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waldronlab

30 dépôts indexés · Voir sur GitHub

curatedMetagenomicData
Curated Metagenomic Data of the Human Microbiome

R · 161 étoiles
lefser
R implementation of the LEfSe method

R · 68 étoiles
HGNChelper
Identify and correct invalid gene symbols

R · 63 étoiles
curatedTCGAData
Curated Data From The Cancer Genome Atlas (TCGA) as MultiAssayExperiment Objects

R · 46 étoiles
cBioPortalData
Integrate the cancer genomics portal, cBioPortal, using MultiAssayExperiment

R · 37 étoiles
curatedMetagenomicDataCuration
Sample Metadata Curation for curatedMetagenomicData

R · 32 étoiles
TCGAutils
Toolbox package for organizing and working with TCGA data

R · 31 étoiles
SingleCellMultiModal
Single Cell multimodal data scripts for downloading datasets

R · 20 étoiles
GSEABenchmarkeR
Reproducible GSEA Benchmarking

R · 14 étoiles
curatedOvarianData
The curatedOvarianData package provides data for gene expression analysis in patients with ovarian cancer

R · 13 étoiles
BugSigDB
A microbial signatures database

PHP · 9 étoiles
CNVRanger
Functionality for CNV analysis

R · 8 étoiles
bugsigdbr
R-side access to published microbial signatures from BugSigDB

R · 6 étoiles
bugphyzz
Harmonized annotation of microbial physiology

R · 6 étoiles
BugSigDBExports
BugSigDB data files

R · 5 étoiles
OmicsMLRepoData
Translate Bioconductor resources into AI/ML-ready format + Manual curation/harmonization of the metadata for improved usability

R · 4 étoiles
bugSigSimple
Simple exploratory analysis of curated microbe signatures

R · 4 étoiles
agent-protocol-standard
Standard to define citable scientific protocols for use by AI agents

Python · 3 étoiles
bedbaser
An R client for bedbase.org

R · 3 étoiles
imageFeatureTCGA

R · 2 étoiles
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Ouverte Toutes

Use omicidx to fill in missing BioProjects and run accessions Ouverte

enhancement

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 50/100

waldronlab/curatedMetagenomicDataCuration#166 · Ouverte le 18/9/2026
biomarker_value pattern rejects negatives, scientific notation and <0.01 Ouverte

schema

Difficulté 1/5 Moins d'une heure Accessibilité débutants 88/100

waldronlab/curatedMetagenomicDataCuration#165 · Ouverte le 18/9/2026
studies_status.csv splits on commas, so "Korea, Republic of" becomes two values Ouverte

bug

waldronlab/curatedMetagenomicDataCuration#164 · 1 personne assignée · Ouverte le 18/9/2026
age_group: dictionary says NCIT:C17600, curators used NCIT:C49685 Ouverte

schema

Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 68/100

waldronlab/curatedMetagenomicDataCuration#163 · Ouverte le 18/9/2026
Ontology term IDs use NCIT_C… instead of NCIT:C…, in 24,385 cells Ouverte

schema

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 72/100

waldronlab/curatedMetagenomicDataCuration#162 · Ouverte le 18/9/2026
CI validator silently skips 11 curated studies (glob is *_sample.tsv only) Ouverte

bug schema

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 48/100

waldronlab/curatedMetagenomicDataCuration#160 · Ouverte le 18/9/2026
WenC_2017 with uncovered columns that are not uncurated_-prefixed and more Ouverte

bug

waldronlab/curatedMetagenomicDataCuration#159 · 1 personne assignée · Ouverte le 18/9/2026
Duplicated experiments become orphaned and do not appear on the main study page Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 58/100

waldronlab/BugSigDB#348 · 1 personne assignée · Ouverte le 17/9/2026
Study page 42278997 does not display study information or controls (Edit, History, Delete, and Add a new Experiment buttons) Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 68/100

waldronlab/BugSigDB#347 · 1 personne assignée · Ouverte le 17/9/2026
Content Discrepancies in v1.03: Duplicate titles and guidance mismatches (Items 1.2, 4.11, 4.12) Ouverte

