Notebook on 3D data and on images from multiple imaging cycles

オープン

#23 2023年5月17日に作成コメント 2 件リアクション 0 件担当者 0 名 GitHub で見る

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評価

難易度: 4/5
見積もり時間: 3〜5日
初心者へのやさしさ: 35/100

issue の種類: ドキュメント
明瞭さ: おおむね明確
活発さ: 停滞
技術スタック: jupyter-notebook, numpy
領域: computer-vision, data-visualization, documentation

調査の方向性

まず、新しい変換のリファクタリングと、マージされた stitch ノートブックを確認します。大規模な 3D 画像からの 2D スライスまたは最大値投影、回転・再ラスタライズ・クロッピングを伴う複数サイクルの画像のスタッキング、および napari による 3D 内の 2D レイヤーの可視化を扱うノートブックを作成します。両方の関連するワークフローが一緒に実演されていれば完了です。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

説明

Two related concepts that would be nice to show, and show in the same notebook (from a discussion with @lopollar and @melonora).

Sometimes the user has a large 3D image and wants to operate on a 2D slice (or use a 2D max projection), and sometime the users have many two images and want to stack them together in a 3D image, or in a 2D multichannel image (the stacking is not just a "numpy array stacking", but it could involve rotations, etc and requires re-rasterization and cropping).

After the new transformations refactoring and the merge of the stitch notebook this will be supported and it would be nice to show this to the user, together with a napari viz of the 2D layers embedded in the 3D space.

主要言語: Jupyter Notebook
スター: 67
フォーク: 26
平均マージ: 4分
マージ済み PR（30日）: 1

コントリビューションガイド

このリポジトリのコントリビューションガイドは索引されていません

はじめの一歩

issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。

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