pandas 3.0: three remaining set_index(<str column>.values) calls still raise TypeError (custom-labels paths)
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評估
研究方向
閱讀wfdb/io/annotation.py中label_triplets_to_df、set_custom_labels和get_contained_labels附近的三個set_index呼叫位置。使用pd.set_option("future.infer_string", True)在pandas 2.2.3中重現，並檢查自訂標籤處理路徑。完成標準是：在pandas字串語意下，三個路徑都能正常運作，且不再出現回報的TypeError。
由索引模型根據 Issue 內容生成。
描述
Description
#561 (v4.3.1) fixed the module-level ann_class_table.set_index(...) that crashed import wfdb under pandas 3 string semantics — thank you! However, three sibling patterns remain in wfdb/io/annotation.py (checked on main and in the v4.3.1 sdist), all passing a string column's .values directly as set_index keys:
- line ~728 (
label_triplets_to_dfregion):custom_labels.set_index(custom_labels["label_store"].values, inplace=True) - line ~1325 (
set_custom_labels/ DataFramecustom_labelspath):self.custom_labels.set_index(self.custom_labels["label_store"].values, inplace=True) - line ~1347 (
get_contained_labelsregion):label_map.set_index(label_map["symbol"].values, inplace=True)
With pandas' new string dtype (pandas 3.0, or 2.x with pd.set_option("future.infer_string", True)), Series.values is an ArrowStringArrayNumpySemantics, which DataFrame.set_index rejects:
TypeError: The parameter "keys" may be a column key, one-dimensional array, or a list containing only valid column keys and one-dimensional arrays.
These are runtime paths (annotation objects with custom labels), so import wfdb now succeeds, but the custom-label functionality still breaks once pandas 3 is the default.
Reproduce
import pandas as pd
pd.set_option("future.infer_string", True)
import wfdb
from wfdb.io.annotation import Annotation
# any path that reaches set_custom_labels / label_triplets_to_df with a
# DataFrame of custom labels -> TypeError above
(Versions: pandas 2.2.3 with the option / pandas 3.0; wfdb 4.3.1 and current main.)
Suggested fix
Pass the column label instead of the array — identical semantics on every pandas version (the keys are the column's values either way):
custom_labels.set_index("label_store", inplace=True)
self.custom_labels.set_index("label_store", inplace=True)
label_map.set_index("symbol", inplace=True)
Happy to open a PR with these three one-line changes if useful.
(Context: downstream ECG libraries, e.g. DeepPSP/torch_ecg, still pin pandas < 3 partly on this; a fix would help unblock the pandas-3 migration.)
- 主要語言
- Jupyter Notebook
- 星號
- 853
- 分支
- 324
- 平均合併
- 17 小時 39 分鐘
- 30 天內合併 PR
- 10
環境準備
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- 先讀完整個 Issue，再讀專案的貢獻指南。
- 在 Issue 下留言說明你要接手 —— 這能避免兩個人做同樣的事。
- Fork 儲存庫，在一個分支上完成修改。
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