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deepcell-tf
Deep Learning Library for Single Cell Analysis

Python · 480 个 star
cellSAM
Codebase for "A Foundation Model for Cell Segmentation"

Python · 218 个 star
deepcell-label
Cloud-based data annotation tools for biological images

JavaScript · 85 个 star
deepcell-tracking
Track cells and build cell lineages

Python · 35 个 star
deepcell-spots
Deep Learning Library for Spot Detection

Python · 24 个 star
deepcell-types

Python · 10 个 star
torch-mesmer
pytorch implementation of mesmer

Python · 1 个 star

适合新手全部

未关闭全部

UX: Fix skimage min_size deprecation warnings 未关闭

chore

难度 3/5 1-2 天新手友好度 48/100

vanvalenlab/torch-mesmer#68 · 2026年9月17日创建
Unable ro login to deepcell login 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 20/100

vanvalenlab/cellSAM#135 · 2026年9月15日创建
https://users.deepcell.org/ returns 503 Service Temporarily Unavailable 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

vanvalenlab/deepcell-types#57 · 4 条评论 · 2026年8月21日创建
Unable to access CellSAM v1.2 weights due to DeepCell account registration/login issue 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 20/100

vanvalenlab/cellSAM#134 · 1 条评论 · 2026年8月16日创建
cannot log in the website to download the model 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 25/100

vanvalenlab/deepcell-types#56 · 2 条评论 · 2026年8月16日创建
Unable to receive activation/password reset email from users.deepcell.org 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

vanvalenlab/cellSAM#133 · 2 条评论 · 2026年7月22日创建
Deepcell Registration Issue 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

vanvalenlab/cellSAM#132 · 2026年6月10日创建
Registration unavailable: request for academic API token or offline model access 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

vanvalenlab/deepcell-tf#749 · 5 条评论 · 2 个 reaction · 2026年5月14日创建
Unclear Training Data Provenance 未关闭

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 68/100

vanvalenlab/torch-mesmer#55 · 2026年5月7日创建
register via the DeepCell porta 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

vanvalenlab/cellSAM#127 · 1 条评论 · 2026年5月5日创建
Inference performance degradation 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 42/100

vanvalenlab/torch-mesmer#52 · 2 条评论 · 2026年5月1日创建
Unable to access users.deepcell.org and online demo; request for official CellSAM model access for academic research 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 25/100

vanvalenlab/cellSAM#125 · 1 条评论 · 2026年4月13日创建
I can't log in to the website https://users.deepcell.org/login/ with my email, and I can't download the pretrained model 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

vanvalenlab/cellSAM#124 · 2026年4月12日创建
I have completed the registration successfully, but I did not receive the verification email. 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 20/100

vanvalenlab/cellSAM#123 · 2026年3月26日创建
Unable to receive verification email after successful registration with `.edu.cn` address, and login always says username/password do not match 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 25/100

vanvalenlab/cellSAM#122 · 2026年3月15日创建
Registration request pending for 40+ days 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 15/100

vanvalenlab/cellSAM#121 · 2026年3月9日创建
Expanded TissueNet is Undocumented 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 45/100

vanvalenlab/cellSAM#120 · 2026年3月7日创建
Users Deepcell website is down 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 25/100

vanvalenlab/deepcell-tf#748 · 1 条评论 · 2026年3月5日创建
Can't use cellSam because there's no way to get DEEPCELL_ACCESS_TOKEN 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

vanvalenlab/cellSAM#118 · 8 条评论 · 1 个 reaction · 2026年3月4日创建
Support for python>3.10 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 42/100

vanvalenlab/deepcell-tf#747 · 2 条评论 · 2026年2月27日创建
channel_mapping.yaml Has Duplicate Rows 未关闭

难度 1/5 1 小时以内新手友好度 55/100

vanvalenlab/deepcell-types#38 · 2026年2月25日创建
Masks Are Far Too Small 未关闭

bug

难度 4/5 3-5 天新手友好度 30/100

vanvalenlab/deepcell-tf#746 · 2026年2月18日创建
Dynamic relevant point calculations for flow following 未关闭

fix

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

vanvalenlab/torch-mesmer#43 · 2026年2月10日创建
Compare post-processing approaches 未关闭

question

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

vanvalenlab/torch-mesmer#41 · 2026年2月10日创建
Investigate 4-channel output 未关闭

question

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

vanvalenlab/torch-mesmer#40 · 2026年2月10日创建
Conflicting Instructions Between Tutorial and Journal Article 未关闭

