griffithlab/pVACtools

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  Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 85/100

  griffithlab/pVACtools#1471 · 1 commento · Aperta il 5/10/2026

• Investigate possible utility of TCRbridge (AlphaBridge, Alphafold3)

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  griffithlab/pVACtools#1470 · Aperta il 25/9/2026

• Interpreting junction scores in pVACvector.

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  griffithlab/pVACtools#1468 · 1 commento · Aperta il 21/9/2026

• Update pVACcompare list of valid columns

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  Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 58/100

  griffithlab/pVACtools#1465 · Aperta il 17/9/2026

• pVACseq should handle frameshift that fall "within the region of the splice site"

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  griffithlab/pVACtools#1464 · Aperta il 14/9/2026

• Don't use special characters in tmp file names

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  Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 72/100

  griffithlab/pVACtools#1455 · Aperta il 24/8/2026

• add support for ctat-lr-fusion expression

  Forse di nuovo libera @mhoang22 l’ha presa 59 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

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  griffithlab/pVACtools#1450 · 1 assegnatario · Aperta il 11/8/2026

• Does pvacseq run support custom HLA/MHC sequencing input via NetMHCpan's -hlaseq option for non-model organisms?

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  griffithlab/pVACtools#1415 · Aperta il 6/7/2026

• Consider new stability prediction algorithm SPEARMINT

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  griffithlab/pVACtools#1413 · Aperta il 1/7/2026

• Add AA -> mRNA backtranslation to pVACvector

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  griffithlab/pVACtools#1411 · Aperta il 16/6/2026

• Proposal: staged behavior-preserving refactor of tool responsibility placement

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  griffithlab/pVACtools#1408 · 3 commenti · Aperta il 6/6/2026

• Update IEDB to use Next-Generation (NG) IEDB Tools API

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  griffithlab/pVACtools#1400 · Aperta il 21/5/2026

• Add NMD prediction support

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  griffithlab/pVACtools#1370 · 1 reazione · Aperta il 6/3/2026

• Suggestion to use WhatsHap for phasing VCFs

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  griffithlab/pVACtools#1362 · 2 commenti · 1 reazione · Aperta il 22/1/2026

• Investigate AEGIS for class II prediction

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  griffithlab/pVACtools#1361 · Aperta il 16/1/2026

• Investigate MARIA for class II predictions

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  griffithlab/pVACtools#1360 · Aperta il 16/1/2026

• Use tumor ploidy and cellularity estimates from FACETS and/or Sequenza for clonality assessment

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  griffithlab/pVACtools#1355 · 1 commento · Aperta il 5/1/2026

• TypeError: a bytes-like object is required, not 'NoneType'

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  griffithlab/pVACtools#1347 · 13 commenti · Aperta il 9/12/2025

• Investigate adding pMHCchat as an additional binding prediction tool

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  griffithlab/pVACtools#1269 · Aperta il 15/7/2025

• Add a command to create a colored ordering TXT/DOC file for DNA vectors

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  griffithlab/pVACtools#1251 · Aperta il 18/6/2025

• Running pVACSeq on multiple samples

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  griffithlab/pVACtools#1246 · 13 commenti · Aperta il 3/6/2025

• Incorporate gene of interest status in the aggregate tiering/sorting

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  griffithlab/pVACtools#1230 · Aperta il 9/4/2025

• investigate TLimmuno2

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  griffithlab/pVACtools#1205 · Aperta il 18/2/2025

• Console warnings/errors

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  griffithlab/pVACtools#1199 · Aperta il 7/2/2025

• Consider HLApollo for integration

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  griffithlab/pVACtools#1172 · Aperta il 6/1/2025

• Plans for adding NetTCR-2.0?

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  griffithlab/pVACtools#1141 · 1 commento · Aperta il 7/9/2024

• Potential improvements to the pVACview NeoFox module

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  griffithlab/pVACtools#1098 · Aperta il 30/4/2024

• Output a visual representation of the graph after all spacers have been tested

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  griffithlab/pVACtools#1089 · 1 commento · Aperta il 5/4/2024

• QUESTION: How to integrate netchop results to aditionnally filter possible peptides

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  griffithlab/pVACtools#1064 · Aperta il 19/2/2024

• Overview of possible new prediction algorithms and their installation/run requirements

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  griffithlab/pVACtools#1056 · 2 commenti · Aperta il 26/1/2024

• Consider integration with ACE a tool for generation of ELISpot configurations (peptide-pool assignments)

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  griffithlab/pVACtools#1051 · Aperta il 16/1/2024

• Investigate DeepHLApan prediction algorithm

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  griffithlab/pVACtools#1016 · Aperta il 9/8/2023

• Evaluate MHCRank for integration

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  griffithlab/pVACtools#1007 · Aperta il 24/7/2023

• Add matched WT to pVACfuse predictions

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  griffithlab/pVACtools#993 · Aperta il 6/7/2023

• Investigate Pepsickle as an alternative to NetChop

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  griffithlab/pVACtools#986 · Aperta il 22/6/2023

• Update reference proteome analysis to consider patient genotype

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  griffithlab/pVACtools#948 · 3 commenti · Aperta il 7/4/2023

• Should anchor position be a criteria in the aggregate reprot for class II predictions?

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  griffithlab/pVACtools#940 · 1 commento · Aperta il 29/3/2023

• Implement a `--ignore-rna-in-tiering` flag

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  griffithlab/pVACtools#910 · Aperta il 6/3/2023

• Incorporate better handling of HLA allele-specific expression loss

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  griffithlab/pVACtools#901 · Aperta il 14/2/2023

• Investigate adding support for EpiScan Predictor

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  griffithlab/pVACtools#894 · Aperta il 9/1/2023

• Add support for screening of end modifications to long peptides to accommodate manufacture/solubility issues

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  griffithlab/pVACtools#880 · 2 commenti · Aperta il 6/12/2022

• Add retry when NetMHCstabpan fails

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  griffithlab/pVACtools#862 · Aperta il 27/10/2022

• Explore incorporation of "Inhibigens" in neoantigen candidate prioritization

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  griffithlab/pVACtools#829 · 2 commenti · Aperta il 14/7/2022

• Use MHCgnomes to help resolve HLA alleles

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  griffithlab/pVACtools#827 · Aperta il 11/7/2022

• pVACseq stability predictions are not performed locally with --netmhc-stab

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  griffithlab/pVACtools#791 · 1 commento · Aperta il 4/4/2022

• Add ability to run the reference proteome step on the full peptide sequence in a fasta

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  griffithlab/pVACtools#787 · 2 commenti · Aperta il 22/3/2022

• Incorporate DeepNeo for better class II priortization

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  griffithlab/pVACtools#777 · 2 commenti · Aperta il 22/2/2022

• Add retry when calls to standalone IEDB fail

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  griffithlab/pVACtools#762 · 10 commenti · Aperta il 25/1/2022

• Add support for proximal inframe indels

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  griffithlab/pVACtools#757 · 1 commento · Aperta il 19/1/2022

• Incorporate predictions from TCRMatch

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  griffithlab/pVACtools#755 · 1 commento · Aperta il 17/1/2022