Hacktoberfest 2026: los issues que los mantenedores marcaron para octubre, abiertos y aptos para principiantes. Explorar issues de Hacktoberfest

permission denied cannot open compressed file

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Evaluación

Dificultad
4/5
Tiempo estimado
3-5 días
Aptitud para principiantes
25/100
Tipo de issue
Error
Claridad
Necesita aclaración
Estado de actividad
Estancado
Stack tecnológico
r
Área
databases

Línea de trabajo

Comienza reproduciendo la descarga reportada de AnnotationHub desde el script de R e inspecciona hubCache() en /usr/share/httpd/.cache/R/AnnotationHub. Comprueba los permisos y el usuario de ejecución implicado en la creación del índice .rds que falta, y verifica después que la descarga y la creación del índice se completen sin el error de permisos.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Descripción

Hello, I have an issue setting up annotationHub for use in a VM. I am getting this error whenever I try to download a package from the hub using my R script:

snapshotDate(): 2022-10-31
Error in value[3L] : failed to create index
hubCache(): /usr/share/httpd/.cache/R/AnnotationHub
reason: cannot open the connection
Calls: ... tryCatch -> tryCatchList -> tryCatchOne ->
In addition: Warning message:
In gzfile(file, mode) :
cannot open compressed file '/usr/share/httpd/.cache/R/AnnotationHub/b797a59351bdd_b797a59351bdd_hub_index.rds', probable reason 'Permission denied'
Execution halted

I have enabled full access to .cache, R, and AnnotationHub directories and I'm still getting permission denied errors. Also, this .rds file does not exist within the AnnotationHub directory when list the directories contents. However, I've manually downloaded the hub object in R outside of the script and have been able to do that successfully. This is where the local cache so I'm not too sure why the .rds file is not showing up. Any suggestions or help would be greatly appreciated.

Best wishes

Lenguaje dominante
R
Estrellas
20
Forks
16
Sin PR fusionados en 30 d

Guía de contribución

No hay ninguna guía de contribución indexada para este repositorio

Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

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