SpikeInterface/spikeinterface

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A Python-based module for creating flexible and robust spike sorting pipelines.

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已索引 issue: 286
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主要语言: Python
许可证: MIT
最近 GitHub push: 2026年9月18日
最近索引: 2026年9月20日
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GatherToNpy/Zarr could pre-allocate stores when number of spike is known 未关闭

performance

难度 4/5 3-5 天新手友好度 55/100

SpikeInterface/spikeinterface#4787 · 2026年9月16日创建
Lets keep in mind that changing the spike dtype could break the numba kernel 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 30/100

SpikeInterface/spikeinterface#4781 · 1 条评论 · 2026年9月15日创建
DartSort: optimize strategy to retrieve `main_channel_id` from sorting 未关闭

performance sorters

难度 4/5 3-5 天新手友好度 30/100

SpikeInterface/spikeinterface#4777 · 2026年9月14日创建
Kilosort4 is much slower when run from Spikeinterface than from Kilosort 4 GUI 未关闭

performance sorters

SpikeInterface/spikeinterface#4768 · 2 条评论 · 已指派 1 人 · 2026年9月8日创建
Extend postprocessing/metrics extensions tests for `SortingAnalyzer` with no units 未关闭

testing

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 68/100

SpikeInterface/spikeinterface#4756 · 2026年9月3日创建
Add function to `estimate_templates_from_recording` 未关闭

sorters

SpikeInterface/spikeinterface#4747 · 已指派 2 人 · 2026年8月31日创建
bad channel detection `psd_hf_threshold` units documentation 未关闭

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 74/100

SpikeInterface/spikeinterface#4745 · 2026年8月28日创建
Training a curation model with metrics from older version fail 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 55/100

SpikeInterface/spikeinterface#4742 · 1 条评论 · 2026年8月27日创建
Bad channel detection: widget for manual threshold determination 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 55/100

SpikeInterface/spikeinterface#4738 · 2026年8月25日创建
Cleaning up units? 未关闭

curation question

难度 3/5 1-2 天新手友好度 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4726 · 2 条评论 · 2026年7月31日创建
Overview (HD-)MEA's in terms of density 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 30/100

SpikeInterface/spikeinterface#4722 · 2026年7月30日创建
Tracking: Efficient Lazy/Chronic Computations in SortingAnalyzer 未关闭

chronic performance

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

SpikeInterface/spikeinterface#4719 · 2026年7月28日创建
Add `slidingRP` optional dependency 未关闭

dependencies discussion metrics

难度 3/5 1-2 天新手友好度 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4704 · 1 条评论 · 2026年7月21日创建
Sorting simple queries should not force full data reading 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

SpikeInterface/spikeinterface#4702 · 1 个 reaction · 2026年7月20日创建
`Sortinganalyzer.select_channels()`: update select_channel_extension_data for waveforms/PCA 未关闭

core

难度 3/5 1-2 天新手友好度 58/100

SpikeInterface/spikeinterface#4700 · 2026年7月20日创建
NWBSortingExtractor: pre-populate `_cached_lexsorted_spike_vector` when building spike vector 未关闭

extractors performance

SpikeInterface/spikeinterface#4698 · 已指派 2 人 · 2026年7月17日创建
Rename `MockRecording` to `SimpleNoiseRecording` and handle : gain + pregenerated/on_the_fly. 未关闭

core

SpikeInterface/spikeinterface#4697 · 已指派 1 人 · 2026年7月17日创建
Question: Is possible/reasonable to include "select_peaks" to run_node_pipeline? 未关闭

question

难度 4/5 3-5 天新手友好度 42/100

SpikeInterface/spikeinterface#4694 · 3 条评论 · 2026年7月17日创建
Sorters should set `main_channel_id` property, when available 未关闭

core

SpikeInterface/spikeinterface#4692 · 已指派 1 人 · 2026年7月14日创建
What should `to_reordered_spike_vector` do? 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

SpikeInterface/spikeinterface#4683 · 4 条评论 · 2026年7月10日创建
Move `sortingcomponents` out of `spikeinterface` 未关闭

discussion

难度 5/5 一周以上新手友好度 35/100

SpikeInterface/spikeinterface#4669 · 5 条评论 · 2026年7月9日创建
export_to_phy vs using kilosort sorter output params.py directly 未关闭

exporters

难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4635 · 2 条评论 · 2026年7月1日创建
Template metrics seems to assume negative polarity, causing incorrect "peak_to_trough_duration" and "halfwidth" for positive units 未关闭

metrics question

难度 4/5 3-5 天新手友好度 48/100

SpikeInterface/spikeinterface#4634 · 6 条评论 · 2026年7月1日创建
Extracting recording from multiwell 未关闭

