nf-core/variantbenchmarking

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Pipeline to evaluate and validate the accuracy of variant calling methods in genomic research

nf-core/variantbenchmarking 对新手友好吗？

近 30 天，nf-core/variantbenchmarking 合并了外部贡献者提交的 17 个 PR 中的 15 个，维护者通常 1 天内回复。 目前有 2 个适合新手的 issue 开放。

星标
54
派生
36
开放的新手 issue
2
已索引 issue
40
平均合并
21 小时 20 分钟
30 天内合并 PR
20
主要语言
Nextflow
许可证
MIT
最近 GitHub push
2026年11月5日
最近索引
2026年9月19日
贡献指南
行为准则
新手标签
good first issue

如何为 nf-core/variantbenchmarking 做贡献

  1. 先读贡献指南：它说明了维护者希望如何提出、测试和评审改动。
  2. 项目自带 dev container：在 Codespaces 中打开，在浏览器里直接得到一个能用的开发环境。
  3. 读一下行为准则：它同样适用于 issue 和 PR，而不只是聊天。
  4. 从下方 2 个开放的新手友好 issue 中选一个，开始之前先留言说明你想认领它。
适合新手 全部
未关闭 全部

可能已有人在做的 issue 排在最后。 全部按时间排序

  • Aggregation of summary metrics for SVanalyzer cannot parse DTP
    未关闭
    • 哪里不对？

    难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 83/100

    nf-core/variantbenchmarking#364 ·

    维护者通常 1 天内回复

  • Update nf-metro to 2.1.0
    未关闭
    • 哪里不对？
    enhancement

    难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 70/100

    nf-core/variantbenchmarking#359 ·

    维护者通常 1 天内回复

  • Confidence intervals for recall and precision in the summary tables
    未关闭
    • 哪里不对？

    难度 4/5 3-5 天 新手友好度 48/100

    nf-core/variantbenchmarking#357 · 1 条评论 ·

    维护者通常 1 天内回复

  • Pipeline level snapshots
    未关闭
    • 哪里不对？
    enhancement low priority

    难度 3/5 半天 新手友好度 45/100

    nf-core/variantbenchmarking#350 ·

    维护者通常 1 天内回复

  • hap.py benchmarking silently produces empty results for GRCh37/b37 (non-chr-prefixed) references
    未关闭
    • 哪里不对？

    难度 3/5 1-2 天 新手友好度 68/100

    nf-core/variantbenchmarking#324 · 1 条评论 ·

    维护者通常 1 天内回复

  • Running analysis on sample sample id's
    未关闭
    • 哪里不对？

    难度 4/5 3-5 天 新手友好度 48/100

    nf-core/variantbenchmarking#307 · 3 条评论 ·

    维护者通常 1 天内回复

  • vcf_variant_filtering
    可能重新可做 未关闭
    • 哪里不对？
    low priority

    nf-core/variantbenchmarking#293 · 已指派 1 人 ·

    维护者通常 1 天内回复

  • wittyer_benchmark
    可能重新可做 未关闭
    • 哪里不对？
    low priority

    nf-core/variantbenchmarking#291 · 已指派 2 人 ·

    维护者通常 1 天内回复

  • svanalyser_benchmark
    可能重新可做 未关闭
    • 哪里不对？
    low priority

    nf-core/variantbenchmarking#285 · 已指派 1 人 ·

    维护者通常 1 天内回复

  • happy_benchmark
    可能重新可做 未关闭
    • 哪里不对？
    low priority

    nf-core/variantbenchmarking#284 · 已指派 1 人 ·

    维护者通常 1 天内回复

  • Port local subworkflows to nf-core/modules
    可能重新可做 未关闭
    • 哪里不对？
    enhancement good first issue low priority

    难度 4/5 3-5 天 新手友好度 25/100

    nf-core/variantbenchmarking#265 · 2 条评论 ·

    维护者通常 1 天内回复

  • Port local modules to nf-core/modules
    未关闭
    • 哪里不对？
    enhancement low priority

    难度 4/5 3-5 天 新手友好度 35/100

    nf-core/variantbenchmarking#264 · 5 条评论 ·

    维护者通常 1 天内回复

  • add TP_comp for sompy
    未关闭
    • 哪里不对？
    bug enhancement

    难度 4/5 3-5 天 新手友好度 35/100

    nf-core/variantbenchmarking#233 ·

    维护者通常 1 天内回复

  • unexpected F1 score running somatic snv/indel variants benchmarking
    未关闭
    • 哪里不对？
    bug