waldronlab/stormsmicrobiome#7 · 1 personne assignée · Ouverte le 17/9/2026
Move data products to Zenodo Ouverte

waldronlab/curatedCRCData#4 · 1 personne assignée · Ouverte le 17/9/2026
Move data products to Zenodo Ouverte

waldronlab/curatedOvarianData#9 · 1 personne assignée · Ouverte le 17/9/2026
Add a `validate-protocol` skill Ouverte

enhancement

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 74/100

waldronlab/agent-protocol-standard#37 · Ouverte le 13/9/2026
Add a `create-protocol` skill Ouverte

enhancement

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 72/100

waldronlab/agent-protocol-standard#35 · Ouverte le 13/9/2026
Add an `update-protocol` skill Ouverte

enhancement

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 55/100

waldronlab/agent-protocol-standard#36 · Ouverte le 13/9/2026
Create searchable protocols dashboard (GitHub Pages) Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 35/100

waldronlab/agent-protocol-standard#33 · Ouverte le 13/9/2026
Composite protocol: cross-study meta-analysis of a host covariate in curatedMetagenomicData Ouverte

advanced blocked composite-protocol microbiome statistics

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 35/100

waldronlab/agent-protocols#34 · Ouverte le 12/9/2026
Protocol: ANOSIM on a community distance matrix Ouverte

atomic-protocol microbiome statistics

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 74/100

waldronlab/agent-protocols#33 · Ouverte le 12/9/2026
Protocol: PERMANOVA on a community distance matrix Ouverte

atomic-protocol microbiome statistics

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 68/100

waldronlab/agent-protocols#32 · Ouverte le 12/9/2026
Protocol: random forest classification of microbiome profiles Ouverte

atomic-protocol machine-learning microbiome

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 68/100

waldronlab/agent-protocols#31 · Ouverte le 12/9/2026
Protocol: leave-one-dataset-out cross-study validation Ouverte

atomic-protocol machine-learning statistics

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 68/100

waldronlab/agent-protocols#30 · Ouverte le 12/9/2026
Protocol: derive a reference species set for a body site or sample group by prevalence Ouverte

atomic-protocol data-curation microbiome

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 65/100

waldronlab/agent-protocols#29 · Ouverte le 12/9/2026
Protocol: compute the oral-to-gut enrichment score for new samples Ouverte

atomic-protocol bioinformatics microbiome

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 68/100

waldronlab/agent-protocols#28 · Ouverte le 12/9/2026
Protocol: two-stage hierarchical meta-analysis across diseases Ouverte

advanced blocked composite-protocol statistics

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 48/100

waldronlab/agent-protocols#27 · Ouverte le 12/9/2026
Protocol: random-effects meta-analysis with the Paule-Mandel heterogeneity estimator Ouverte

advanced atomic-protocol statistics

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 68/100

waldronlab/agent-protocols#26 · Ouverte le 12/9/2026
Protocol: Fisher-Z transformed partial correlations for continuous exposures Ouverte

advanced atomic-protocol microbiome statistics

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 68/100

waldronlab/agent-protocols#25 · Ouverte le 12/9/2026
Protocol: per-dataset covariate-adjusted effect sizes (standardized mean difference) Ouverte

advanced atomic-protocol microbiome statistics

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 45/100

waldronlab/agent-protocols#24 · Ouverte le 12/9/2026
Protocol: centred log-ratio transformation of compositional abundances Ouverte

atomic-protocol bioinformatics microbiome statistics

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 74/100

waldronlab/agent-protocols#23 · Ouverte le 12/9/2026
Protocol: prevalence filtering of microbiome features Ouverte

atomic-protocol good-first-protocol microbiome statistics

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 72/100

waldronlab/agent-protocols#22 · Ouverte le 12/9/2026
Protocol: corpus-level curation statistics for BugSigDB (paper Table 1) Ouverte

atomic-protocol data-curation good-first-protocol microbiome

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 70/100

waldronlab/agent-protocols#21 · Ouverte le 12/9/2026
Protocol: microbe co-occurrence and mutual exclusivity across signatures Ouverte

advanced atomic-protocol microbiome statistics

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 52/100

waldronlab/agent-protocols#20 · Ouverte le 12/9/2026
Composite protocol: benchmark microbe set enrichment methods against each other Ouverte

