protocol: ANOSIM on a community distance matrix 未关闭

atomic-protocol microbiome statistics

难度 3/5 1-2 天新手友好度 74/100

waldronlab/agent-protocols#33 · 2026年9月12日创建
Protocol: PERMANOVA on a community distance matrix 未关闭

atomic-protocol microbiome statistics

难度 4/5 3-5 天新手友好度 68/100

waldronlab/agent-protocols#32 · 2026年9月12日创建
Protocol: random forest classification of microbiome profiles 未关闭

atomic-protocol machine-learning microbiome

难度 4/5 3-5 天新手友好度 68/100

waldronlab/agent-protocols#31 · 2026年9月12日创建
Protocol: leave-one-dataset-out cross-study validation 未关闭

atomic-protocol machine-learning statistics

难度 4/5 3-5 天新手友好度 68/100

waldronlab/agent-protocols#30 · 2026年9月12日创建
Protocol: derive a reference species set for a body site or sample group by prevalence 未关闭

atomic-protocol data-curation microbiome

难度 4/5 3-5 天新手友好度 65/100

waldronlab/agent-protocols#29 · 2026年9月12日创建
Protocol: compute the oral-to-gut enrichment score for new samples 未关闭

atomic-protocol bioinformatics microbiome

难度 4/5 3-5 天新手友好度 68/100

waldronlab/agent-protocols#28 · 2026年9月12日创建
Protocol: two-stage hierarchical meta-analysis across diseases 未关闭

advanced blocked composite-protocol statistics

难度 4/5 3-5 天新手友好度 48/100

waldronlab/agent-protocols#27 · 2026年9月12日创建
Protocol: random-effects meta-analysis with the Paule-Mandel heterogeneity estimator 未关闭

advanced atomic-protocol statistics

难度 4/5 3-5 天新手友好度 68/100

waldronlab/agent-protocols#26 · 2026年9月12日创建
Protocol: Fisher-Z transformed partial correlations for continuous exposures 未关闭

advanced atomic-protocol microbiome statistics

难度 4/5 3-5 天新手友好度 68/100

waldronlab/agent-protocols#25 · 2026年9月12日创建
Protocol: per-dataset covariate-adjusted effect sizes (standardized mean difference) 未关闭

advanced atomic-protocol microbiome statistics

难度 5/5 一周以上新手友好度 45/100

waldronlab/agent-protocols#24 · 2026年9月12日创建
Protocol: centred log-ratio transformation of compositional abundances 未关闭

atomic-protocol bioinformatics microbiome statistics

难度 4/5 3-5 天新手友好度 74/100

waldronlab/agent-protocols#23 · 2026年9月12日创建
Protocol: prevalence filtering of microbiome features 未关闭

atomic-protocol good-first-protocol microbiome statistics

难度 3/5 1-2 天新手友好度 72/100

waldronlab/agent-protocols#22 · 2026年9月12日创建
Protocol: corpus-level curation statistics for BugSigDB (paper Table 1) 未关闭

atomic-protocol data-curation good-first-protocol microbiome

难度 4/5 3-5 天新手友好度 70/100

waldronlab/agent-protocols#21 · 2026年9月12日创建
Protocol: microbe co-occurrence and mutual exclusivity across signatures 未关闭

advanced atomic-protocol microbiome statistics

难度 4/5 3-5 天新手友好度 52/100

waldronlab/agent-protocols#20 · 2026年9月12日创建
Composite protocol: benchmark microbe set enrichment methods against each other 未关闭

advanced blocked composite-protocol microbiome statistics

难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

waldronlab/agent-protocols#19 · 2026年9月12日创建
Protocol: CBEA: competitive balances for taxonomic enrichment analysis against BugSigDB signatures 未关闭

advanced atomic-protocol bioinformatics microbiome statistics

难度 4/5 3-5 天新手友好度 64/100

waldronlab/agent-protocols#18 · 2026年9月12日创建
Protocol: PADOG: pathway analysis with down-weighting of overlapping sets against BugSigDB signatures 未关闭

