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pandas 3.0: three remaining set_index(<str column>.values) calls still raise TypeError (custom-labels paths)

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@wenh06 já está trabalhando nisso.

Desde 23/10/2026.

  • #575 de @wenh06 — aberto

Avaliação

Dificuldade
2/5
Tempo estimado
1-3 horas
Facilidade para iniciantes
82/100
Tipo de issue
Bug
Clareza
Claramente especificada
Status de atividade
Ativa
Stack de tecnologia
pandas, python
Domínio
backend

Direção de pesquisa

Leia os três pontos de chamada de set_index em wfdb/io/annotation.py, próximos a label_triplets_to_df, set_custom_labels e get_contained_labels. Reproduza o problema com pandas 2.2.3 usando pd.set_option("future.infer_string", True) e exercite os caminhos de rótulos personalizados. O trabalho estará concluído quando os três caminhos funcionarem sem o TypeError relatado sob a semântica de strings do pandas.

Escrita pelo modelo de indexação a partir do texto da issue.

Descrição

Description

#561 (v4.3.1) fixed the module-level ann_class_table.set_index(...) that crashed import wfdb under pandas 3 string semantics — thank you! However, three sibling patterns remain in wfdb/io/annotation.py (checked on main and in the v4.3.1 sdist), all passing a string column's .values directly as set_index keys:

  • line ~728 (label_triplets_to_df region): 
    custom_labels.set_index(custom_labels["label_store"].values, inplace=True)
  • line ~1325 (set_custom_labels / DataFrame custom_labels path): 
    self.custom_labels.set_index(self.custom_labels["label_store"].values, inplace=True)
  • line ~1347 (get_contained_labels region): 
    label_map.set_index(label_map["symbol"].values, inplace=True)

With pandas' new string dtype (pandas 3.0, or 2.x with pd.set_option("future.infer_string", True)), Series.values is an ArrowStringArrayNumpySemantics, which DataFrame.set_index rejects:

TypeError: The parameter "keys" may be a column key, one-dimensional array, or a list containing only valid column keys and one-dimensional arrays.

These are runtime paths (annotation objects with custom labels), so import wfdb now succeeds, but the custom-label functionality still breaks once pandas 3 is the default.

Reproduce

import pandas as pd
pd.set_option("future.infer_string", True)
import wfdb
from wfdb.io.annotation import Annotation
# any path that reaches set_custom_labels / label_triplets_to_df with a
# DataFrame of custom labels -> TypeError above

(Versions: pandas 2.2.3 with the option / pandas 3.0; wfdb 4.3.1 and current main.)

Suggested fix

Pass the column label instead of the array — identical semantics on every pandas version (the keys are the column's values either way):

custom_labels.set_index("label_store", inplace=True)
self.custom_labels.set_index("label_store", inplace=True)
label_map.set_index("symbol", inplace=True)

Happy to open a PR with these three one-line changes if useful.

(Context: downstream ECG libraries, e.g. DeepPSP/torch_ecg, still pin pandas < 3 partly on this; a fix would help unblock the pandas-3 migration.)

Linguagem predominante
Jupyter Notebook
Estrelas
853
Forks
324
Merge médio
17h 39min
PRs com merge (30d)
10

Preparar o ambiente

Este projeto não oferece contêiner de desenvolvimento, Dockerfile nem guia de contribuição, então a configuração fica por sua conta: comece pelo README e veja nosso guia da primeira contribuição para os passos gerais.

Primeiros passos

  1. Leia a issue inteira e depois o guia de contribuição do projeto.
  2. Comente na issue dizendo que vai assumir — evita que duas pessoas façam o mesmo trabalho.
  3. Faça um fork do repositório e trabalhe em uma branch.
  4. Abra um pull request que referencie o número da issue.

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