Notebook on 3D data and on images from multiple imaging cycles
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评估
- 难度
- 4/5
- 预计耗时
- 3-5 天
- 新手友好度
- 35/100
- Issue 类型
- 文档
- 描述清晰度
- 基本清楚
- 活跃度
- 停滞
- 技术栈
- jupyter-notebook, numpy
调研方向
首先检查新的变换重构和已合并的 stitch notebook。构建一个 notebook，涵盖从大型 3D 图像生成 2D 切片或最大投影、对多个循环中的图像进行旋转、重新栅格化和裁剪后堆叠，以及使用 napari 将 2D 层可视化为 3D。完成的标准是将两个相关的工作流一并演示出来。
由索引模型根据 Issue 内容生成。
描述
Two related concepts that would be nice to show, and show in the same notebook (from a discussion with @lopollar and @melonora).
Sometimes the user has a large 3D image and wants to operate on a 2D slice (or use a 2D max projection), and sometime the users have many two images and want to stack them together in a 3D image, or in a 2D multichannel image (the stacking is not just a "numpy array stacking", but it could involve rotations, etc and requires re-rasterization and cropping).
After the new transformations refactoring and the merge of the stitch notebook this will be supported and it would be nice to show this to the user, together with a napari viz of the 2D layers embedded in the 3D space.
- 主要语言
- Jupyter Notebook
- 星标
- 67
- 派生
- 26
- 平均合并
- 4 分钟
- 30 天内合并 PR
- 1
贡献指南
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- 先读完整个 Issue，再读项目的贡献指南。
- 在 Issue 下留言说明你要接手 —— 这能避免两个人做同样的事。
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