advanced blocked composite-protocol microbiome statistics

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 45/100

waldronlab/agent-protocols#19 · Ouverte le 12/9/2026
Protocol: CBEA: competitive balances for taxonomic enrichment analysis against BugSigDB signatures Ouverte

advanced atomic-protocol bioinformatics microbiome statistics

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 64/100

waldronlab/agent-protocols#18 · Ouverte le 12/9/2026
Protocol: PADOG: pathway analysis with down-weighting of overlapping sets against BugSigDB signatures Ouverte

advanced atomic-protocol bioinformatics microbiome statistics

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 68/100

waldronlab/agent-protocols#17 · Ouverte le 12/9/2026
Protocol: Over-representation analysis of microbe sets against BugSigDB signatures Ouverte

atomic-protocol bioinformatics microbiome statistics

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 55/100

waldronlab/agent-protocols#16 · Ouverte le 12/9/2026
Protocol: resampling test for signature replicability within a condition Ouverte

advanced atomic-protocol microbiome statistics

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 68/100

waldronlab/agent-protocols#15 · Ouverte le 12/9/2026
Protocol: sample-size-weighted metasignature pooling by body site and condition Ouverte

advanced atomic-protocol microbiome statistics

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 48/100

waldronlab/agent-protocols#14 · Ouverte le 12/9/2026
Protocol: semantic similarity between signatures at mixed taxonomic levels Ouverte

advanced atomic-protocol bioinformatics microbiome statistics

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 68/100

waldronlab/agent-protocols#13 · Ouverte le 12/9/2026
Composite protocol: generate a hypothesis from BugSigDB, test it in individual-participant data Ouverte

advanced blocked composite-protocol microbiome statistics

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 38/100

waldronlab/agent-protocols#12 · Ouverte le 12/9/2026
Protocol: assemble a case-control cohort from curatedMetagenomicData Ouverte

atomic-protocol bioinformatics data-curation good-first-protocol microbiome

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 68/100

waldronlab/agent-protocols#11 · Ouverte le 12/9/2026
Composite protocol: systematic review of BugSigDB signatures for one condition Ouverte

blocked composite-protocol microbiome statistics

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 38/100

waldronlab/agent-protocols#10 · Ouverte le 12/9/2026
Protocol: cluster and display a signature similarity matrix Ouverte

atomic-protocol good-first-protocol microbiome statistics

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 48/100

waldronlab/agent-protocols#9 · Ouverte le 12/9/2026
Protocol: Jaccard similarity between signatures at a single taxonomic level Ouverte

atomic-protocol good-first-protocol microbiome statistics

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 55/100

waldronlab/agent-protocols#8 · Ouverte le 12/9/2026
Protocol: Monte Carlo critical frequency for recurrent taxa across signatures Ouverte

atomic-protocol microbiome statistics

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 55/100

waldronlab/agent-protocols#7 · Ouverte le 12/9/2026
Protocol: taxon frequency table with a binomial test of reported direction Ouverte

atomic-protocol good-first-protocol microbiome statistics

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 62/100

waldronlab/agent-protocols#6 · Ouverte le 12/9/2026
Protocol: study characteristics table for a set of curated signatures Ouverte

atomic-protocol data-curation good-first-protocol microbiome

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 78/100

waldronlab/agent-protocols#5 · Ouverte le 12/9/2026
Protocol: assemble and QC a BugSigDB signature subset for a condition Ouverte

atomic-protocol data-curation good-first-protocol microbiome

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 68/100

waldronlab/agent-protocols#4 · Ouverte le 12/9/2026
Define authentication expectations for private federated nodes Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 65/100

waldronlab/agent-protocol-standard#25 · 1 commentaire · Ouverte le 11/9/2026
Define a canonical fully-qualified name syntax for protocols Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 45/100

waldronlab/agent-protocol-standard#24 · 1 commentaire · Ouverte le 11/9/2026
Support ad-hoc protocol repositories outside the central registry Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 42/100

waldronlab/agent-protocol-standard#23 · 1 commentaire · Ouverte le 11/9/2026

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