NEO

难度 4/5 3-5 天新手友好度 38/100

SpikeInterface/spikeinterface#4625 · 6 条评论 · 2026年6月24日创建
Proposal: Add anti-aliasing option to decimate() 未关闭

preprocessing

难度 4/5 3-5 天新手友好度 55/100

SpikeInterface/spikeinterface#4605 · 2 条评论 · 2026年6月2日创建
Iterative Isosplit doesn't work with SpykingCircus2 未关闭

sorters

难度 3/5 1-2 天新手友好度 68/100

SpikeInterface/spikeinterface#4604 · 2026年6月2日创建
Question about LFP scaling and units in export_to_ibl_gui() 未关闭

exporters

难度 3/5 1-2 天新手友好度 42/100

SpikeInterface/spikeinterface#4603 · 1 条评论 · 2026年6月2日创建
Clarify scope of `valid_unit_periods` extension and the `periods` argument in metric extensions 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

SpikeInterface/spikeinterface#4590 · 1 条评论 · 2026年5月20日创建
Aligning waveforms across spike clusters/templates 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4582 · 1 条评论 · 2026年5月15日创建
correlograms with swapped indices are not mirrored versions of each other 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4576 · 1 条评论 · 2026年5月7日创建
Creating a sparse analyzer with multiprocessing crashes if sorting has a lot of units 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 38/100

SpikeInterface/spikeinterface#4566 · 2 条评论 · 2026年4月27日创建
Feature Request: Making order = np.argsort(device_channel_indices) optional 未关闭

难度 3/5 1-2 天新手友好度 52/100

SpikeInterface/spikeinterface#4565 · 11 条评论 · 2026年4月25日创建
Very large difference in sorting using SC2 vs Lupin with dense recordings 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 38/100

SpikeInterface/spikeinterface#4561 · 3 条评论 · 2026年4月23日创建
`aggregate_channels` does not re-index per-channel identifier columns 未关闭

bug

难度 4/5 3-5 天新手友好度 50/100

SpikeInterface/spikeinterface#4546 · 1 条评论 · 2026年4月21日创建
Remove the strategy argument from the noise generators 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 42/100

SpikeInterface/spikeinterface#4522 · 2 条评论 · 1 个 reaction · 2026年4月16日创建
Copy recording on `register_recording` to avoid shared mutation 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 48/100

SpikeInterface/spikeinterface#4519 · 2 条评论 · 2026年4月16日创建
Lupin clustering distant spikes 未关闭

question

难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4517 · 4 条评论 · 2026年4月15日创建
Make `num_channels` available on `BaseRecordingSegment` 未关闭

enhancement

难度 2/5 1-3 小时新手友好度 72/100

SpikeInterface/spikeinterface#4510 · 2 条评论 · 2026年4月14日创建
Delete a failed SortingAnalyzer extension 未关闭

core postprocessing

难度 3/5 1-2 天新手友好度 48/100

SpikeInterface/spikeinterface#4507 · 1 条评论 · 1 个 reaction · 2026年4月10日创建
applying curaiton fails if all units were either split or deleted 未关闭

bug curation

SpikeInterface/spikeinterface#4501 · 2 条评论 · 已指派 1 人 · 2026年4月9日创建
Duplicate spikes should be removed before SLAy refractory period penalty calculated 未关闭

curation

SpikeInterface/spikeinterface#4498 · 2 条评论 · 已指派 1 人 · 2026年4月7日创建
Monopolar triangulation for compute('unit_locations') is inconsistent with compute('spike_locations') 未关闭

postprocessing

难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4486 · 1 条评论 · 2026年4月1日创建
Temporally correlated noise in simulations 未关闭

discussion enhancement generators

难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

SpikeInterface/spikeinterface#4482 · 7 条评论 · 1 个 reaction · 2026年3月30日创建
Letting Lupin pass job kwargs to motion correction. 未关闭

sorters

难度 3/5 1-2 天新手友好度 48/100

SpikeInterface/spikeinterface#4475 · 1 条评论 · 2026年3月26日创建
How to concatenate several neuropixels recording from SpikeGLX, especially the ap.meta, nidq.bin and nidq.meta file? 未关闭

question

难度 4/5 3-5 天新手友好度 35/100

SpikeInterface/spikeinterface#4444 · 4 条评论 · 2026年3月15日创建
Workflow hurdles with SpykingCircus2/Tridesclous2: SNR filtering, Probe loss, and Parameter documentation 未关闭

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

SpikeInterface/spikeinterface#4441 · 9 条评论 · 2026年3月13日创建
Behaviour of detect bad channels outside channel detection 未关闭

难度 4/5 3-5 天新手友好度 42/100

SpikeInterface/spikeinterface#4434 · 2 条评论 · 1 个 reaction · 2026年3月11日创建
Adding motion_cleaner into High-level API correct_motion 未关闭

motion correction

难度 5/5 一周以上新手友好度 38/100

SpikeInterface/spikeinterface#4432 · 5 条评论 · 2026年3月9日创建
Roadmap question: deep inter-session unit matching / UnitMatch-style matching 未关闭

question

难度 5/5 一周以上新手友好度 25/100

SpikeInterface/spikeinterface#4427 · 5 条评论 · 2 个 reaction · 2026年3月7日创建
Pick better default for mp_context 未关闭

io performance

难度 4/5 3-5 天新手友好度 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4422 · 7 条评论 · 2026年3月4日创建

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