advanced atomic-protocol bioinformatics microbiome statistics

难度 4/5 3-5 天新手友好度 68/100

waldronlab/agent-protocols#17 · 2026年9月12日创建
Protocol: Over-representation analysis of microbe sets against BugSigDB signatures 未关闭

atomic-protocol bioinformatics microbiome statistics

难度 4/5 3-5 天新手友好度 55/100

waldronlab/agent-protocols#16 · 2026年9月12日创建
Protocol: resampling test for signature replicability within a condition 未关闭

advanced atomic-protocol microbiome statistics

难度 4/5 3-5 天新手友好度 68/100

waldronlab/agent-protocols#15 · 2026年9月12日创建
Protocol: sample-size-weighted metasignature pooling by body site and condition 未关闭

advanced atomic-protocol microbiome statistics

难度 4/5 3-5 天新手友好度 48/100

waldronlab/agent-protocols#14 · 2026年9月12日创建
Protocol: semantic similarity between signatures at mixed taxonomic levels 未关闭

advanced atomic-protocol bioinformatics microbiome statistics

难度 4/5 3-5 天新手友好度 68/100

waldronlab/agent-protocols#13 · 2026年9月12日创建
Composite protocol: generate a hypothesis from BugSigDB, test it in individual-participant data 未关闭

advanced blocked composite-protocol microbiome statistics

难度 5/5 一周以上新手友好度 38/100

waldronlab/agent-protocols#12 · 2026年9月12日创建
Protocol: assemble a case-control cohort from curatedMetagenomicData 未关闭

atomic-protocol bioinformatics data-curation good-first-protocol microbiome

难度 4/5 3-5 天新手友好度 68/100

waldronlab/agent-protocols#11 · 2026年9月12日创建
Composite protocol: systematic review of BugSigDB signatures for one condition 未关闭

blocked composite-protocol microbiome statistics

难度 5/5 一周以上新手友好度 38/100

waldronlab/agent-protocols#10 · 2026年9月12日创建
Protocol: cluster and display a signature similarity matrix 未关闭

atomic-protocol good-first-protocol microbiome statistics

难度 4/5 3-5 天新手友好度 48/100

waldronlab/agent-protocols#9 · 2026年9月12日创建
Protocol: Jaccard similarity between signatures at a single taxonomic level 未关闭

atomic-protocol good-first-protocol microbiome statistics

难度 4/5 3-5 天新手友好度 55/100

waldronlab/agent-protocols#8 · 2026年9月12日创建
Protocol: Monte Carlo critical frequency for recurrent taxa across signatures 未关闭

atomic-protocol microbiome statistics

难度 4/5 3-5 天新手友好度 55/100

waldronlab/agent-protocols#7 · 2026年9月12日创建
Protocol: taxon frequency table with a binomial test of reported direction 未关闭

atomic-protocol good-first-protocol microbiome statistics

难度 4/5 3-5 天新手友好度 62/100

waldronlab/agent-protocols#6 · 2026年9月12日创建
Protocol: study characteristics table for a set of curated signatures 未关闭

atomic-protocol data-curation good-first-protocol microbiome

难度 3/5 1-2 天新手友好度 78/100

waldronlab/agent-protocols#5 · 2026年9月12日创建
Protocol: assemble and QC a BugSigDB signature subset for a condition 未关闭

atomic-protocol data-curation good-first-protocol microbiome

难度 4/5 3-5 天新手友好度 68/100

waldronlab/agent-protocols#4 · 2026年9月12日创建
Define authentication expectations for private federated nodes 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 65/100

waldronlab/agent-protocol-standard#25 · 1 条评论 · 2026年9月11日创建
Define a canonical fully-qualified name syntax for protocols 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 45/100

waldronlab/agent-protocol-standard#24 · 1 条评论 · 2026年9月11日创建
Support ad-hoc protocol repositories outside the central registry 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 42/100

waldronlab/agent-protocol-standard#23 · 1 条评论 · 2026年9月11日创建

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