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 45/100

vanvalenlab/deepcell-types#37 · 2026年2月6日创建
BnT Cells Unsupported 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

vanvalenlab/deepcell-types#36 · 1 条评论 · 2026年2月5日创建
Service Unavailable: DeepCell.org/predict inaccessible and API key registration broken 未关闭

bug

难度 4/5 3-5 天新手友好度 25/100

vanvalenlab/deepcell-tf#745 · 6 条评论 · 2026年1月29日创建
Pre-trained model weights 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

vanvalenlab/cellSAM#116 · 4 条评论 · 2026年1月24日创建
Online CellSAM demo fails on official sample image 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 42/100

vanvalenlab/cellSAM#115 · 3 条评论 · 2026年1月20日创建
Stitching Causes Chopped Off Cells 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

vanvalenlab/cellSAM#113 · 2026年1月14日创建
iou_threshold Not Documented Below Function Prototype 未关闭

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 45/100

vanvalenlab/cellSAM#112 · 2026年1月14日创建
Download Training Data Output Directory and Archive Size 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 45/100

vanvalenlab/cellSAM#111 · 2026年1月5日创建
Clarification on preprocess_kwargs and postprocess_kwargs parameters in Mesmer 未关闭

enhancement

难度 3/5 1-2 天新手友好度 30/100

vanvalenlab/deepcell-tf#744 · 2025年12月19日创建
CellSAM Boundaries are Much Bigger than the Cells 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

vanvalenlab/cellSAM#104 · 2025年11月13日创建
2D labels contain nested instances (cell fully inside another) 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

vanvalenlab/cellSAM#103 · 2 条评论 · 2025年10月16日创建
Multi GPU support 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

vanvalenlab/cellSAM#102 · 1 条评论 · 2025年10月15日创建
SeNNet deepcell types integration Senoquant 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

vanvalenlab/deepcell-types#34 · 2 条评论 · 1 个 reaction · 2025年10月8日创建
SpotDetection's postprocessing function does not support batched prediction 未关闭

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 55/100

vanvalenlab/deepcell-spots#97 · 2025年9月17日创建
Pre-trained model weights - official release, version 1.2 未关闭

Models and Datasets

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

vanvalenlab/cellSAM#90 · 28 条评论 · 2 个 reaction · 2025年9月12日创建
Deployment at cellsam.deepcell.org transition to new infrastructure 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 25/100

vanvalenlab/cellSAM#75 · 1 条评论 · 2025年7月29日创建
Is This Preprocessing Pipeline Suitable for H&E-Stained RGB Input? 未关闭

bug documentation

难度 4/5 3-5 天新手友好度 25/100

vanvalenlab/cellSAM#74 · 9 条评论 · 2025年7月21日创建
problems in registering to Deepcell Users 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 15/100

vanvalenlab/deepcell-tf#741 · 3 条评论 · 2 个 reaction · 2025年7月5日创建
Isotope Spillover 未关闭

question

难度 4/5 3-5 天新手友好度 25/100

vanvalenlab/deepcell-types#16 · 4 条评论 · 2025年6月8日创建
Data Download Hard-coded to Home Directory 未关闭

enhancement

难度 4/5 3-5 天新手友好度 30/100

vanvalenlab/deepcell-types#13 · 1 个 reaction · 2025年5月24日创建
Apply segmentation to H&E images 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

vanvalenlab/cellSAM#63 · 1 条评论 · 2025年4月10日创建
Exporting to ONNX possible? 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

vanvalenlab/cellSAM#62 · 2025年4月2日创建
Wholeslide segmentation performance issues 未关闭

bug

难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

vanvalenlab/cellSAM#52 · 2025年3月17日创建
Can you release the code for constructing the consensus training dataset? 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 30/100

vanvalenlab/deepcell-spots#94 · 1 条评论 · 2025年3月17日创建
DeepCell NuclearSegmentation no longer allows model=None kwarg 未关闭

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 45/100

vanvalenlab/deepcell-spots#93 · 1 个 reaction · 2025年3月12日创建

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