griffithlab/pVACtools

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griffithlab/pVACtools 对新手友好吗？

近期外部贡献者向 griffithlab/pVACtools 提交的 PR 还不够多，暂时无法判断它们被合并的比例。目前有 3 个适合新手的 issue 开放。

星标: 189
派生: 81
开放的新手 issue: 3
已索引 issue: 94
平均合并: 8 天 5 小时
30 天内合并 PR: 4

主要语言: Python
许可证: BSD-3-Clause-Clear
最近 GitHub push: 2026年9月29日
最近索引: 2026年9月20日
贡献指南: 没有贡献指南
行为准则: 没有行为准则
新手标签: 没有已索引的新手标签

如何为 griffithlab/pVACtools 做贡献

这个项目没有贡献指南，可以先读 README，再看几个最近合并的 PR，了解改动是怎么提交的。
你的贡献将以该项目的 BSD-3-Clause-Clear 许可证发布。
从下方 3 个开放的新手友好 issue 中选一个，开始之前先留言说明你想认领它。

适合新手全部

未关闭全部

可能已有人在做的 issue 排在最后。全部按时间排序

Aggregate ordering documentation gives the opposite expression rank direction
未关闭
- 哪里不对？
难度 1/5 1 小时以内新手友好度 85/100

griffithlab/pVACtools#1471 · 1 条评论 · 2026年10月5日创建
Investigate possible utility of TCRbridge (AlphaBridge, Alphafold3)
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

griffithlab/pVACtools#1470 · 2026年9月25日创建
Interpreting junction scores in pVACvector.
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

griffithlab/pVACtools#1468 · 1 条评论 · 2026年9月21日创建
Update pVACcompare list of valid columns
未关闭
- 哪里不对？
bug report / hotfix PR

难度 3/5 1-2 天新手友好度 58/100

griffithlab/pVACtools#1465 · 2026年9月17日创建
pVACseq should handle frameshift that fall "within the region of the splice site"
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 55/100

griffithlab/pVACtools#1464 · 2026年9月14日创建
Don't use special characters in tmp file names
未关闭
- 哪里不对？
难度 2/5 1-3 小时新手友好度 72/100

griffithlab/pVACtools#1455 · 2026年8月24日创建
add support for ctat-lr-fusion expression
可能重新可做 @mhoang22 于 59 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
feature addition

griffithlab/pVACtools#1450 · 已指派 1 人 · 2026年8月11日创建
Does pvacseq run support custom HLA/MHC sequencing input via NetMHCpan's -hlaseq option for non-model organisms?
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

griffithlab/pVACtools#1415 · 2026年7月6日创建
Consider new stability prediction algorithm SPEARMINT
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

griffithlab/pVACtools#1413 · 2026年7月1日创建
Add AA -> mRNA backtranslation to pVACvector
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

griffithlab/pVACtools#1411 · 2026年6月16日创建
Proposal: staged behavior-preserving refactor of tool responsibility placement
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

griffithlab/pVACtools#1408 · 3 条评论 · 2026年6月6日创建
Update IEDB to use Next-Generation (NG) IEDB Tools API
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

griffithlab/pVACtools#1400 · 2026年5月21日创建
Add NMD prediction support
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

griffithlab/pVACtools#1370 · 1 个 reaction · 2026年3月6日创建
Suggestion to use WhatsHap for phasing VCFs
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

griffithlab/pVACtools#1362 · 2 条评论 · 1 个 reaction · 2026年1月22日创建
Investigate AEGIS for class II prediction
未关闭
- 哪里不对？
prediction_algorithms

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

griffithlab/pVACtools#1361 · 2026年1月16日创建
Investigate MARIA for class II predictions
未关闭
- 哪里不对？
prediction_algorithms

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

griffithlab/pVACtools#1360 · 2026年1月16日创建
Use tumor ploidy and cellularity estimates from FACETS and/or Sequenza for clonality assessment
未关闭
- 哪里不对？
feature addition

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

griffithlab/pVACtools#1355 · 1 条评论 · 2026年1月5日创建
TypeError: a bytes-like object is required, not 'NoneType'
未关闭
- 哪里不对？
bug report / hotfix PR

难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

griffithlab/pVACtools#1347 · 13 条评论 · 2025年12月9日创建
Investigate adding pMHCchat as an additional binding prediction tool
未关闭
- 哪里不对？
prediction_algorithms

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

griffithlab/pVACtools#1269 · 2025年7月15日创建
Add a command to create a colored ordering TXT/DOC file for DNA vectors
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

griffithlab/pVACtools#1251 · 2025年6月18日创建
Running pVACSeq on multiple samples
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 20/100

griffithlab/pVACtools#1246 · 13 条评论 · 2025年6月3日创建
Incorporate gene of interest status in the aggregate tiering/sorting
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 30/100

griffithlab/pVACtools#1230 · 2025年4月9日创建
investigate TLimmuno2
未关闭
- 哪里不对？
prediction_algorithms

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

griffithlab/pVACtools#1205 · 2025年2月18日创建
Console warnings/errors
未关闭
- 哪里不对？
bug report / hotfix PR pVACview

难度 4/5 3-5 天新手友好度 25/100

griffithlab/pVACtools#1199 · 2025年2月7日创建
Consider HLApollo for integration
未关闭
- 哪里不对？
grant prediction_algorithms

