Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

griffithlab/pVACtools

Đăng nhập để theo dõi Xem trên GitHub

griffithlab/pVACtools có thân thiện với người mới không?

Gần đây có quá ít pull request của người đóng góp bên ngoài gửi tới griffithlab/pVACtools để nói chúng được merge thường xuyên đến đâu. Hiện có 3 issue phù hợp với người mới đang mở.

Star
189
Fork
81
Issue cho người mới đang mở
3
Issue đã lập chỉ mục
94
Merge trung bình
8 ngày 5 giờ
Pull request đã merge (30 ngày)
4
Ngôn ngữ chính
Python
Giấy phép
BSD-3-Clause-Clear
Lần push lên GitHub gần nhất
29/9/2026
Lập chỉ mục gần nhất
20/9/2026
Không có hướng dẫn đóng góp
Không có quy tắc ứng xử
Label cho người mới
Chưa lập chỉ mục label nào cho người mới

Cách đóng góp cho griffithlab/pVACtools

  1. Dự án không có hướng dẫn đóng góp, vì vậy hãy bắt đầu từ README và vài pull request vừa được merge để xem thay đổi được đề xuất thế nào.
  2. Đóng góp của bạn sẽ được phát hành theo giấy phép BSD-3-Clause-Clear của dự án.
  3. Chọn một trong 3 issue phù hợp với người mới đang mở bên dưới và bình luận rằng bạn muốn làm nó trước khi bắt đầu.
Phù hợp cho người mới Tất cả
Đang mở Tất cả

Các issue có thể đã có người làm được xếp cuối danh sách. Sắp xếp tất cả theo ngày

  • Aggregate ordering documentation gives the opposite expression rank direction
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 85/100

    griffithlab/pVACtools#1471 · 1 bình luận ·

  • Investigate possible utility of TCRbridge (AlphaBridge, Alphafold3)
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

    griffithlab/pVACtools#1470 ·

  • Interpreting junction scores in pVACvector.
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

    griffithlab/pVACtools#1468 · 1 bình luận ·

  • Update pVACcompare list of valid columns
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug report / hotfix PR

    Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 58/100

    griffithlab/pVACtools#1465 ·

  • pVACseq should handle frameshift that fall "within the region of the splice site"
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 55/100

    griffithlab/pVACtools#1464 ·

  • Don't use special characters in tmp file names
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 72/100

    griffithlab/pVACtools#1455 ·

  • add support for ctat-lr-fusion expression
    Có thể làm lại được Đang mở
    • Có gì không ổn?
    feature addition

    griffithlab/pVACtools#1450 · 1 người được giao ·

  • Does pvacseq run support custom HLA/MHC sequencing input via NetMHCpan's -hlaseq option for non-model organisms?
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100

    griffithlab/pVACtools#1415 ·

  • Consider new stability prediction algorithm SPEARMINT
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

    griffithlab/pVACtools#1413 ·

  • Add AA -> mRNA backtranslation to pVACvector
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100

    griffithlab/pVACtools#1411 ·

  • Proposal: staged behavior-preserving refactor of tool responsibility placement
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

    griffithlab/pVACtools#1408 · 3 bình luận ·

  • Update IEDB to use Next-Generation (NG) IEDB Tools API
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100

    griffithlab/pVACtools#1400 ·

  • Add NMD prediction support
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

    griffithlab/pVACtools#1370 · 1 reaction ·

  • Suggestion to use WhatsHap for phasing VCFs
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

    griffithlab/pVACtools#1362 · 2 bình luận · 1 reaction ·

  • Investigate AEGIS for class II prediction
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    prediction_algorithms

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

    griffithlab/pVACtools#1361 ·

  • Investigate MARIA for class II predictions
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    prediction_algorithms

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

    griffithlab/pVACtools#1360 ·

  • Use tumor ploidy and cellularity estimates from FACETS and/or Sequenza for clonality assessment
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    feature addition

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

    griffithlab/pVACtools#1355 · 1 bình luận ·

  • TypeError: a bytes-like object is required, not 'NoneType'
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug report / hotfix PR

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100

    griffithlab/pVACtools#1347 · 13 bình luận ·

  • Investigate adding pMHCchat as an additional binding prediction tool
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    prediction_algorithms

