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pVACtools

Python · 189 个 star
rnabio.org
website for the rnaseq course

SCSS · 127 个 star
civic-v2
CIViC is an open access, open source, community-driven web resource for Clinical Interpretation of Variants in Cancer

TypeScript · 31 个 star
griffithlab.org
Griffith lab research website

JavaScript · 17 个 star
civicpy
A python interface for the CIViC db application

Python · 13 个 star
variant-curation-unconference
Repo for advertising and organizing VICC, CGC, CIViC, & ClinGen Somatic: Variant Curation & Coding Unconference/meeting activities

10 个 star
civic-docs
Source code for the civicdb.org docs

5 个 star
civic-pubtator
Version of tmvar working on ARM with detailed instructions and examples

Shell · 1 个 star
civic-editor-tools
automations to facilitate editor review and issue correction in civicdb

Python · 0 个 star
neoag_vaccine_scripts

Python · 0 个 star

适合新手全部

未关闭全部

可能已有人在做的 issue 排在最后。全部按时间排序

Use FusionGDB to help identify specific fusion junction coordinates for fusions documented in CIViC
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

griffithlab/civic-editor-tools#6 · 2026年10月7日创建
Integrate use of varaico to find variant mentions in publications
未关闭
- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 52/100

griffithlab/civic-editor-tools#5 · 2026年10月7日创建
Aggregate ordering documentation gives the opposite expression rank direction
未关闭
- 哪里不对？
难度 1/5 1 小时以内新手友好度 85/100

griffithlab/pVACtools#1471 · 1 条评论 · 2026年10月5日创建
Investigate possible utility of TCRbridge (AlphaBridge, Alphafold3)
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

griffithlab/pVACtools#1470 · 2026年9月25日创建
GKS: Store the ClinVar Entry star
未关闭
- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 55/100

griffithlab/civicpy#257 · 2026年9月21日创建
Interpreting junction scores in pVACvector.
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

griffithlab/pVACtools#1468 · 1 条评论 · 2026年9月21日创建
Update pVACcompare list of valid columns
未关闭
- 哪里不对？
bug report / hotfix PR

难度 3/5 1-2 天新手友好度 58/100

griffithlab/pVACtools#1465 · 2026年9月17日创建
pVACseq should handle frameshift that fall "within the region of the splice site"
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 55/100

griffithlab/pVACtools#1464 · 2026年9月14日创建
GKS: Add support for representing evidence star ratings
可能重新可做 @korikuzma 于 38 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
griffithlab/civicpy#256 · 已指派 1 人 · 2026年9月1日创建
Capture AI usage attestation
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

griffithlab/civic-v2#1498 · 1 条评论 · 2026年8月28日创建

维护者通常 2 天内回复
Don't use special characters in tmp file names
未关闭
- 哪里不对？
难度 2/5 1-3 小时新手友好度 72/100

griffithlab/pVACtools#1455 · 2026年8月24日创建
Link shortcut to revisions opens to default page
未关闭
- 哪里不对？
enhancement

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 64/100

griffithlab/civic-v2#1477 · 2026年8月19日创建

维护者通常 2 天内回复
Proposal: run CI on pull requests that target feature branches
可能重新可做 @acoffman 于 55 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
dev-followup

griffithlab/civic-v2#1473 · 1 条评论 · 已指派 1 人 · 2026年8月14日创建

维护者通常 2 天内回复
add support for ctat-lr-fusion expression
可能重新可做 @mhoang22 于 59 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
feature addition

griffithlab/pVACtools#1450 · 已指派 1 人 · 2026年8月11日创建
GKS: Add support for MPs with cDNA changes in the name
未关闭
- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 38/100

griffithlab/civicpy#255 · 2 条评论 · 2026年8月6日创建
Create GKS Bundle Format for GKS JSON file
可能重新可做 @korikuzma 于 67 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
griffithlab/civicpy#249 · 已指派 1 人 · 2026年8月3日创建
What to do with "insufficient evidence"
未关闭
- 哪里不对？
2026 curation

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

griffithlab/variant-curation-unconference#91 · 2026年8月1日创建
Use of guidelines for structural variant clinical interpretation and their integration into CIViC
未关闭
- 哪里不对？
2026 curation

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

griffithlab/variant-curation-unconference#90 · 2026年8月1日创建
Useful Tools for Variant Curation and Improving Collaboration Between Laboratories (google form submission)
未关闭
- 哪里不对？
2026 curation

难度 5/5 一周以上新手友好度 15/100

griffithlab/variant-curation-unconference#89 · 2026年8月1日创建
fusion protein and RNA-seq (google form submission)
未关闭
- 哪里不对？
2026 curation

难度 5/5 一周以上新手友好度 15/100

griffithlab/variant-curation-unconference#88 · 2026年8月1日创建
Guidelines around AI use in variant interpretation (google form submission)
未关闭
- 哪里不对？
2026 curation

难度 5/5 一周以上新手友好度 20/100

griffithlab/variant-curation-unconference#87 · 2026年8月1日创建
Ways to help encourage labs to submit somatic intrpretations to ClinVar (from google form)
未关闭
- 哪里不对？
2026 curation

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

griffithlab/variant-curation-unconference#86 · 2026年8月1日创建
The future of clinical variant interpretation: from now to 5-10 years, how it looks like (google form)
未关闭
- 哪里不对？
2026 curation