    难度 4/5 3-5 天 新手友好度 35/100

    nf-core/variantbenchmarking#225 · 10 条评论 ·

    维护者通常 1 天内回复

  • Multiple truth sets within the same run
    未关闭
    • 哪里不对？
    enhancement not urgent

    难度 4/5 3-5 天 新手友好度 35/100

    nf-core/variantbenchmarking#202 · 3 条评论 · 2 个 reaction ·

    维护者通常 1 天内回复

  • add vcfdist tool for benchmarking
    可能重新可做 未关闭
    • 哪里不对？
    enhancement good first issue

    nf-core/variantbenchmarking#199 · 已指派 1 人 ·

    维护者通常 1 天内回复

  • SEQC2 test fails for rtgtools as malformatted INFO field in the truth
    未关闭
    • 哪里不对？
    bug

    难度 4/5 3-5 天 新手友好度 25/100

    nf-core/variantbenchmarking#186 · 1 条评论 ·

    维护者通常 1 天内回复

  • igv-reports
    未关闭
    • 哪里不对？
    backlog enhancement low priority

    难度 4/5 3-5 天 新手友好度 35/100

    nf-core/variantbenchmarking#184 ·

    维护者通常 1 天内回复

  • add total stats for happy merging snps and indels
    未关闭
    • 哪里不对？
    backlog enhancement

    难度 3/5 1-2 天 新手友好度 45/100

    nf-core/variantbenchmarking#183 ·

    维护者通常 1 天内回复

  • vt decompose_blocksub
    未关闭
    • 哪里不对？
    enhancement good first issue

    难度 4/5 3-5 天 新手友好度 35/100

    nf-core/variantbenchmarking#114 ·

    维护者通常 1 天内回复

  • generate somatic test files for COLO-829
    未关闭
    • 哪里不对？
    backlog enhancement not urgent

    难度 4/5 3-5 天 新手友好度 30/100

    nf-core/variantbenchmarking#93 ·

    维护者通常 1 天内回复

  • oncoliner assessment tool
    未关闭
    • 哪里不对？
    enhancement not urgent

    难度 5/5 一周以上 新手友好度 20/100

    nf-core/variantbenchmarking#92 ·

    维护者通常 1 天内回复

  • add oncoliner tools
    可能重新可做 未关闭
    • 哪里不对？
    enhancement not urgent

    nf-core/variantbenchmarking#89 · 已指派 1 人 ·

    维护者通常 1 天内回复

  • support for trio analysis for mendelian inheritance errors
    未关闭
    • 哪里不对？
    backlog enhancement

    难度 5/5 一周以上 新手友好度 25/100

    nf-core/variantbenchmarking#82 ·

    维护者通常 1 天内回复

  • coverage stratification
    未关闭
    • 哪里不对？
    backlog enhancement

    难度 4/5 3-5 天 新手友好度 35/100

    nf-core/variantbenchmarking#65 ·

    维护者通常 1 天内回复

  • some of test configs under conf/ are outdated
    可能已有人在做 未关闭
    • 哪里不对？
    bug

    难度 3/5 1-2 天 新手友好度 45/100

    nf-core/variantbenchmarking#321 · 2 条评论 ·

    维护者通常 1 天内回复

  • Label change for process VCF_TO_CSV
    可能已有人在做 未关闭
    • 哪里不对？
    enhancement

    难度 3/5 1-2 天 新手友好度 48/100

    nf-core/variantbenchmarking#306 · 5 条评论 ·

    维护者通常 1 天内回复

  • vcf_to_csv -> gatk4/variantstotable
    可能已有人在做 未关闭
    • 哪里不对？
    enhancement low priority

    nf-core/variantbenchmarking#280 · 已指派 1 人 ·

    维护者通常 1 天内回复

  • improve plots/statistics
    可能已有人在做 未关闭
    • 哪里不对？

    难度 5/5 一周以上 新手友好度 25/100

    nf-core/variantbenchmarking#180 ·

    维护者通常 1 天内回复

  • somatic workflow
    可能已有人在做 未关闭
    • 哪里不对？

    难度 5/5 一周以上 新手友好度 15/100

    nf-core/variantbenchmarking#96 ·

    维护者通常 1 天内回复

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