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

    griffithlab/pVACtools#1269 ·

  • Add a command to create a colored ordering TXT/DOC file for DNA vectors
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100

    griffithlab/pVACtools#1251 ·

  • Running pVACSeq on multiple samples
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 20/100

    griffithlab/pVACtools#1246 · 13 bình luận ·

  • Incorporate gene of interest status in the aggregate tiering/sorting
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 30/100

    griffithlab/pVACtools#1230 ·

  • investigate TLimmuno2
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    prediction_algorithms

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

    griffithlab/pVACtools#1205 ·

  • Console warnings/errors
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug report / hotfix PR pVACview

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 25/100

    griffithlab/pVACtools#1199 ·

  • Consider HLApollo for integration
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    grant prediction_algorithms

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 20/100

    griffithlab/pVACtools#1172 ·

  • Plans for adding NetTCR-2.0?
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    prediction_algorithms

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

    griffithlab/pVACtools#1141 · 1 bình luận ·

  • Potential improvements to the pVACview NeoFox module
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    pVACview

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 20/100

    griffithlab/pVACtools#1098 ·

  • Output a visual representation of the graph after all spacers have been tested
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    pVACvector

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 30/100

    griffithlab/pVACtools#1089 · 1 bình luận ·

  • QUESTION: How to integrate netchop results to aditionnally filter possible peptides
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 20/100

    griffithlab/pVACtools#1064 ·

  • Overview of possible new prediction algorithms and their installation/run requirements
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    prediction_algorithms

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100

    griffithlab/pVACtools#1056 · 2 bình luận ·

  • Consider integration with ACE a tool for generation of ELISpot configurations (peptide-pool assignments)
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    prediction_algorithms

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

    griffithlab/pVACtools#1051 ·

  • Investigate DeepHLApan prediction algorithm
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    grant prediction_algorithms

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

    griffithlab/pVACtools#1016 ·

  • Evaluate MHCRank for integration
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    prediction_algorithms

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 20/100

    griffithlab/pVACtools#1007 ·

  • Add matched WT to pVACfuse predictions
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    grant

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100

    griffithlab/pVACtools#993 ·

  • Investigate Pepsickle as an alternative to NetChop
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    prediction_algorithms

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 25/100

    griffithlab/pVACtools#986 ·

  • Update reference proteome analysis to consider patient genotype
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    grant

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 30/100

    griffithlab/pVACtools#948 · 3 bình luận ·

  • Should anchor position be a criteria in the aggregate reprot for class II predictions?
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    grant

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 20/100

    griffithlab/pVACtools#940 · 1 bình luận ·

  • Implement a `--ignore-rna-in-tiering` flag
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 52/100

    griffithlab/pVACtools#910 ·

  • Incorporate better handling of HLA allele-specific expression loss
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    grant

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 20/100

    griffithlab/pVACtools#901 ·

  • Investigate adding support for EpiScan Predictor
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    grant prediction_algorithms

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

    griffithlab/pVACtools#894 ·

  • Add support for screening of end modifications to long peptides to accommodate manufacture/solubility issues
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    grant

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

    griffithlab/pVACtools#880 · 2 bình luận ·

  • Add retry when NetMHCstabpan fails
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100

    griffithlab/pVACtools#862 ·

  • Explore incorporation of "Inhibigens" in neoantigen candidate prioritization
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    grant

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

    griffithlab/pVACtools#829 · 2 bình luận ·

  • Use MHCgnomes to help resolve HLA alleles
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    grant

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

    griffithlab/pVACtools#827 ·

  • pVACseq stability predictions are not performed locally with --netmhc-stab
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

    griffithlab/pVACtools#791 · 1 bình luận ·

  • Add ability to run the reference proteome step on the full peptide sequence in a fasta
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    grant

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 30/100

    griffithlab/pVACtools#787 · 2 bình luận ·

  • Incorporate DeepNeo for better class II priortization
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    grant prediction_algorithms

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 20/100

    griffithlab/pVACtools#777 · 2 bình luận ·

  • Add retry when calls to standalone IEDB fail
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100

    griffithlab/pVACtools#762 · 10 bình luận ·

  • Add support for proximal inframe indels
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    grant

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100

    griffithlab/pVACtools#757 · 1 bình luận ·

  • Incorporate predictions from TCRMatch
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    grant prediction_algorithms

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

    griffithlab/pVACtools#755 · 1 bình luận ·

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.