pandas 3.0: three remaining set_index(<str column>.values) calls still raise TypeError (custom-labels paths)
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评估
调研方向
阅读wfdb/io/annotation.py中label_triplets_to_df、set_custom_labels和get_contained_labels附近的三个set_index调用位置。使用pd.set_option("future.infer_string", True)在pandas 2.2.3中复现，并检查自定义标签处理路径。完成标准是：在pandas字符串语义下，三个路径都能正常工作，且不再出现报告的TypeError。
由索引模型根据 Issue 内容生成。
描述
Description
#561 (v4.3.1) fixed the module-level ann_class_table.set_index(...) that crashed import wfdb under pandas 3 string semantics — thank you! However, three sibling patterns remain in wfdb/io/annotation.py (checked on main and in the v4.3.1 sdist), all passing a string column's .values directly as set_index keys:
- line ~728 (
label_triplets_to_dfregion):custom_labels.set_index(custom_labels["label_store"].values, inplace=True) - line ~1325 (
set_custom_labels/ DataFramecustom_labelspath):self.custom_labels.set_index(self.custom_labels["label_store"].values, inplace=True) - line ~1347 (
get_contained_labelsregion):label_map.set_index(label_map["symbol"].values, inplace=True)
With pandas' new string dtype (pandas 3.0, or 2.x with pd.set_option("future.infer_string", True)), Series.values is an ArrowStringArrayNumpySemantics, which DataFrame.set_index rejects:
TypeError: The parameter "keys" may be a column key, one-dimensional array, or a list containing only valid column keys and one-dimensional arrays.
These are runtime paths (annotation objects with custom labels), so import wfdb now succeeds, but the custom-label functionality still breaks once pandas 3 is the default.
Reproduce
import pandas as pd
pd.set_option("future.infer_string", True)
import wfdb
from wfdb.io.annotation import Annotation
# any path that reaches set_custom_labels / label_triplets_to_df with a
# DataFrame of custom labels -> TypeError above
(Versions: pandas 2.2.3 with the option / pandas 3.0; wfdb 4.3.1 and current main.)
Suggested fix
Pass the column label instead of the array — identical semantics on every pandas version (the keys are the column's values either way):
custom_labels.set_index("label_store", inplace=True)
self.custom_labels.set_index("label_store", inplace=True)
label_map.set_index("symbol", inplace=True)
Happy to open a PR with these three one-line changes if useful.
(Context: downstream ECG libraries, e.g. DeepPSP/torch_ecg, still pin pandas < 3 partly on this; a fix would help unblock the pandas-3 migration.)
- 主要语言
- Jupyter Notebook
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- 324
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