Hacktoberfest 2026 : les issues que les mainteneurs ont marquées pour octobre, ouvertes et accessibles aux débutants. Parcourir les issues Hacktoberfest

pandas 3.0: three remaining set_index(<str column>.values) calls still raise TypeError (custom-labels paths)

Ouverte Adaptée aux débutants
  • Quelque chose ne va pas ?
#574 1 commentaire 0 réactions 0 personnes assignées Voir sur GitHub

Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour

@wenh06 y travaille déjà.

Depuis le 23/10/2026.

  • #575 par @wenh06 — ouverte

Évaluation

Difficulté
2/5
Temps estimé
1-3 heures
Accessibilité débutants
82/100
Type d'issue
Bug
Clarté
Clairement spécifiée
Activité
Active
Stack technique
pandas, python
Domaine
backend

Piste de recherche

Lisez les trois appels à set_index dans wfdb/io/annotation.py, autour de label_triplets_to_df, set_custom_labels et get_contained_labels. Reproduisez le problème avec pandas 2.2.3 en utilisant pd.set_option("future.infer_string", True) et exercez les chemins des étiquettes personnalisées. Le travail est terminé lorsque les trois chemins fonctionnent sans le TypeError signalé avec la sémantique des chaînes de pandas.

Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.

Description

Description

#561 (v4.3.1) fixed the module-level ann_class_table.set_index(...) that crashed import wfdb under pandas 3 string semantics — thank you! However, three sibling patterns remain in wfdb/io/annotation.py (checked on main and in the v4.3.1 sdist), all passing a string column's .values directly as set_index keys:

  • line ~728 (label_triplets_to_df region): 
    custom_labels.set_index(custom_labels["label_store"].values, inplace=True)
  • line ~1325 (set_custom_labels / DataFrame custom_labels path): 
    self.custom_labels.set_index(self.custom_labels["label_store"].values, inplace=True)
  • line ~1347 (get_contained_labels region): 
    label_map.set_index(label_map["symbol"].values, inplace=True)

With pandas' new string dtype (pandas 3.0, or 2.x with pd.set_option("future.infer_string", True)), Series.values is an ArrowStringArrayNumpySemantics, which DataFrame.set_index rejects:

TypeError: The parameter "keys" may be a column key, one-dimensional array, or a list containing only valid column keys and one-dimensional arrays.

These are runtime paths (annotation objects with custom labels), so import wfdb now succeeds, but the custom-label functionality still breaks once pandas 3 is the default.

Reproduce

import pandas as pd
pd.set_option("future.infer_string", True)
import wfdb
from wfdb.io.annotation import Annotation
# any path that reaches set_custom_labels / label_triplets_to_df with a
# DataFrame of custom labels -> TypeError above

(Versions: pandas 2.2.3 with the option / pandas 3.0; wfdb 4.3.1 and current main.)

Suggested fix

Pass the column label instead of the array — identical semantics on every pandas version (the keys are the column's values either way):

custom_labels.set_index("label_store", inplace=True)
self.custom_labels.set_index("label_store", inplace=True)
label_map.set_index("symbol", inplace=True)

Happy to open a PR with these three one-line changes if useful.

(Context: downstream ECG libraries, e.g. DeepPSP/torch_ecg, still pin pandas < 3 partly on this; a fix would help unblock the pandas-3 migration.)

Langage dominant
Jupyter Notebook
Étoiles
853
Forks
324
Merge moyen
17 h 39 min
PR mergées (30 j)
10

Préparer son environnement

Ce projet ne fournit ni conteneur de développement, ni Dockerfile, ni guide de contribution : l'installation est à votre charge. Commencez par son README, et consultez notre guide de la première contribution pour les étapes générales.

Par où commencer

  1. Lisez l'issue en entier, puis le guide de contribution du projet.
  2. Signalez en commentaire que vous la prenez — cela évite que deux personnes fassent le même travail.
  3. Forkez le dépôt et travaillez sur une branche.
  4. Ouvrez une pull request qui référence le numéro de l'issue.

Autres issues de MIT-LCP/wfdb-python

Toutes les issues de MIT-LCP/wfdb-python

Issues similaires

Plus d'issues Backend & API Design

Recevez les nouvelles issues par e-mail

Un résumé court des issues GitHub adaptées aux débutants.