permission denied cannot open compressed file
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评估
调研方向
首先，从 R 脚本中重现所报告的 AnnotationHub 下载，并检查 /usr/share/httpd/.cache/R/AnnotationHub 中的 hubCache()。检查创建缺失的 .rds 索引所涉及的权限和执行用户，然后验证下载和索引创建均能在没有权限错误的情况下完成。
由索引模型根据 Issue 内容生成。
描述
Hello, I have an issue setting up annotationHub for use in a VM. I am getting this error whenever I try to download a package from the hub using my R script:
snapshotDate(): 2022-10-31
Error in value[3L] : failed to create index
hubCache(): /usr/share/httpd/.cache/R/AnnotationHub
reason: cannot open the connection
Calls: ... tryCatch -> tryCatchList -> tryCatchOne ->
In addition: Warning message:
In gzfile(file, mode) :
cannot open compressed file '/usr/share/httpd/.cache/R/AnnotationHub/b797a59351bdd_b797a59351bdd_hub_index.rds', probable reason 'Permission denied'
Execution halted
I have enabled full access to .cache, R, and AnnotationHub directories and I'm still getting permission denied errors. Also, this .rds file does not exist within the AnnotationHub directory when list the directories contents. However, I've manually downloaded the hub object in R outside of the script and have been able to do that successfully. This is where the local cache so I'm not too sure why the .rds file is not showing up. Any suggestions or help would be greatly appreciated.
Best wishes
- 主要语言
- R
- 星标
- 20
- 派生
- 16
- PR 合并指标
- 30 天内没有已合并 PR
环境准备
这个项目没有提供开发容器、Dockerfile 或贡献指南，环境需要你自己搭建：先看它的 README，通用步骤见我们的新手贡献指南。
从这里开始
- 先读完整个 Issue，再读项目的贡献指南。
- 在 Issue 下留言说明你要接手 —— 这能避免两个人做同样的事。
- Fork 仓库，在一个分支上完成修改。
- 提交 Pull Request，并在描述里引用这个 Issue 编号。
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