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

griffithlab/variant-curation-unconference#85 · 2026年8月1日创建
Structural variants, CNV-calling, manual curation, OGM, NGS (from google form)
未关闭
- 哪里不对？
2026 curation

难度 1/5 1 小时以内新手友好度 20/100

griffithlab/variant-curation-unconference#84 · 2026年8月1日创建
Analysis and classification of novel fusions
未关闭
- 哪里不对？
2026 curation

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

griffithlab/variant-curation-unconference#83 · 2026年8月1日创建
Represent FDA Regulatory Approval, FDA Companion Test, and NCCN Guideline using GKS
可能重新可做 @korikuzma 于 87 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
griffithlab/civicpy#244 · 已指派 1 人 · 2026年7月13日创建
Consider MinerU as alternative to grobid for publication initial document parsing
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

griffithlab/civic-pubtator#1 · 2026年7月9日创建
Does pvacseq run support custom HLA/MHC sequencing input via NetMHCpan's -hlaseq option for non-model organisms?
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

griffithlab/pVACtools#1415 · 2026年7月6日创建
Consider new stability prediction algorithm SPEARMINT
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

griffithlab/pVACtools#1413 · 2026年7月1日创建
Surface citation instructions on help docs and about/help page
未关闭
- 哪里不对？
难度 2/5 1-3 小时新手友好度 68/100

griffithlab/civic-v2#1437 · 2026年6月26日创建

维护者通常 2 天内回复
Add AA -> mRNA backtranslation to pVACvector
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

griffithlab/pVACtools#1411 · 2026年6月16日创建
update `TestCivicGksPredictiveAssertion` once we have an actual approved predictive assertion that is submitted to clinvar
未关闭
- 哪里不对？
难度 2/5 1-3 小时新手友好度 35/100

griffithlab/civicpy#234 · 2026年6月16日创建
Proposal: staged behavior-preserving refactor of tool responsibility placement
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

griffithlab/pVACtools#1408 · 3 条评论 · 2026年6月6日创建
Update IEDB to use Next-Generation (NG) IEDB Tools API
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

griffithlab/pVACtools#1400 · 2026年5月21日创建
Update R code to tidyverse
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

griffithlab/rnabio.org#102 · 2026年5月18日创建
Clingen API query via gene symbol fails for a few CIViC genes
未关闭
- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 48/100

griffithlab/civic-editor-tools#2 · 2026年5月1日创建
Add a reference genome option to `create-vcf` in order to support GRCh38
未关闭
- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 68/100

griffithlab/civicpy#222 · 2026年4月30日创建
adv. search results table can be pushed offscreen
可能重新可做 @jmcmichael 于 163 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
bugfix

griffithlab/civic-v2#1403 · 已指派 1 人 · 2026年4月29日创建

维护者通常 2 天内回复
Incorrect INFO field encoding in annotate-vcf output, and GRCh38 support for create-vcf
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

griffithlab/civicpy#221 · 2 条评论 · 2026年4月29日创建
Nonsense variants not supported
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

griffithlab/civic-editor-tools#1 · 2026年4月24日创建
Materialized views should not pre-filter on EID/AID status, deprecation, retraction etc
未关闭
- 哪里不对？
难度 4/5 3-5 天新手友好度 48/100

griffithlab/civic-v2#1399 · 2026年4月23日创建

维护者通常 2 天内回复
Search Examples for Advanced Search
可能重新可做 @jmcmichael 于 161 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
enhancement

griffithlab/civic-v2#1398 · 7 条评论 · 已指派 1 人 · 2026年4月23日创建

维护者通常 2 天内回复
PubMed scraper improvements/bugfixes
未关闭
- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 52/100

griffithlab/civic-v2#1391 · 2026年4月3日创建

维护者通常 2 天内回复
Add ability to clear filter in table views
未关闭
- 哪里不对？
难度 3/5 1-2 天新手友好度 58/100

griffithlab/civic-v2#1390 · 2026年4月3日创建

维护者通常 2 天内回复
Hide accept/reject buttons for AIDs and EIDs unless on the summary page
未关闭
- 哪里不对？
难度 2/5 1-3 小时新手友好度 55/100

griffithlab/civic-v2#1386 · 2026年4月3日创建

维护者通常 2 天内回复
Allow hyperlinks/markdown/html in organization description.
未关闭
- 哪里不对？
难度 2/5 1-3 小时新手友好度 65/100

griffithlab/civic-v2#1385 · 2026年4月3日创建

维护者通常 2 天内回复
GKS Exporter: Add assembly information to variant
可能重新可做 @korikuzma 于 197 天前认领，目前没有进行中的 PR。未关闭
- 哪里不对？
griffithlab/civicpy#210 · 2 条评论 · 已指派 1 人 · 2026年3月26日创建
GKS Exporter: Use Cat-VRS and VRS
可能重新可做关联的 PR 已关闭且未合并。未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

griffithlab/civicpy#209 · 4 条评论 · 2026年3月26日创建
Implement automated CIViC AID submissions to ClinVar
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

griffithlab/civic-v2#1368 · 3 条评论 · 2026年3月19日创建

维护者通常 2 天内回复
Add NMD prediction support
未关闭
- 哪里不对？
难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

griffithlab/pVACtools#1370 · 1 个 reaction · 2026年3月6日创建

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