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possible documentation error for "sorting by channel group"

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評価

難易度
1/5
見積もり時間
1時間未満
初心者へのやさしさ
78/100
issue の種類
ドキュメント
明瞭さ
明確に書かれている
活発さ
活発
技術スタック
python
領域
documentation

調査の方向性

how_to/process_by_channel_group.htmlの「Sorting by channel group」セクションを読み、手動分割の例をsplit_by("group")ループと照らし合わせてください。ソーターには分割された録音のコレクション全体ではなくsub_recordingを渡すべきか確認してください。例が各グループを意図どおりに処理し、ドキュメントがその動作に一致したら完了です。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

説明

documentation

Hi, sorry about all the issue reports and thanks again for Spikeinterface which is great!

I'm trying to sort a tetrode dataset so I was following the instructions here to sort by channel group.

My workflow is to run through the full process per tetrode so I can start manual refinement (with Phy) on each tetrode as its automated sorting is done. So I want to do "option 2: manual splitting" so I can then to the sorting analyzer and extraction to phy per tetrode.

The documentation says to do:

split_preprocessed_recording = preprocessed_recording.split_by("group")

sortings = {}
for group, sub_recording in split_preprocessed_recording.items():
    sorting = run_sorter(
        sorter_name='kilosort2',
        recording=split_preprocessed_recording,
        folder=f"folder_KS2_group{group}"
        )
    sortings[group] = sorting

I wonder if it shouldn't be recording = sub_recording in that loop instead? Otherwise 'sorting' seems to always contain all tetrodes.
Let me know if there's a better way to report issues about the documentation.

Thanks,
El.

主要言語
Python
スター
859
フォーク
286
平均マージ
3日 16時間
マージ済み PR（30日）
52

環境構築

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