possible documentation error for "sorting by channel group"
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评估
- 难度
- 1/5
- 预计耗时
- 1 小时以内
- 新手友好度
- 78/100
- Issue 类型
- 文档
- 描述清晰度
- 描述清楚
- 活跃度
- 活跃
- 技术栈
- python
调研方向
阅读how_to/process_by_channel_group.html中的“Sorting by channel group”一节，并将手动拆分示例与split_by("group")循环进行对照。确认排序器是否应该接收sub_recording，而不是整个拆分后的录音集合；当示例按预期处理每个组且文档与该行为一致时，即为完成。
由索引模型根据 Issue 内容生成。
描述
Hi, sorry about all the issue reports and thanks again for Spikeinterface which is great!
I'm trying to sort a tetrode dataset so I was following the instructions here to sort by channel group.
My workflow is to run through the full process per tetrode so I can start manual refinement (with Phy) on each tetrode as its automated sorting is done. So I want to do "option 2: manual splitting" so I can then to the sorting analyzer and extraction to phy per tetrode.
The documentation says to do:
split_preprocessed_recording = preprocessed_recording.split_by("group")
sortings = {}
for group, sub_recording in split_preprocessed_recording.items():
sorting = run_sorter(
sorter_name='kilosort2',
recording=split_preprocessed_recording,
folder=f"folder_KS2_group{group}"
)
sortings[group] = sorting
I wonder if it shouldn't be recording = sub_recording in that loop instead? Otherwise 'sorting' seems to always contain all tetrodes.
Let me know if there's a better way to report issues about the documentation.
Thanks,
El.
- 主要语言
- Python
- 星标
- 858
- 派生
- 281
- 平均合并
- 4 天 19 分钟
- 30 天内合并 PR
- 47
环境准备
这个项目没有提供开发容器、Dockerfile 或贡献指南，环境需要你自己搭建：先看它的 README，通用步骤见我们的新手贡献指南。
从这里开始
- 先读完整个 Issue，再读项目的贡献指南。
- 在 Issue 下留言说明你要接手 —— 这能避免两个人做同样的事。
- Fork 仓库，在一个分支上完成修改。
- 提交 Pull Request，并在描述里引用这个 Issue 编号。
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