permission denied cannot open compressed file

オープン

#41 2023年4月12日に作成コメント 3 件リアクション 0 件担当者 0 名 GitHub で見る

まだ誰も着手していません。

評価

難易度: 4/5
見積もり時間: 3〜5日
初心者へのやさしさ: 25/100

issue の種類: バグ
明瞭さ: 説明が足りない
活発さ: 停滞
技術スタック: r
領域: databases

調査の方向性

まず、R スクリプトから報告された AnnotationHub のダウンロードを再現し、/usr/share/httpd/.cache/R/AnnotationHub にある hubCache() を調べます。欠落している .rds インデックスの作成に関係する権限と実行ユーザーを確認し、その後、権限エラーなしでダウンロードとインデックス作成が完了することを検証します。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

説明

Hello, I have an issue setting up annotationHub for use in a VM. I am getting this error whenever I try to download a package from the hub using my R script:

snapshotDate(): 2022-10-31
Error in value[3L] : failed to create index
hubCache(): /usr/share/httpd/.cache/R/AnnotationHub
reason: cannot open the connection
Calls: ... tryCatch -> tryCatchList -> tryCatchOne ->
In addition: Warning message:
In gzfile(file, mode) :
cannot open compressed file '/usr/share/httpd/.cache/R/AnnotationHub/b797a59351bdd_b797a59351bdd_hub_index.rds', probable reason 'Permission denied'
Execution halted

I have enabled full access to .cache, R, and AnnotationHub directories and I'm still getting permission denied errors. Also, this .rds file does not exist within the AnnotationHub directory when list the directories contents. However, I've manually downloaded the hub object in R outside of the script and have been able to do that successfully. This is where the local cache so I'm not too sure why the .rds file is not showing up. Any suggestions or help would be greatly appreciated.

Best wishes

主要言語: R
スター: 20
フォーク: 16
PR マージ指標: 30日以内にマージされた PR はありません

コントリビューションガイド

このリポジトリのコントリビューションガイドは索引されていません

はじめの一歩

issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。

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