难度 5/5 一周以上新手友好度 20/100

griffithlab/pVACtools#1172 · 2025年1月6日创建
Plans for adding NetTCR-2.0?
未关闭
- 哪里不对？
prediction_algorithms

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

griffithlab/pVACtools#1141 · 1 条评论 · 2024年9月7日创建
Potential improvements to the pVACview NeoFox module
未关闭
- 哪里不对？
pVACview

难度 5/5 一周以上新手友好度 20/100

griffithlab/pVACtools#1098 · 2024年4月30日创建
Output a visual representation of the graph after all spacers have been tested
未关闭
- 哪里不对？
pVACvector

难度 5/5 一周以上新手友好度 30/100

griffithlab/pVACtools#1089 · 1 条评论 · 2024年4月5日创建
QUESTION: How to integrate netchop results to aditionnally filter possible peptides
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 20/100

griffithlab/pVACtools#1064 · 2024年2月19日创建
Overview of possible new prediction algorithms and their installation/run requirements
未关闭
- 哪里不对？
prediction_algorithms

难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

griffithlab/pVACtools#1056 · 2 条评论 · 2024年1月26日创建
Consider integration with ACE a tool for generation of ELISpot configurations (peptide-pool assignments)
未关闭
- 哪里不对？
prediction_algorithms

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

griffithlab/pVACtools#1051 · 2024年1月16日创建
Investigate DeepHLApan prediction algorithm
未关闭
- 哪里不对？
grant prediction_algorithms

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

griffithlab/pVACtools#1016 · 2023年8月9日创建
Evaluate MHCRank for integration
未关闭
- 哪里不对？
prediction_algorithms

难度 5/5 一周以上新手友好度 20/100

griffithlab/pVACtools#1007 · 2023年7月24日创建
Add matched WT to pVACfuse predictions
未关闭
- 哪里不对？
grant

难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

griffithlab/pVACtools#993 · 2023年7月6日创建
Investigate Pepsickle as an alternative to NetChop
未关闭
- 哪里不对？
prediction_algorithms

难度 4/5 3-5 天新手友好度 25/100

griffithlab/pVACtools#986 · 2023年6月22日创建
Update reference proteome analysis to consider patient genotype
未关闭
- 哪里不对？
grant

难度 5/5 一周以上新手友好度 30/100

griffithlab/pVACtools#948 · 3 条评论 · 2023年4月7日创建
Should anchor position be a criteria in the aggregate reprot for class II predictions?
未关闭
- 哪里不对？
grant

难度 5/5 一周以上新手友好度 20/100

griffithlab/pVACtools#940 · 1 条评论 · 2023年3月29日创建
Implement a `--ignore-rna-in-tiering` flag
未关闭
- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 52/100

griffithlab/pVACtools#910 · 2023年3月6日创建
Incorporate better handling of HLA allele-specific expression loss
未关闭
- 哪里不对？
grant

难度 5/5 一周以上新手友好度 20/100

griffithlab/pVACtools#901 · 2023年2月14日创建
Investigate adding support for EpiScan Predictor
未关闭
- 哪里不对？
grant prediction_algorithms

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

griffithlab/pVACtools#894 · 2023年1月9日创建
Add support for screening of end modifications to long peptides to accommodate manufacture/solubility issues
未关闭
- 哪里不对？
grant

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

griffithlab/pVACtools#880 · 2 条评论 · 2022年12月6日创建
Add retry when NetMHCstabpan fails
未关闭
- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 45/100

griffithlab/pVACtools#862 · 2022年10月27日创建
Explore incorporation of "Inhibigens" in neoantigen candidate prioritization
未关闭
- 哪里不对？
grant

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

griffithlab/pVACtools#829 · 2 条评论 · 2022年7月14日创建
Use MHCgnomes to help resolve HLA alleles
未关闭
- 哪里不对？
grant

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

griffithlab/pVACtools#827 · 2022年7月11日创建
pVACseq stability predictions are not performed locally with --netmhc-stab
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

griffithlab/pVACtools#791 · 1 条评论 · 2022年4月4日创建
Add ability to run the reference proteome step on the full peptide sequence in a fasta
未关闭
- 哪里不对？
grant

难度 4/5 3-5 天新手友好度 30/100

griffithlab/pVACtools#787 · 2 条评论 · 2022年3月22日创建
Incorporate DeepNeo for better class II priortization
未关闭
- 哪里不对？
grant prediction_algorithms

难度 5/5 一周以上新手友好度 20/100

griffithlab/pVACtools#777 · 2 条评论 · 2022年2月22日创建
Add retry when calls to standalone IEDB fail
未关闭
- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 35/100

griffithlab/pVACtools#762 · 10 条评论 · 2022年1月25日创建
Add support for proximal inframe indels
未关闭
- 哪里不对？
grant

难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

griffithlab/pVACtools#757 · 1 条评论 · 2022年1月19日创建
Incorporate predictions from TCRMatch
未关闭
- 哪里不对？
grant prediction_algorithms

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

griffithlab/pVACtools#755 · 1 条评论 · 2022年1月17日创建

griffithlab/pVACtools

griffithlab/pVACtools 对新手友好吗？

如何为 griffithlab/pVACtools 做贡献

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